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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-1955 | |||||||||
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タイトル | CryoEM reconstruction of the Vibrio cholerae toxin coregulated pilus (TCP) | |||||||||
マップデータ | VcTCP cryo | |||||||||
試料 |
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キーワード | Vibrio cholerae (コレラ菌) / Type IV pili (性繊毛) / helical filaments / helical symmetry / autoagglutination | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 | |||||||||
生物種 | Vibrio cholerae (コレラ菌) | |||||||||
手法 | らせん対称体再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 27.0 Å | |||||||||
データ登録者 | Li J / Egelman EH / Craig L | |||||||||
引用 | ジャーナル: J Mol Biol / 年: 2012 タイトル: Structure of the Vibrio cholerae Type IVb Pilus and stability comparison with the Neisseria gonorrhoeae type IVa pilus. 著者: Juliana Li / Edward H Egelman / Lisa Craig / 要旨: Type IV pili are multifunctional filaments displayed on many bacterial pathogens. Members of the Type IVa pilus subclass are found on a diverse group of human pathogens, whereas Type IVb pili are ...Type IV pili are multifunctional filaments displayed on many bacterial pathogens. Members of the Type IVa pilus subclass are found on a diverse group of human pathogens, whereas Type IVb pili are found almost exclusively on enteric bacteria. The Type IVa and IVb subclasses are distinguished by differences in the pilin subunits, including the fold of the globular domain. To understand the implications of the distinct pilin folds, we compared the stabilities of pilin subunits and pilus filaments for the Type IVa GC pilus from Neisseria gonorrhoeae and the Type IVb toxin-coregulated pilus (TCP) from Vibrio cholerae. We show that while recombinant TCP pilin is more stable than GC pilin, the GC pili are more resistant to proteolysis, heat and chemical denaturation than TCP, remaining intact in 8 M urea. To understand these differences, we determined the TCP structure by electron microscopy and three-dimensional image reconstruction. TCP have an architecture similar to that of GC pili, with subunits arranged in a right-handed 1-start helix and related by an 8.4-Å axial rise and a 96.8° azimuthal rotation. However, the TCP subunits are not as tightly packed as GC pilins, and the distinct Type IVb pilin fold exposes a segment of the α-helical core of TCP. Hydrophobic interactions dominate for both pilus subtypes, but base stacking by aromatic residues conserved among the Type IVa pilins may contribute to GC pilus stability. The extraordinary stability of GC pili may represent an adaptation of the Type IVa pili to harsh environments and the need to retract against external forces. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_1955.map.gz | 3.6 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-1955-v30.xml emd-1955.xml | 10.6 KB 10.6 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | em-1955.jpg | 32.7 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-1955 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-1955 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_1955.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 3.7 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | VcTCP cryo | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 5.08 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-試料の構成要素
-全体 : Toxin coregulated pilus (TCP)
全体 | 名称: Toxin coregulated pilus (TCP) |
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要素 |
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-超分子 #1000: Toxin coregulated pilus (TCP)
超分子 | 名称: Toxin coregulated pilus (TCP) / タイプ: sample / ID: 1000 / 集合状態: Polymer / Number unique components: 1 |
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分子量 | 実験値: 42 MDa / 理論値: 42 MDa |
-分子 #1: TcpA
分子 | 名称: TcpA / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / Name.synonym: Type IV pilin / 集合状態: polymer / 組換発現: No / データベース: NCBI |
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由来(天然) | 生物種: Vibrio cholerae (コレラ菌) / 株: RT4225 / 細胞: Vibrio cholerae RT4225 / 細胞中の位置: Surface |
分子量 | 実験値: 21 KDa / 理論値: 21 KDa |
配列 | UniProtKB: Toxin coregulated pilin |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | らせん対称体再構成法 |
試料の集合状態 | filament |
-試料調製
濃度 | 0.3 mg/mL |
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緩衝液 | pH: 7.4 詳細: PBS (137 mM NaCl, 2.7 mM KCl, 10 mM Na2HPO4, 2 mM KH2PO4 pH 7.4), 10 mM EDTA |
グリッド | 詳細: C-flat holey carbon grids (Protochips Inc.) |
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 93 K / 装置: FEI VITROBOT MARK III / 詳細: Vitrification instrument: Vitrobot Mark III / 手法: Blot 3.5 seconds |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TECNAI F20 |
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電子線 | 加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 倍率(補正後): 30000 / 照射モード: OTHER / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / Cs: 2 mm / 最大 デフォーカス(公称値): 4.0 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 1.0 µm / 倍率(公称値): 30000 |
試料ステージ | 試料ホルダー: Eucentric / 試料ホルダーモデル: GATAN LIQUID NITROGEN |
アライメント法 | Legacy - 非点収差: corrected at 100KX |
詳細 | Low dose mode |
撮影 | カテゴリ: FILM / フィルム・検出器のモデル: KODAK SO-163 FILM / デジタル化 - スキャナー: NIKON COOLSCAN / デジタル化 - サンプリング間隔: 2.54 µm / 実像数: 25 / 平均電子線量: 10 e/Å2 |
実験機器 | モデル: Tecnai F20 / 画像提供: FEI Company |
-画像解析
CTF補正 | 詳細: each micrograph |
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最終 再構成 | 想定した対称性 - らせんパラメータ - Δz: 8.6 Å 想定した対称性 - らせんパラメータ - ΔΦ: 96.9 ° アルゴリズム: OTHER / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 27.0 Å / 解像度の算出法: FSC 0.5 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: IHRSR 詳細: Particles were decimated to 5.08 Ang per pixel. Reconstruction was generated from 1000 overlapping particles (200 pixels length with a 190-pixel overlap, 80 pixels in width, padded to 200 pixels). |
-原子モデル構築 1
初期モデル | PDB ID: Chain - Chain ID: A |
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詳細 | PDBEntryID_givenInChain. Protocol: Rigid body. The TcpA pilin subunit was docked manually using the program Chimera. The filament was generated by applying the symmetry parameters to the docked subunit. |
精密化 | 空間: REAL / プロトコル: RIGID BODY FIT |