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- EMDB-20907: 2.6 Angstrom reconstruction of apo-state streptavidin -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-20907
タイトル2.6 Angstrom reconstruction of apo-state streptavidin
マップデータ2.6 Angstrom resolution reconstruction of apo-state streptavidin
試料
  • 複合体: Streptavidinストレプトアビジン
機能・相同性
機能・相同性情報


biotin binding / extracellular region
類似検索 - 分子機能
Avidin-like, conserved site / Avidin-like domain signature. / アビジン / Avidin/streptavidin / Avidin-like superfamily / Avidin family / Avidin-like domain profile.
類似検索 - ドメイン・相同性
ストレプトアビジン
類似検索 - 構成要素
生物種Streptomyces avidinii (バクテリア)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.6 Å
データ登録者Han Y / Fan X / Yan N
資金援助 米国, 1件
OrganizationGrant number国
National Science Foundation (NSF, United States)DMR - 1420541 米国
引用
ジャーナル: Proc Natl Acad Sci U S A / 年: 2020
タイトル: High-yield monolayer graphene grids for near-atomic resolution cryoelectron microscopy.
著者: Yimo Han / Xiao Fan / Haozhe Wang / Fang Zhao / Christopher G Tully / Jing Kong / Nan Yao / Nieng Yan /
要旨: Cryogenic electron microscopy (cryo-EM) has become one of the most powerful techniques to reveal the atomic structures and working mechanisms of biological macromolecules. New designs of the cryo-EM ...Cryogenic electron microscopy (cryo-EM) has become one of the most powerful techniques to reveal the atomic structures and working mechanisms of biological macromolecules. New designs of the cryo-EM grids-aimed at preserving thin, uniform vitrified ice and improving protein adsorption-have been considered a promising approach to achieving higher resolution with the minimal amount of materials and data. Here, we describe a method for preparing graphene cryo-EM grids with up to 99% monolayer graphene coverage that allows for more than 70% grid squares for effective data acquisition with improved image quality and protein density. Using our graphene grids, we have achieved 2.6-Å resolution for streptavidin, with a molecular weight of 52 kDa, from 11,000 particles. Our graphene grids increase the density of examined soluble, membrane, and lipoproteins by at least 5-fold, affording the opportunity for structural investigation of challenging proteins which cannot be produced in large quantity. In addition, our method employs only simple tools that most structural biology laboratories can access. Moreover, this approach supports customized grid designs targeting specific proteins, owing to its broad compatibility with a variety of nanomaterials.
#1: ジャーナル: Biorxiv / 年: 2019
タイトル: High Yield Monolayer Graphene Grids for Near-Atomic Resolution Cryo-Electron Microscopy
著者: Han Y / Fan X / Wang H / Zhao F / Tully CG / Kong J / Yao N / Yan N
履歴
登録2019年11月2日-
ヘッダ(付随情報) 公開2019年11月13日-
マップ公開2019年11月13日-
更新2020年1月29日-
現状2020年1月29日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.07
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.07
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_20907.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_20907.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 8 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈2.6 Angstrom resolution reconstruction of apo-state streptavidin
ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.072 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.07 / ムービー #1: 0.07
最小 - 最大-0.16102411 - 0.27893314
平均 (標準偏差)0.0002453727 (±0.01012887)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ128128128
Spacing128128128
セルA=B=C: 137.216 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.0721.0721.072
M x/y/z128128128
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z137.216137.216137.216
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ-38-19-20
NX/NY/NZ858082
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS128128128
D min/max/mean-0.1610.2790.000

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Streptavidin

全体名称: Streptavidinストレプトアビジン
要素
  • 複合体: Streptavidinストレプトアビジン

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超分子 #1: Streptavidin

超分子名称: Streptavidin / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0
由来(天然)生物種: Streptomyces avidinii (バクテリア)

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度0.5 mg/mL
緩衝液pH: 8
グリッドモデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: GOLD / メッシュ: 300 / 支持フィルム - 材質: GRAPHENE / 支持フィルム - トポロジー: CONTINUOUS / 支持フィルム - Film thickness: 0.3 nm
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 281 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 詳細: Blot force 0 Blot time 5s.
詳細NEB N7021S

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系C2レンズ絞り径: 70.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / Cs: 0.01 mm
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
検出モード: COUNTING / デジタル化 - サイズ - 横: 3838 pixel / デジタル化 - サイズ - 縦: 3710 pixel / デジタル化 - サンプリング間隔: 5.0 µm / デジタル化 - 画像ごとのフレーム数: 1-32 / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 1086 / 平均露光時間: 2.4 sec. / 平均電子線量: 49.0 e/Å2
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

粒子像選択選択した数: 1130061 / 詳細: Relion auto-picking with Laplacian-of-Gaussian
CTF補正ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.06)
初期モデルモデルのタイプ: EMDB MAP
EMDB ID:

0690

初期 角度割当タイプ: RANDOM ASSIGNMENT / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.0.6)
最終 3次元分類クラス数: 3 / 平均メンバー数/クラス: 34000 / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.0.6)
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.0.6)
最終 再構成使用したクラス数: 1
想定した対称性 - 点群: D2 (2回x2回 2面回転対称)
アルゴリズム: SIMULTANEOUS ITERATIVE (SIRT) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.6 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.0.6) / 使用した粒子像数: 11402
FSC曲線 (解像度の算出)

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原子モデル構築 1

精密化プロトコル: RIGID BODY FIT

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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