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万見
- EMDB-20923: GltPh in complex with L-aspartate and sodium ions in intermediate... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-20923
タイトルGltPh in complex with L-aspartate and sodium ions in intermediate outward-facing state
マップデータGltPh iOFS map
試料
  • 複合体: Complex of GltPh with L-aspartate and sodium ions in MSP1E3 nanodisc
    • タンパク質・ペプチド: Glutamate transporter homolog
  • リガンド: ASPARTIC ACIDアスパラギン酸
  • リガンド: [(2~{R})-1-[2-azanylethoxy(oxidanyl)phosphoryl]oxy-3-hexadecanoyloxy-propan-2-yl] (~{Z})-octadec-9-enoate
機能・相同性
機能・相同性情報


amino acid:sodium symporter activity / L-aspartate transmembrane transport / L-aspartate transmembrane transporter activity / L-aspartate import across plasma membrane / chloride transmembrane transporter activity / protein homotrimerization / chloride transmembrane transport / identical protein binding / metal ion binding / 細胞膜
類似検索 - 分子機能
Sodium:dicarboxylate symporter / Sodium:dicarboxylate symporter, conserved site / Sodium:dicarboxylate symporter superfamily / Sodium:dicarboxylate symporter family / Sodium:dicarboxylate symporter family signature 1.
類似検索 - ドメイン・相同性
Glutamate transporter homolog
類似検索 - 構成要素
生物種Pyrococcus horikoshii (古細菌)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.62 Å
データ登録者Wang X / Boudker O
資金援助 米国, 2件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Human Genome Research Institute (NIH/NHGRI)R37NS085318 米国
National Institutes of Health/National Human Genome Research Institute (NIH/NHGRI)R01NS064357 米国
引用ジャーナル: Nat Chem Biol / 年: 2020
タイトル: Use of paramagnetic F NMR to monitor domain movement in a glutamate transporter homolog.
著者: Yun Huang / Xiaoyu Wang / Guohua Lv / Asghar M Razavi / Gerard H M Huysmans / Harel Weinstein / Clay Bracken / David Eliezer / Olga Boudker /
要旨: In proteins where conformational changes are functionally important, the number of accessible states and their dynamics are often difficult to establish. Here we describe a novel F-NMR spectroscopy ...In proteins where conformational changes are functionally important, the number of accessible states and their dynamics are often difficult to establish. Here we describe a novel F-NMR spectroscopy approach to probe dynamics of large membrane proteins. We labeled a glutamate transporter homolog with a F probe via cysteine chemistry and with a Ni ion via chelation by a di-histidine motif. We used distance-dependent enhancement of the longitudinal relaxation of F nuclei by the paramagnetic metal to assign the observed resonances. We identified one inward- and two outward-facing states of the transporter, in which the substrate-binding site is near the extracellular and intracellular solutions, respectively. We then resolved the structure of the unanticipated second outward-facing state by cryo-EM. Finally, we showed that the rates of the conformational exchange are accessible from measurements of the metal-enhanced longitudinal relaxation of F nuclei.
履歴
登録2019年11月5日-
ヘッダ(付随情報) 公開2020年4月22日-
マップ公開2020年4月22日-
更新2020年12月2日-
現状2020年12月2日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.0248
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（高さに従い着色）
  • 表面レベル: 0.0248
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-6uwl
  • 表面レベル: 0.0248
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 単純化した表面モデル + あてはめた原子モデル
  • 原子モデルPDB-6uwl
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_20923.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_20923.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 64 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈GltPh iOFS map
ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.06 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.0248 / ムービー #1: 0.0248
最小 - 最大-0.06833266 - 0.11701711
平均 (標準偏差)0.0000586638 (±0.001645471)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ256256256
Spacing256256256
セルA=B=C: 271.36 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.061.061.06
M x/y/z256256256
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z271.360271.360271.360
α/β/γ90.00090.00090.000
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS256256256
D min/max/mean-0.0680.1170.000

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Complex of GltPh with L-aspartate and sodium ions in MSP1E3 nanodisc

全体名称: Complex of GltPh with L-aspartate and sodium ions in MSP1E3 nanodisc
要素
  • 複合体: Complex of GltPh with L-aspartate and sodium ions in MSP1E3 nanodisc
    • タンパク質・ペプチド: Glutamate transporter homolog
  • リガンド: ASPARTIC ACIDアスパラギン酸
  • リガンド: [(2~{R})-1-[2-azanylethoxy(oxidanyl)phosphoryl]oxy-3-hexadecanoyloxy-propan-2-yl] (~{Z})-octadec-9-enoate

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超分子 #1: Complex of GltPh with L-aspartate and sodium ions in MSP1E3 nanodisc

超分子名称: Complex of GltPh with L-aspartate and sodium ions in MSP1E3 nanodisc
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1
由来(天然)生物種: Pyrococcus horikoshii (古細菌)
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
分子量理論値: 134 KDa

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分子 #1: Glutamate transporter homolog

分子名称: Glutamate transporter homolog / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Pyrococcus horikoshii (古細菌)
分子量理論値: 44.669957 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: (FME)GLYRKYIEY PVLQKILIGL ILGAIVGLIL GHYGYAHAVH TYVKPFGDLF VRLLKMLVMP IVFASLVVGA ASISPA RLG RVGVKIVVYY LLTSAFAVTL GIIMARLFNP GAGIHLAVGG QQFQPHQAPP LVHILLDIVP TNPFGALANG QVLPTIF FA ...文字列:
(FME)GLYRKYIEY PVLQKILIGL ILGAIVGLIL GHYGYAHAVH TYVKPFGDLF VRLLKMLVMP IVFASLVVGA ASISPA RLG RVGVKIVVYY LLTSAFAVTL GIIMARLFNP GAGIHLAVGG QQFQPHQAPP LVHILLDIVP TNPFGALANG QVLPTIF FA IILGIAITYL MNSENEKVRK SAETLLDAIN GLAEAMYKIV NGVMQYAPIG VFALIAYVMA EQGVHVVGEL AKVTAAVY V GLTLQILLVY FVLLKIYGID PISFIKHAKD AMLTAFVTRS SSGTLPVTMR VAKEMGISEG IYSFTLPLGA TINMDGTAL YQGVCTFFIA NALGSHLTVG QQLTIVLTAV LASIGTAGVP GAGAIMLAMV LHSVGLPLTD PNVAAAYAMI LGIDAILDMG RTMVNVTGD LTGTAIVAKT EGTLVPR

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分子 #2: ASPARTIC ACID

分子名称: ASPARTIC ACID / タイプ: ligand / ID: 2 / コピー数: 1 / 式: ASP
分子量理論値: 133.103 Da
Chemical component information

ChemComp-ASP:
ASPARTIC ACID / アスパラギン酸 / アスパラギン酸

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分子 #3: [(2~{R})-1-[2-azanylethoxy(oxidanyl)phosphoryl]oxy-3-hexadecanoyl...

分子名称: [(2~{R})-1-[2-azanylethoxy(oxidanyl)phosphoryl]oxy-3-hexadecanoyloxy-propan-2-yl] (~{Z})-octadec-9-enoate
タイプ: ligand / ID: 3 / コピー数: 1 / 式: 6OU
分子量理論値: 717.996 Da
Chemical component information

ChemComp-6OU:
[(2~{R})-1-[2-azanylethoxy(oxidanyl)phosphoryl]oxy-3-hexadecanoyloxy-propan-2-yl] (~{Z})-octadec-9-enoate / POPE / リン脂質*YM

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.4
糖包埋材質: ice
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy
撮影#0 - Image recording ID: 1
#0 - フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k)
#0 - 平均電子線量: 50.1615 e/Å2 / #1 - Image recording ID: 2
#1 - フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k)
#1 - 平均電子線量: 50.1615 e/Å2
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期 角度割当タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION
最終 角度割当タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.62 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 120280
Image recording ID1

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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