[日本語] English
万見
- EMDB-18396: Cryo-EM structure of C-terminally truncated Apoptosis signal-regu... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-18396
タイトルCryo-EM structure of C-terminally truncated Apoptosis signal-regulating kinase 1 (ASK1)
マップデータmain map, sharpened in phenix.autosharpen
試料
  • 複合体: C-terminally truncated Apoptosis signal-regulating kinase 1
    • タンパク質・ペプチド: Mitogen-activated protein kinase kinase kinase 5
キーワードASK1 (MAP3K5) / MAP3K (MAPキナーゼキナーゼキナーゼ) / MAPK signaling / thioredoxin (チオレドキシン) / APOPTOSIS (アポトーシス)
機能・相同性
機能・相同性情報


cellular response to reactive nitrogen species / neuron intrinsic apoptotic signaling pathway in response to oxidative stress / IRE1-TRAF2-ASK1 complex / protein kinase complex / MAPキナーゼキナーゼキナーゼ / programmed necrotic cell death / JUN kinase kinase kinase activity / endothelial cell apoptotic process / positive regulation of p38MAPK cascade / intrinsic apoptotic signaling pathway in response to oxidative stress ...cellular response to reactive nitrogen species / neuron intrinsic apoptotic signaling pathway in response to oxidative stress / IRE1-TRAF2-ASK1 complex / protein kinase complex / MAPキナーゼキナーゼキナーゼ / programmed necrotic cell death / JUN kinase kinase kinase activity / endothelial cell apoptotic process / positive regulation of p38MAPK cascade / intrinsic apoptotic signaling pathway in response to oxidative stress / positive regulation of cardiac muscle cell apoptotic process / p38MAPK cascade / positive regulation of cysteine-type endopeptidase activity involved in apoptotic process / MAP kinase kinase kinase activity / intrinsic apoptotic signaling pathway in response to endoplasmic reticulum stress / positive regulation of protein kinase activity / positive regulation of myoblast differentiation / stress-activated MAPK cascade / positive regulation of JUN kinase activity / JNK cascade / positive regulation of vascular associated smooth muscle cell proliferation / cellular response to amino acid starvation / response to endoplasmic reticulum stress / response to ischemia / apoptotic signaling pathway / positive regulation of JNK cascade / cellular response to hydrogen peroxide / 分裂促進因子活性化タンパク質キナーゼ / 細胞老化 / cellular response to tumor necrosis factor / protein phosphatase binding / Oxidative Stress Induced Senescence / neuron apoptotic process / protein kinase activity / positive regulation of apoptotic process / protein domain specific binding / external side of plasma membrane / protein phosphorylation / protein serine kinase activity / 自然免疫系 / protein serine/threonine kinase activity / protein kinase binding / positive regulation of DNA-templated transcription / magnesium ion binding / protein homodimerization activity / protein-containing complex / ATP binding / identical protein binding / 細胞質基質 / 細胞質
類似検索 - 分子機能
MAP3K, deoxyribohydrolase domain / MAP3K, HisK-N-like globin domain / HisK-N-like globin domain of the ASK signalosome / Deoxyribohydrolase (DRHyd) domain of the ASK signalosome / MAP3K, TRAFs-binding domain / MAP3K, PH domain / MAP3K TRAFs-binding domain / ASK kinase PH domain / Sterile alpha motif/pointed domain superfamily / Serine/threonine-protein kinase, active site ...MAP3K, deoxyribohydrolase domain / MAP3K, HisK-N-like globin domain / HisK-N-like globin domain of the ASK signalosome / Deoxyribohydrolase (DRHyd) domain of the ASK signalosome / MAP3K, TRAFs-binding domain / MAP3K, PH domain / MAP3K TRAFs-binding domain / ASK kinase PH domain / Sterile alpha motif/pointed domain superfamily / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Mitogen-activated protein kinase kinase kinase 5
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.71 Å
データ登録者Kosek D / Honzejkova K / Obsilova V / Obsil T
資金援助 チェコ, 2件
OrganizationGrant number国
Czech Science Foundation19-00121S チェコ
Czech Academy of Sciences67985823 チェコ
引用ジャーナル: Elife / 年: 2024
タイトル: The cryo-EM structure of ASK1 reveals an asymmetric architecture allosterically modulated by TRX1.
著者: Karolina Honzejkova / Dalibor Kosek / Veronika Obsilova / Tomas Obsil /
要旨: Apoptosis signal-regulating kinase 1 (ASK1) is a crucial stress sensor, directing cells toward apoptosis, differentiation, and senescence via the p38 and JNK signaling pathways. ASK1 dysregulation ...Apoptosis signal-regulating kinase 1 (ASK1) is a crucial stress sensor, directing cells toward apoptosis, differentiation, and senescence via the p38 and JNK signaling pathways. ASK1 dysregulation has been associated with cancer and inflammatory, cardiovascular, and neurodegenerative diseases, among others. However, our limited knowledge of the underlying structural mechanism of ASK1 regulation hampers our ability to target this member of the MAP3K protein family towards developing therapeutic interventions for these disorders. Nevertheless, as a multidomain Ser/Thr protein kinase, ASK1 is regulated by a complex mechanism involving dimerization and interactions with several other proteins, including thioredoxin 1 (TRX1). Thus, the present study aims at structurally characterizing ASK1 and its complex with TRX1 using several biophysical techniques. As shown by cryo-EM analysis, in a state close to its active form, ASK1 is a compact and asymmetric dimer, which enables extensive interdomain and interchain interactions. These interactions stabilize the active conformation of the ASK1 kinase domain. In turn, TRX1 functions as a negative allosteric effector of ASK1, modifying the structure of the TRX1-binding domain and changing its interaction with the tetratricopeptide repeats domain. Consequently, TRX1 reduces access to the activation segment of the kinase domain. Overall, our findings not only clarify the role of ASK1 dimerization and inter-domain contacts but also provide key mechanistic insights into its regulation, thereby highlighting the potential of ASK1 protein-protein interactions as targets for anti-inflammatory therapy.
履歴
登録2023年9月6日-
ヘッダ(付随情報) 公開2024年4月3日-
マップ公開2024年4月3日-
更新2024年4月3日-
現状2024年4月3日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

-
構造の表示

添付画像

emd_18396.png

ダウンロードとリンク

-
マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_18396.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 149.9 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈main map, sharpened in phenix.autosharpen
ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.8336 Å
密度
表面レベル登録者による: 3.0
最小 - 最大-26.769579 - 46.689900000000002
平均 (標準偏差)-0.000000000004257 (±1.0)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderZYX
Origin000
サイズ340340340
Spacing340340340
セルA=B=C: 283.42398 Å
α=β=γ: 90.0 °

-
添付データ

-
マスク #1

ファイルemd_18396_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
追加マップ: mask

ファイルemd_18396_additional_1.map
注釈mask
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: halfmapA

ファイルemd_18396_half_map_1.map
注釈halfmapA
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: halfmapB

ファイルemd_18396_half_map_2.map
注釈halfmapB
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
試料の構成要素

-
全体 : C-terminally truncated Apoptosis signal-regulating kinase 1

全体名称: C-terminally truncated Apoptosis signal-regulating kinase 1
要素
  • 複合体: C-terminally truncated Apoptosis signal-regulating kinase 1
    • タンパク質・ペプチド: Mitogen-activated protein kinase kinase kinase 5

-
超分子 #1: C-terminally truncated Apoptosis signal-regulating kinase 1

超分子名称: C-terminally truncated Apoptosis signal-regulating kinase 1
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 203.5 KDa

-
分子 #1: Mitogen-activated protein kinase kinase kinase 5

分子名称: Mitogen-activated protein kinase kinase kinase 5 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 101.908625 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: MSRRTTVAYV INEASQGQLV VAESEALQSL REACETVGAT LETLHFGKLD FGETTVLDRF YNADIAVVEM SDAFRQPSLF YHLGVRESF SMANNIILYC DTNSDSLQSL KEIICQKNTM CTGNYTFVPY MITPHNKVYC CDSSFMKGLT ELMQPNFELL L GPICLPLV ...文字列:
MSRRTTVAYV INEASQGQLV VAESEALQSL REACETVGAT LETLHFGKLD FGETTVLDRF YNADIAVVEM SDAFRQPSLF YHLGVRESF SMANNIILYC DTNSDSLQSL KEIICQKNTM CTGNYTFVPY MITPHNKVYC CDSSFMKGLT ELMQPNFELL L GPICLPLV DRFIQLLKVA QASSSQYFRE SILNDIRKAR NLYTGKELAA ELARIRQRVD NIEVLTADIV INLLLSYRDI QD YDSIVKL VETLEKLPTF DLASHHHVKF HYAFALNRRN LPGDRAKALD IMIPMVQSEG QVASDMYCLV GRIYKDMFLD SNF TDTESR DHGASWFKKA FESEPTLQSG INYAVLLLAA GHQFESSFEL RKVGVKLSSL LGKKGNLEKL QSYWEVGFFL GASV LANDH MRVIQASEKL FKLKTPAWYL KSIVETILIY KHFVKLTTEQ PVAKQELVDF WMDFLVEATK TDVTVVRFPV LILEP TKIY QPSYLSINNE VEEKTISIWH VLPDDKKGIH EWNFSASSVR GVSISKFEER CCFLYVLHNS DDFQIYFCTE LHCKKF FEM VNTITEEKGR STEEGDCESD LLEYDYEYDE NGDRVVLGKG TYGIVYAGRD LSNQVRIAIK EIPERDSRYS QPLHEEI AL HKHLKHKNIV QYLGSFSENG FIKIFMEQVP GGSLSALLRS KWGPLKDNEQ TIGFYTKQIL EGLKYLHDNQ IVHRDIKG D NVLINTYSGV LKISDFGTSK RLAGINPCTE TFTGTLQYMA PEIIDKGPRG YGKAADIWSL GCTIIEMATG KPPFYELGE PQAAMFKVGM FKVHPEIPES MSAEAKAFIL KCFEPDPDKR ACANDLLVDE FLKVSSKKKK TQPKLSALSA GSNEYLRRIS LPVPVLVNS SHHHHHH

UniProtKB: Mitogen-activated protein kinase kinase kinase 5

-
実験情報

-
構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

-
試料調製

濃度0.7 mg/mL
緩衝液pH: 7.5
詳細: 20 mM Tris-HCl 7.5 150 mM NaCl 2 mM 2-mercaptoethanol 3.8 mM CHAPSO
グリッドモデル: UltrAuFoil R1.2/1.3 / 材質: GOLD / メッシュ: 300 / 前処理 - タイプ: PLASMA CLEANING / 前処理 - 時間: 45 sec. / 前処理 - 雰囲気: OTHER / 詳細: Gatan Solarus II 955
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 298 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

-
電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: OTHER / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy
最大 デフォーカス（公称値）: 2.8000000000000003 µm
最小 デフォーカス（公称値）: 0.7000000000000001 µm
倍率（公称値）: 105000
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)
撮影したグリッド数: 2 / 実像数: 5781 / 平均電子線量: 40.0 e/Å2
詳細: 40 frames 2704 micrographs with 0 degree tilt, 8691 micrographs with 40 degree tilt, 5781 selected for analysis
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

-
画像解析

粒子像選択選択した数: 1126189
初期モデルモデルのタイプ: NONE
初期 角度割当タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 4.1.2)
最終 3次元分類ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 4.1.2)
最終 角度割当タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 4.1.2)
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.71 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 4.1.2)
詳細: Sharpening was done using phenix.autosharpen (1.19.1-4122)
使用した粒子像数: 131110
FSC曲線 (解像度の算出)

-
原子モデル構築 1

初期モデル
PDB IDChain詳細

2clq

chain_id: A, source_name: PDB, initial_model_type: experimental modelkinase domain

5ulm

chain_id: A, source_name: PDB, initial_model_type: experimental modelCRR

3-f1

residue_range: 94-271, source_name: AlphaFold, initial_model_type: in silico modelTBD initial model
精密化空間: REAL / プロトコル: FLEXIBLE FIT
得られたモデル

PDB-8qgy:
Cryo-EM structure of C-terminally truncated Apoptosis signal-regulating kinase 1 (ASK1)

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る