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万見
- EMDB-20308: Single Particle Reconstruction of Phosphatidylinositol (3,4,5) tr... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-20308
タイトルSingle Particle Reconstruction of Phosphatidylinositol (3,4,5) trisphosphate-dependent Rac exchanger 1 bound to G protein beta gamma subunits
マップデータ
試料
  • 複合体: P-Rex1 bound to G protein beta gamma subunits
    • 複合体: Phosphatidylinositol (3,4,5) trisphosphate-dependent Rac exchanger 1
      • タンパク質・ペプチド: Phosphatidylinositol (3,4,5) trisphosphate-dependent Rac exchanger 1
    • 複合体: G protein beta-1 subunit
      • タンパク質・ペプチド: Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(T) subunit beta-1
    • 複合体: G protein gamma-2 subunit
      • タンパク質・ペプチド: Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(O) subunit gamma-2
キーワードRhoGEF / G protein (Gタンパク質) / Complex / Phosphatase fold / SIGNALING PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of signaling / Olfactory Signaling Pathway / regulation of dendrite development / Sensory perception of sweet, bitter, and umami (glutamate) taste / Synthesis, secretion, and inactivation of Glucagon-like Peptide-1 (GLP-1) / regulation of actin filament polymerization / Activation of the phototransduction cascade / 好中球 / Activation of G protein gated Potassium channels / G-protein activation ...regulation of signaling / Olfactory Signaling Pathway / regulation of dendrite development / Sensory perception of sweet, bitter, and umami (glutamate) taste / Synthesis, secretion, and inactivation of Glucagon-like Peptide-1 (GLP-1) / regulation of actin filament polymerization / Activation of the phototransduction cascade / 好中球 / Activation of G protein gated Potassium channels / G-protein activation / G beta:gamma signalling through PI3Kgamma / Prostacyclin signalling through prostacyclin receptor / G beta:gamma signalling through PLC beta / ADP signalling through P2Y purinoceptor 1 / Thromboxane signalling through TP receptor / Presynaptic function of Kainate receptors / G beta:gamma signalling through CDC42 / Inhibition of voltage gated Ca2+ channels via Gbeta/gamma subunits / Glucagon-type ligand receptors / Adrenaline,noradrenaline inhibits insulin secretion / G alpha (12/13) signalling events / G beta:gamma signalling through BTK / ADP signalling through P2Y purinoceptor 12 / Cooperation of PDCL (PhLP1) and TRiC/CCT in G-protein beta folding / regulation of small GTPase mediated signal transduction / Thrombin signalling through proteinase activated receptors (PARs) / Ca2+ pathway / G alpha (z) signalling events / Extra-nuclear estrogen signaling / G alpha (s) signalling events / G alpha (q) signalling events / G alpha (i) signalling events / Glucagon-like Peptide-1 (GLP1) regulates insulin secretion / Vasopressin regulates renal water homeostasis via Aquaporins / RHOB GTPase cycle / NRAGE signals death through JNK / superoxide metabolic process / RHOJ GTPase cycle / RHOC GTPase cycle / RHOQ GTPase cycle / CDC42 GTPase cycle / RHOG GTPase cycle / T cell differentiation / RHOA GTPase cycle / RAC2 GTPase cycle / RAC3 GTPase cycle / positive regulation of substrate adhesion-dependent cell spreading / RAC1 GTPase cycle / actin filament polymerization / GTPase activator activity / 好中球 / guanyl-nucleotide exchange factor activity / dendritic shaft / phospholipid binding / photoreceptor disc membrane / cellular response to catecholamine stimulus / adenylate cyclase-activating dopamine receptor signaling pathway / cellular response to prostaglandin E stimulus / G-protein beta-subunit binding / heterotrimeric G-protein complex / G alpha (12/13) signalling events / signaling receptor complex adaptor activity / 成長円錐 / intracellular signal transduction / positive regulation of cell migration / G protein-coupled receptor signaling pathway / GTPase activity / perinuclear region of cytoplasm / enzyme binding / 生体膜 / 細胞膜 / 細胞質基質 / 細胞質
類似検索 - 分子機能
Domain found in Dishevelled, Egl-10, and Pleckstrin (DEP) / DEP domain profile. / Domain found in Dishevelled, Egl-10, and Pleckstrin / DEP domain / Guanine-nucleotide dissociation stimulator, CDC24, conserved site / Dbl homology (DH) domain signature. / Dbl homology (DH) domain superfamily / RhoGEF domain / Guanine nucleotide exchange factor for Rho/Rac/Cdc42-like GTPases / Dbl homology (DH) domain ...Domain found in Dishevelled, Egl-10, and Pleckstrin (DEP) / DEP domain profile. / Domain found in Dishevelled, Egl-10, and Pleckstrin / DEP domain / Guanine-nucleotide dissociation stimulator, CDC24, conserved site / Dbl homology (DH) domain signature. / Dbl homology (DH) domain superfamily / RhoGEF domain / Guanine nucleotide exchange factor for Rho/Rac/Cdc42-like GTPases / Dbl homology (DH) domain / Dbl homology (DH) domain profile. / PH domain profile. / Pleckstrin homology domain. / Pleckstrin homology domain / PDZ domain profile. / Domain present in PSD-95, Dlg, and ZO-1/2. / PDZドメイン / PDZ superfamily / G-protein, gamma subunit / G-protein gamma subunit domain profile. / GGL domain / G-protein gamma-like domain superfamily / G-protein gamma-like domain / GGL domain / G protein gamma subunit-like motifs / Guanine nucleotide-binding protein, beta subunit / G-protein, beta subunit / PH-like domain superfamily / G-protein beta WD-40 repeat / Winged helix DNA-binding domain superfamily / WD40 repeat, conserved site / Trp-Asp (WD) repeats signature. / Trp-Asp (WD) repeats profile. / Trp-Asp (WD) repeats circular profile. / WD domain, G-beta repeat / WD40リピート / WD40リピート / WD40-repeat-containing domain superfamily / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily / WD40/YVTN repeat-like-containing domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
PREX1 / Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(T) subunit beta-1 / Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(O) subunit gamma-2 / Phosphatidylinositol 3,4,5-trisphosphate-dependent Rac exchanger 1 protein
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト) / Bos taurus (ウシ)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.2 Å
データ登録者Cash JN / Cianfrocco MA
資金援助 米国, 3件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Cancer Institute (NIH/NCI)CA221289 米国
National Institutes of Health/National Heart, Lung, and Blood Institute (NIH/NHLBI)HL122416 米国
National Institutes of Health/National Heart, Lung, and Blood Institute (NIH/NHLBI)HL071818 米国
引用ジャーナル: Sci Adv / 年: 2019
タイトル: Cryo-electron microscopy structure and analysis of the P-Rex1-Gβγ signaling scaffold.
著者: Jennifer N Cash / Sarah Urata / Sheng Li / Sandeep K Ravala / Larisa V Avramova / Michael D Shost / J Silvio Gutkind / John J G Tesmer / Michael A Cianfrocco /
要旨: PIP-dependent Rac exchanger 1 (P-Rex1) is activated downstream of G protein-coupled receptors to promote neutrophil migration and metastasis. The structure of more than half of the enzyme and its ...PIP-dependent Rac exchanger 1 (P-Rex1) is activated downstream of G protein-coupled receptors to promote neutrophil migration and metastasis. The structure of more than half of the enzyme and its regulatory G protein binding site are unknown. Our 3.2 Å cryo-EM structure of the P-Rex1-Gβγ complex reveals that the carboxyl-terminal half of P-Rex1 adopts a complex fold most similar to those of phosphoinositide phosphatases. Although catalytically inert, the domain coalesces with a DEP domain and two PDZ domains to form an extensive docking site for Gβγ. Hydrogen-deuterium exchange mass spectrometry suggests that Gβγ binding induces allosteric changes in P-Rex1, but functional assays indicate that membrane localization is also required for full activation. Thus, a multidomain assembly is key to the regulation of P-Rex1 by Gβγ and the formation of a membrane-localized scaffold optimized for recruitment of other signaling proteins such as PKA and PTEN.
履歴
登録2019年6月18日-
ヘッダ(付随情報) 公開2019年7月3日-
マップ公開2019年10月23日-
更新2024年3月20日-
現状2024年3月20日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.0361
  • UCSF Chimeraによる作画
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  • 表面図（半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.0361
  • UCSF Chimeraによる作画
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  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-6pcv
  • 表面レベル: 0.0361
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_20308.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_20308.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 103 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
ボクセルのサイズX=Y=Z: 1 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.0361 / ムービー #1: 0.0361
最小 - 最大-0.23757373 - 0.9838253
平均 (標準偏差)0.0003407711 (±0.008663468)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ300300300
Spacing300300300
セルA=B=C: 300.0 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z111
M x/y/z300300300
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z300.000300.000300.000
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ000
NX/NY/NZ160160160
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS300300300
D min/max/mean-0.2380.9840.000

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添付データ

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マスク #1

ファイルemd_20308_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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追加マップ: Sharpened map

ファイルemd_20308_additional_1.map
注釈Sharpened map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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追加マップ: Unsharpened map

ファイルemd_20308_additional_2.map
注釈Unsharpened map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: #2

ファイルemd_20308_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_20308_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : P-Rex1 bound to G protein beta gamma subunits

全体名称: P-Rex1 bound to G protein beta gamma subunits
要素
  • 複合体: P-Rex1 bound to G protein beta gamma subunits
    • 複合体: Phosphatidylinositol (3,4,5) trisphosphate-dependent Rac exchanger 1
      • タンパク質・ペプチド: Phosphatidylinositol (3,4,5) trisphosphate-dependent Rac exchanger 1
    • 複合体: G protein beta-1 subunit
      • タンパク質・ペプチド: Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(T) subunit beta-1
    • 複合体: G protein gamma-2 subunit
      • タンパク質・ペプチド: Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(O) subunit gamma-2

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超分子 #1: P-Rex1 bound to G protein beta gamma subunits

超分子名称: P-Rex1 bound to G protein beta gamma subunits / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 9 KDa

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超分子 #2: Phosphatidylinositol (3,4,5) trisphosphate-dependent Rac exchanger 1

超分子名称: Phosphatidylinositol (3,4,5) trisphosphate-dependent Rac exchanger 1
タイプ: complex / ID: 2 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #1

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超分子 #3: G protein beta-1 subunit

超分子名称: G protein beta-1 subunit / タイプ: complex / ID: 3 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #2

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超分子 #4: G protein gamma-2 subunit

超分子名称: G protein gamma-2 subunit / タイプ: complex / ID: 4 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #3

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分子 #1: Phosphatidylinositol (3,4,5) trisphosphate-dependent Rac exchanger 1

分子名称: Phosphatidylinositol (3,4,5) trisphosphate-dependent Rac exchanger 1
タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 184.840891 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: GEFAAARESE RQLRLRLCVL NEILGTERDY VGTLRFLQSA FLHRIRQNVA DSVEKGLTEE NVKVLFSNIE DILEVHKDFL AALEYCLHP EPQSQHELGN VFLKFKDKFC VYEEYCSNHE KALRLLVELN KIPTVRAFLL SCMLLGGRKT TDIPLEGYLL S PIQRICKY ...文字列:
GEFAAARESE RQLRLRLCVL NEILGTERDY VGTLRFLQSA FLHRIRQNVA DSVEKGLTEE NVKVLFSNIE DILEVHKDFL AALEYCLHP EPQSQHELGN VFLKFKDKFC VYEEYCSNHE KALRLLVELN KIPTVRAFLL SCMLLGGRKT TDIPLEGYLL S PIQRICKY PLLLKELAKR TPGKHPDHPA VQSALQAMKT VCSNINETKR QMEKLEALEQ LQSHIEGWEG SNLTDICTQL LL QGTLLKI SAGNIQERAF FLFDNLLVYC KRKSRVTGSK KSTKRTKSIN GSLYIFRGRI NTEVMEVENV EDGTADYHSN GYT VTNGWK IHNTAKNKWF VCMAKTAEEK QKWLDAIIRE REQRESLKLG MERDAYVMIA EKGEKLYHMM MNKKVNLIKD RRRK LSTVP KCFLGNEFVA WLLEIGEISK TEEGVNLGQA LLENGIIHHV SDKHQFKNEQ VMYRFRYDDG TYKARSELED IMSKG VRLY CRLHSLYTPV IKDRDYHLKT YKSVLPGSKL VDWLLAQGDC QTREEAVALG VGLCNNGFMH HVLEKSEFRD ESQYFR FHA DEEMEGTSSK NKQLRNDFKL VENILAKRLL ILPQEEDYGF DIEEKNKAVV VKSVQRGSLA EVAGLQVGRK IYSINED LV FLRPFSEVES ILNQSFCSRR PLRLLVATKA KEIIKIPDQP DTLCFQIRGA APPYVYAVGR GSEAMAAGLC AGQCILKV N GSNVMNDGAP EVLEHFQAFR SRREEALGLY QWIYHTHEDA QEARASQEAS TEDPSGEQAQ EEDQADSAFP LLSLGPRLS LCEDSPMVTL TVDNVHLEHG VVYEYVSTAG VRCHVLEKIV EPRGCFGLTA KILEAFAAND SVFVENCRRL MALSSAIVTM PHFEFRNIC DTKLESIGQR IACYQEFAAQ LKSRVSPPFK QAPLEPHPLC GLDFCPTNCH INLMEVSYPK TTPSVGRSFS I RFGRKPSL IGLDPEQGHL NPMSYTQHCI TTMAAPSWKC LPAAEGDPQG QGLHDGSFGP ASGTLGQEDR GLSFLLKQED RE IQDAYLQ LFTKLDVALK EMKQYVTQIN RLLSTITEPT SGGSCDASLA EEASSLPLVS EESEMDRSDH GGIKKVCFKV AEE DQEDSG HDTMSYRDSY SECNSNRDSV LSYTSVRSNS SYLGSDEMGS GDELPCDMRI PSDKQDKLHG CLEHLFNQVD SINA LLKGP VMSRAFEETK HFPMNHSLQE FKQKEECTIR GRSLIQISIQ EDPWNLPNSI KTLVDNIQRY VEDGKNQLLL ALLKC TDTE LQLRRDAIFC QALVAAVCTF SEQLLAALGY RYNNNGEYEE SSRDASRKWL EQVAATGVLL HCQSLLSPAT VKEERT MLE DIWVTLSELD NVTFSFKQLD ENYVANTNVF YHIEGSRQAL KVIFYLDSYH FSKLPSRLEG GASLRLHTAL FTKVLEN VE GLPSPGSQAA EDLQQDINAQ SLEKVQQYYR KLRAFYLERS NLPTDASTTA VKIDQLIRPI NALDELCRLM KSFVHPKP G AAGSVGAGLI PISSELCYRL GACQMVMCGT GMQRSTLSVS LEQAAILARS HGLLPKCIMQ ATDIMRKQGP RVEILAKNL RVKDQMPQGA PRLYRLCQPP VDGDLHHHHH HHHHH

UniProtKB: PREX1

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分子 #2: Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(T) subunit beta-1

分子名称: Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(T) subunit beta-1
タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Bos taurus (ウシ)
分子量理論値: 37.41693 KDa
組換発現生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)
配列文字列: MSELDQLRQE AEQLKNQIRD ARKACADATL SQITNNIDPV GRIQMRTRRT LRGHLAKIYA MHWGTDSRLL VSASQDGKLI IWDSYTTNK VHAIPLRSSW VMTCAYAPSG NYVACGGLDN ICSIYNLKTR EGNVRVSREL AGHTGYLSCC RFLDDNQIVT S SGDTTCAL ...文字列:
MSELDQLRQE AEQLKNQIRD ARKACADATL SQITNNIDPV GRIQMRTRRT LRGHLAKIYA MHWGTDSRLL VSASQDGKLI IWDSYTTNK VHAIPLRSSW VMTCAYAPSG NYVACGGLDN ICSIYNLKTR EGNVRVSREL AGHTGYLSCC RFLDDNQIVT S SGDTTCAL WDIETGQQTT TFTGHTGDVM SLSLAPDTRL FVSGACDASA KLWDVREGMC RQTFTGHESD INAICFFPNG NA FATGSDD ATCRLFDLRA DQELMTYSHD NIICGITSVS FSKSGRLLLA GYDDFNCNVW DALKADRAGV LAGHDNRVSC LGV TDDGMA VATGSWDSFL KIWN

UniProtKB: Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(T) subunit beta-1

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分子 #3: Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(O) subunit gamma-2

分子名称: Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(O) subunit gamma-2
タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Bos taurus (ウシ)
分子量理論値: 9.226547 KDa
組換発現生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)
配列文字列:
HHHHHHHHHH MASNNTASIA QARKLVEQLK MEANIDRIKV SKAAADLMAY CEAHAKEDPL LTPVPASENP FREKKFFSAI L

UniProtKB: Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(O) subunit gamma-2

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度0.7 mg/mL
緩衝液pH: 8
グリッドモデル: Quantifoil, UltrAuFoil, R1.2/1.3 / 材質: GOLD / メッシュ: 300 / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 75 sec.
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系C2レンズ絞り径: 70.0 µm / 照射モード: OTHER / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / Cs: 2.7 mm / 倍率（公称値）: 29000
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
検出モード: COUNTING / デジタル化 - サイズ - 横: 3838 pixel / デジタル化 - サイズ - 縦: 3710 pixel / 撮影したグリッド数: 2 / 実像数: 6746 / 平均電子線量: 47.0 e/Å2
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

粒子像選択選択した数: 905464
詳細: 600,588 particles (untilted) and 304,876 particles (30 degree tilted)
初期モデルモデルのタイプ: OTHER
詳細: cryoSPARC ab initio model calculation was used to create initial model
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. v0.65)
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. v0.65)
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.2 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. v0.65) / 使用した粒子像数: 205599
FSC曲線 (解像度の算出)

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原子モデル構築 1

初期モデル
PDB IDChain

3v5w

chain_id: B, source_name: PDB, initial_model_type: experimental model

3v5w

chain_id: G, source_name: PDB, initial_model_type: experimental model

3qik

chain_id: A, residue_range: 622-706, source_name: PDB, initial_model_type: experimental model
精密化空間: REAL / プロトコル: AB INITIO MODEL / 温度因子: 83
得られたモデル

PDB-6pcv:
Single Particle Reconstruction of Phosphatidylinositol (3,4,5) trisphosphate-dependent Rac exchanger 1 bound to G protein beta gamma subunits

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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