+
データを開く
-
基本情報
登録情報 | ![]() | |||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | Ligand-free SpSLC9C1 in lipid nanodiscs, protomer state 1 | |||||||||||||||
![]() | deepEMhancer sharpened ligand-free SpSLC9C1 in lipid nanodiscs, monomeric state 1 used for figure preparation and model building | |||||||||||||||
![]() |
| |||||||||||||||
![]() | SLC9 / NHE / sperm-specific / ![]() | |||||||||||||||
機能・相同性 | ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() 類似検索 - 分子機能 | |||||||||||||||
生物種 | ![]() ![]() ![]() | |||||||||||||||
手法 | ![]() ![]() | |||||||||||||||
![]() | Kalienkova V / Peter M / Rheinberger J / Paulino C | |||||||||||||||
資金援助 | ![]() ![]()
| |||||||||||||||
![]() | ![]() タイトル: Structures of a sperm-specific solute carrier gated by voltage and cAMP. 著者: Valeria Kalienkova / Martin F Peter / Jan Rheinberger / Cristina Paulino / ![]() ![]() ![]() 要旨: The newly characterized sperm-specific Na/H exchanger stands out by its unique tripartite domain composition. It unites a classical solute carrier unit with regulatory domains usually found in ion ...The newly characterized sperm-specific Na/H exchanger stands out by its unique tripartite domain composition. It unites a classical solute carrier unit with regulatory domains usually found in ion channels, namely, a voltage-sensing domain and a cyclic-nucleotide binding domain, which makes it a mechanistic chimera and a secondary-active transporter activated strictly by membrane voltage. Our structures of the sea urchin SpSLC9C1 in the absence and presence of ligands reveal the overall domain arrangement and new structural coupling elements. They allow us to propose a gating model, where movements in the voltage sensor indirectly cause the release of the exchanging unit from a locked state through long-distance allosteric effects transmitted by the newly characterized coupling helices. We further propose that modulation by its ligand cyclic AMP occurs by means of disruption of the cytosolic dimer interface, which lowers the energy barrier for S4 movements in the voltage-sensing domain. As SLC9C1 members have been shown to be essential for male fertility, including in mammals, our structure represents a potential new platform for the development of new on-demand contraceptives. | |||||||||||||||
履歴 |
|
-
構造の表示
添付画像 |
---|
-
ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | ![]() | 91.1 MB | ![]() | |
---|---|---|---|---|
ヘッダ (付随情報) | ![]() ![]() | 21.2 KB 21.2 KB | 表示 表示 | ![]() |
FSC (解像度算出) | ![]() | 10.7 KB | 表示 | ![]() |
画像 | ![]() | 103 KB | ||
マスクデータ | ![]() | 103 MB | ![]() | |
Filedesc metadata | ![]() | 6.9 KB | ||
その他 | ![]() ![]() ![]() | 80.3 MB 80.7 MB 80.7 MB | ||
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 8pd2MC ![]() 8pczC ![]() 8pd3C ![]() 8pd5C ![]() 8pd7C ![]() 8pd8C ![]() 8pd9C ![]() 8pduC ![]() 8pdvC M: このマップから作成された原子モデル C: 同じ文献を引用 ( |
---|---|
類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
-
リンク
EMDBのページ | ![]() ![]() |
---|---|
「今月の分子」の関連する項目 |
-
マップ
ファイル | ![]() | ||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
注釈 | deepEMhancer sharpened ligand-free SpSLC9C1 in lipid nanodiscs, monomeric state 1 used for figure preparation and model building | ||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 0.836 Å | ||||||||||||||||||||
密度 |
| ||||||||||||||||||||
対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
|
-添付データ
-マスク #1
ファイル | ![]() | ||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
投影像・断面図 |
| ||||||||||||
密度ヒストグラム |
-追加マップ: refined ligand-free SpSLC9C1 in lipid nanodiscs, monomeric state...
ファイル | emd_17598_additional_1.map | ||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
注釈 | refined ligand-free SpSLC9C1 in lipid nanodiscs, monomeric state 1 used for model refinement | ||||||||||||
投影像・断面図 |
| ||||||||||||
密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #2
ファイル | emd_17598_half_map_1.map | ||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
投影像・断面図 |
| ||||||||||||
密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #1
ファイル | emd_17598_half_map_2.map | ||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
投影像・断面図 |
| ||||||||||||
密度ヒストグラム |
-
試料の構成要素
-全体 : Ligand-free SpSLC9C1 in lipid nanodiscs, protomer state 1
全体 | 名称: Ligand-free SpSLC9C1 in lipid nanodiscs, protomer state 1 |
---|---|
要素 |
|
-超分子 #1: Ligand-free SpSLC9C1 in lipid nanodiscs, protomer state 1
超分子 | 名称: Ligand-free SpSLC9C1 in lipid nanodiscs, protomer state 1 タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all |
---|---|
由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() ![]() |
分子量 | 理論値: 300 KDa |
-分子 #1: Sperm-specific sodium proton exchanger
分子 | 名称: Sperm-specific sodium proton exchanger / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
---|---|
由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() ![]() |
分子量 | 理論値: 147.598406 KDa |
組換発現 | 生物種: ![]() ![]() |
配列 | 文字列: MSKKRVVKLR ELVPAVAALA VAVLIQSATG SSGGSGHTPT TQATHADDHD LTTHNGTEEH DDGHDDGHDD LHAHAPKVIV FISGSCLFG AISRSLFKKL PIPYTVVLLI LGAILGVVAS NVPLVEEHTR DVAHMDPHVL LQIFLPVLIF ESAFAMDVHT F MRSFSQVC ...文字列: MSKKRVVKLR ELVPAVAALA VAVLIQSATG SSGGSGHTPT TQATHADDHD LTTHNGTEEH DDGHDDGHDD LHAHAPKVIV FISGSCLFG AISRSLFKKL PIPYTVVLLI LGAILGVVAS NVPLVEEHTR DVAHMDPHVL LQIFLPVLIF ESAFAMDVHT F MRSFSQVC ILALFGLVVA SVLTAVLAMN LFNYNWNFSE AMMFGAIMSA TDPVAVVALL KDLGASKQLG TIIEGESLLN DG CAIVIFN VFMKMVFFPQ LTSTVGQNVL YFLQVAVAGP LWGYAVAKVT VFFLSHIFND ALVEITITLA ATYLTYYIGD IWL EVSGVL AVVVLGLIVN AEKTSISPEV EVFLHRFWEM LAYLANTLIF MMVGVVVTQK ALVAVDKMDW FYLIILYLAI TIIR GMVIS LFSPILSRIG YGLTWRNAVI MTWGGLRGAV GLALALVVEN LAGNDVIGSK FLFHTAGIVV LTLVINATTI QTLLR ILGM SDISIPKRLA MAGAVRRIHE GQNRTLNMLK SDRFLADADW DIATAACEIS DPYSALSDDE NAPADELTLG ERKSVC PGC KAMVPNEPSP REFADMMEEA RLRMLKAEKI SYWKQFEHGM LAREALRLLV QHAEVAADEK DQFILVDDLK KSWQIKG IY PWLKRKLEDL ISEKKIAAIP MPKYKLGKLM YKICHHMAFE VTINIAIVLN IVPIIMEFVV QDKMASVSTM AAPGSTVS S EPSSSQKIED ALRISNYVFF VIYAIEAIVK ILGLGRHYIV SHWNKFDAFI LVVALVDIII AETLLKGSIT INLSSIKVV KLFRLLRGLR MLRLTKALIP KLILVVNGKI NNQLSLGYDV GKGYIIGEEE VGKIIDRMVD NKKILRELKH ISETGRLQVV KELGLLQRE HPGIAVSVKT RQAIRTILNH SRETIHELQG AGLLDEMEAH KLELTVEIKM KRLMNAPSSI PPPPPENLLK N VSWLAGDM KLIDFIKARA SLLHFDYGEV IVREGDESDG LFLIVSGLVK LYGKSAFLDH DNPPVTAGSE ENEVFEDYLT VG NVIGEMG VLTKKPRNAT VTCETTVQVY FITAEDMNIA IDTFTLYPSL EYRLWRVVAI RIATPLIMEQ MAFQGWTQEK VKL HLERGY LVDLAESHFQ FNIDATLEDV ILINGTAYNA HTREEIRSPC LISRTVHKLT FQYTATEEPR LFVVRNAEYN GPIL DGRLD VDSKRSLISI TEISSNMCLK HAAELRQKNS KVMLSRKSSG AAAKEEEDCI PNTSDVEQAA GVSPSVPTKT TPKPK SFLP SLGLSMSKER VNGEAVEESP VKTKQGEETP ETEEGAAPRV NVALEVLFQ UniProtKB: Sperm-specific sodium:proton exchanger |
-実験情報
-構造解析
手法 | ![]() |
---|---|
![]() | ![]() |
試料の集合状態 | particle |
-
試料調製
濃度 | 0.93 mg/mL | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
緩衝液 | pH: 7.6 構成要素:
| ||||||
グリッド | モデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: GOLD / メッシュ: 300 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 30 sec. / 詳細: at 5 mA | ||||||
凍結 | 凍結剤: ETHANE-PROPANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 288.15 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV |
-
電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
---|---|
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: ![]() |
電子光学系 | C2レンズ絞り径: 50.0 µm / 倍率(補正後): 59809 / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD![]() |
特殊光学系 | エネルギーフィルター - スリット幅: 20 eV |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER ホルダー冷却材: NITROGEN |
撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k) 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 11299 / 平均露光時間: 2.51 sec. / 平均電子線量: 60.0 e/Å2 |
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |