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万見- EMDB-21336: Full-length HIV-1 Envelope glycoprotein clone PC64 in DOPC-CHS bicelle -
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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-21336 | ||||||||||||
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タイトル | Full-length HIV-1 Envelope glycoprotein clone PC64 in DOPC-CHS bicelle | ||||||||||||
マップデータ | Full-length HIV-1 Envelope glycoprotein clone PC64 in DOPC-CHS bicelle | ||||||||||||
試料 |
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生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / ネガティブ染色法 / 解像度: 19.0 Å | ||||||||||||
データ登録者 | Rantalainen K / Ward ABW | ||||||||||||
資金援助 | 米国, 3件
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引用 | ジャーナル: Cell Rep / 年: 2020 タイトル: HIV-1 Envelope and MPER Antibody Structures in Lipid Assemblies. 著者: Kimmo Rantalainen / Zachary T Berndsen / Aleksandar Antanasijevic / Torben Schiffner / Xi Zhang / Wen-Hsin Lee / Jonathan L Torres / Lei Zhang / Adriana Irimia / Jeffrey Copps / Kenneth H ...著者: Kimmo Rantalainen / Zachary T Berndsen / Aleksandar Antanasijevic / Torben Schiffner / Xi Zhang / Wen-Hsin Lee / Jonathan L Torres / Lei Zhang / Adriana Irimia / Jeffrey Copps / Kenneth H Zhou / Young D Kwon / William H Law / Chaim A Schramm / Raffaello Verardi / Shelly J Krebs / Peter D Kwong / Nicole A Doria-Rose / Ian A Wilson / Michael B Zwick / John R Yates / William R Schief / Andrew B Ward / 要旨: Structural and functional studies of HIV envelope glycoprotein (Env) as a transmembrane protein have long been complicated by challenges associated with inherent flexibility of the molecule and the ...Structural and functional studies of HIV envelope glycoprotein (Env) as a transmembrane protein have long been complicated by challenges associated with inherent flexibility of the molecule and the membrane-embedded hydrophobic regions. Here, we present approaches for incorporating full-length, wild-type HIV-1 Env, as well as C-terminally truncated and stabilized versions, into lipid assemblies, providing a modular platform for Env structural studies by single particle electron microscopy. We reconstitute a full-length Env clone into a nanodisc, complex it with a membrane-proximal external region (MPER) targeting antibody 10E8, and structurally define the full quaternary epitope of 10E8 consisting of lipid, MPER, and ectodomain contacts. By aligning this and other Env-MPER antibody complex reconstructions with the lipid bilayer, we observe evidence of Env tilting as part of the neutralization mechanism for MPER-targeting antibodies. We also adapt the platform toward vaccine design purposes by introducing stabilizing mutations that allow purification of unliganded Env with a peptidisc scaffold. | ||||||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_21336.map.gz | 49.9 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-21336-v30.xml emd-21336.xml | 12.7 KB 12.7 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_21336.png | 82.6 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-21336 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-21336 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_21336.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 103 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | Full-length HIV-1 Envelope glycoprotein clone PC64 in DOPC-CHS bicelle | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 2.05 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-試料の構成要素
-全体 : Full-length HIV-1 Envelope glycoprotein clone PC64 in DOPC-CHS bicelle
全体 | 名称: Full-length HIV-1 Envelope glycoprotein clone PC64 in DOPC-CHS bicelle |
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要素 |
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-超分子 #1: Full-length HIV-1 Envelope glycoprotein clone PC64 in DOPC-CHS bicelle
超分子 | 名称: Full-length HIV-1 Envelope glycoprotein clone PC64 in DOPC-CHS bicelle タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#11 |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
組換発現 | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
-実験情報
-構造解析
手法 | ネガティブ染色法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
濃度 | 0.05 mg/mL |
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緩衝液 | pH: 7.4 |
染色 | タイプ: NEGATIVE / 材質: Uranyl formate |
グリッド | 詳細: unspecified |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TECNAI SPIRIT |
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電子線 | 加速電圧: 120 kV / 電子線源: LAB6 |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy |
撮影 | フィルム・検出器のモデル: TVIPS TEMCAM-F416 (4k x 4k) 検出モード: COUNTING / 実像数: 273 / 平均電子線量: 25.0 e/Å2 |
実験機器 | モデル: Tecnai Spirit / 画像提供: FEI Company |
-画像解析
粒子像選択 | 選択した数: 37056 |
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CTF補正 | ソフトウェア - 名称: Gctf (ver. 1.06) |
初期モデル | モデルのタイプ: OTHER / 詳細: Ab-initio model generated in cryoSPARC2 |
初期 角度割当 | タイプ: PROJECTION MATCHING / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 2) |
最終 3次元分類 | ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 2) |
最終 角度割当 | タイプ: PROJECTION MATCHING / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 2) |
最終 再構成 | 想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 19.0 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 2) / 使用した粒子像数: 9219 |