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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-21321 | ||||||||||||
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タイトル | Full-length HIV-1 Envelope glycoprotein clone PC64 in complex with PGT151 Fab and VRC42.01 Fab | ||||||||||||
マップデータ | Full length HIV-1 Env PC64FL in complex with PGT151 Fab and VRC42.01 Fab | ||||||||||||
試料 |
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生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 7.4 Å | ||||||||||||
データ登録者 | Rantalainen K / Berndsen ZT / Ward AB | ||||||||||||
資金援助 | 米国, 3件
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引用 | ジャーナル: Cell Rep / 年: 2020 タイトル: HIV-1 Envelope and MPER Antibody Structures in Lipid Assemblies. 著者: Kimmo Rantalainen / Zachary T Berndsen / Aleksandar Antanasijevic / Torben Schiffner / Xi Zhang / Wen-Hsin Lee / Jonathan L Torres / Lei Zhang / Adriana Irimia / Jeffrey Copps / Kenneth H ...著者: Kimmo Rantalainen / Zachary T Berndsen / Aleksandar Antanasijevic / Torben Schiffner / Xi Zhang / Wen-Hsin Lee / Jonathan L Torres / Lei Zhang / Adriana Irimia / Jeffrey Copps / Kenneth H Zhou / Young D Kwon / William H Law / Chaim A Schramm / Raffaello Verardi / Shelly J Krebs / Peter D Kwong / Nicole A Doria-Rose / Ian A Wilson / Michael B Zwick / John R Yates / William R Schief / Andrew B Ward / 要旨: Structural and functional studies of HIV envelope glycoprotein (Env) as a transmembrane protein have long been complicated by challenges associated with inherent flexibility of the molecule and the ...Structural and functional studies of HIV envelope glycoprotein (Env) as a transmembrane protein have long been complicated by challenges associated with inherent flexibility of the molecule and the membrane-embedded hydrophobic regions. Here, we present approaches for incorporating full-length, wild-type HIV-1 Env, as well as C-terminally truncated and stabilized versions, into lipid assemblies, providing a modular platform for Env structural studies by single particle electron microscopy. We reconstitute a full-length Env clone into a nanodisc, complex it with a membrane-proximal external region (MPER) targeting antibody 10E8, and structurally define the full quaternary epitope of 10E8 consisting of lipid, MPER, and ectodomain contacts. By aligning this and other Env-MPER antibody complex reconstructions with the lipid bilayer, we observe evidence of Env tilting as part of the neutralization mechanism for MPER-targeting antibodies. We also adapt the platform toward vaccine design purposes by introducing stabilizing mutations that allow purification of unliganded Env with a peptidisc scaffold. | ||||||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_21321.map.gz | 164.6 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-21321-v30.xml emd-21321.xml | 17.1 KB 17.1 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
FSC (解像度算出) | emd_21321_fsc.xml | 12.8 KB | 表示 | FSCデータファイル |
画像 | emd_21321.png | 134.9 KB | ||
その他 | emd_21321_half_map_1.map.gz emd_21321_half_map_2.map.gz | 140.7 MB 140.7 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-21321 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-21321 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_21321.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 178 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | Full length HIV-1 Env PC64FL in complex with PGT151 Fab and VRC42.01 Fab | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.03 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-ハーフマップ: Full length HIV-1 Env PC64FL in complex with...
ファイル | emd_21321_half_map_1.map | ||||||||||||
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注釈 | Full length HIV-1 Env PC64FL in complex with PGT151 Fab and VRC42.01 Fab Half map 2 | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: Full length HIV-1 Env PC64FL in complex with...
ファイル | emd_21321_half_map_2.map | ||||||||||||
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注釈 | Full length HIV-1 Env PC64FL in complex with PGT151 Fab and VRC42.01 Fab Half map 1 | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
-全体 : Full-length HIV-1 Envelope glycoprotein clone PC64 in complex wit...
全体 | 名称: Full-length HIV-1 Envelope glycoprotein clone PC64 in complex with PGT151 Fab and VRC42.01 Fab |
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要素 |
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-超分子 #1: Full-length HIV-1 Envelope glycoprotein clone PC64 in complex wit...
超分子 | 名称: Full-length HIV-1 Envelope glycoprotein clone PC64 in complex with PGT151 Fab and VRC42.01 Fab タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#11 詳細: PC64FL Env purified with stabilizing PGT151 Fab. Complexed with VRC42.01 Fab during detergent-lipid exchange and prior to grid preparation. |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
組換発現 | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
濃度 | 6 mg/mL |
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緩衝液 | pH: 7.4 |
グリッド | モデル: C-flat-2/2 / 材質: COPPER / メッシュ: 400 |
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / 装置: FEI VITROBOT MARK IV |
詳細 | PC64FL Env purified with stabilizing PGT151 Fab. Complexed with VRC42.01 Fab during detergent-lipid exchange and prior to grid preparation. Sample is detergent-lipid micelle. |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER ホルダー冷却材: NITROGEN |
撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 検出モード: COUNTING / 実像数: 8576 / 平均電子線量: 50.0 e/Å2 |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |