+データを開く
-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-17165 | |||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | CRYO-EM FOCUSED REFINEMENT MAPS OF LEISHMANIA MAJOR 80S RIBOSOME : WILD TYPE REPLICATE 1 | |||||||||
マップデータ | Focused refinement Body 1 | |||||||||
試料 |
| |||||||||
キーワード | CRYO-EM LEISHMANIA MAJOR 80S RIBOSOME WILD TYPE / RIBOSOME (リボソーム) | |||||||||
生物種 | Leishmania major strain Friedlin (大形リーシュマニア) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.89 Å | |||||||||
データ登録者 | Rajan KS / Yonath A / Bashan A | |||||||||
資金援助 | イスラエル, 1件
| |||||||||
引用 | ジャーナル: To Be Published タイトル: CRYO-EM STRUCTURE OF LEISHMANIA MAJOR 80S RIBOSOME : WILD TYPE 著者: Rajan KS | |||||||||
履歴 |
|
-構造の表示
添付画像 |
---|
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_17165.map.gz | 232.5 MB | EMDBマップデータ形式 | |
---|---|---|---|---|
ヘッダ (付随情報) | emd-17165-v30.xml emd-17165.xml | 29.1 KB 29.1 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_17165.png | 71.6 KB | ||
Filedesc metadata | emd-17165.cif.gz | 4.3 KB | ||
その他 | emd_17165_additional_1.map.gz emd_17165_additional_2.map.gz emd_17165_half_map_1.map.gz emd_17165_half_map_2.map.gz | 191 MB 187 MB 233.8 MB 233.8 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-17165 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-17165 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
---|
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_17165.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 325 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
注釈 | Focused refinement Body 1 | ||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 0.85 Å | ||||||||||||||||||||
密度 |
| ||||||||||||||||||||
対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
|
-添付データ
-追加マップ: Focused refinement Body 3
ファイル | emd_17165_additional_1.map | ||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
注釈 | Focused refinement Body 3 | ||||||||||||
投影像・断面図 |
| ||||||||||||
密度ヒストグラム |
-追加マップ: Focused refinement Body 2
ファイル | emd_17165_additional_2.map | ||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
注釈 | Focused refinement Body 2 | ||||||||||||
投影像・断面図 |
| ||||||||||||
密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: Half map 2 for Focused refinement Body 1
ファイル | emd_17165_half_map_1.map | ||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
注釈 | Half map 2 for Focused refinement Body 1 | ||||||||||||
投影像・断面図 |
| ||||||||||||
密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: Half map 1 for Focused refinement Body 1
ファイル | emd_17165_half_map_2.map | ||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
注釈 | Half map 1 for Focused refinement Body 1 | ||||||||||||
投影像・断面図 |
| ||||||||||||
密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
-全体 : CRYO-EM STRUCTURE OF LEISHMANIA MAJOR 80S RIBOSOME WILD TYPE
全体 | 名称: CRYO-EM STRUCTURE OF LEISHMANIA MAJOR 80S RIBOSOME WILD TYPE |
---|---|
要素 |
|
-超分子 #1: CRYO-EM STRUCTURE OF LEISHMANIA MAJOR 80S RIBOSOME WILD TYPE
超分子 | 名称: CRYO-EM STRUCTURE OF LEISHMANIA MAJOR 80S RIBOSOME WILD TYPE タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#82 詳細: CRYO-EM STRUCTURE OF LEISHMANIA MAJOR 80S RIBOSOME WILD TYPE |
---|---|
由来(天然) | 生物種: Leishmania major strain Friedlin (大形リーシュマニア) |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
---|---|
解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 7.6 構成要素:
| ||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
グリッド | モデル: Quantifoil R2/2 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY | ||||||||||||
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277.15 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
---|---|
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / 最大 デフォーカス(公称値): 1.5 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 0.5 µm |
撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k) 平均電子線量: 1.0 e/Å2 |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
-画像解析
初期モデル | モデルのタイプ: PDB ENTRY PDBモデル - PDB ID: |
---|---|
初期 角度割当 | タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD |
最終 角度割当 | タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD |
最終 再構成 | 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.89 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 742580 |