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- EMDB-1640: Saccharomyces cerevisiae(パン酵母)由来 V-ATPase(液胞型ATPアーゼ)の2.5 nm分解能の構造 -

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基本情報

エントリ情報
データベース: EMDB / ID: 1640
タイトルStructure of the V-ATPase of Saccharomyces cerevisiae at 2.5 nm resolution
キーワードV-ATPase / single particle / Stator
試料V-ATPase
由来Saccharomyces cerevisiae / 酵母 / Baker's Yeast / サッカロミセス・セレビシエ /
マップデータV-ATPase of Sacharomyces cerevisiae
手法単粒子再構成法, 25Å分解能
データ登録者Diepholz M / Venzke D / Prinz S / Batisse C / Florchinger B / Rossle M / Svergun D / Bottcher B / Fethiere J
引用Structure, 2008, 16, 1789-1798

Structure, 2008, 16, 1789-1798 StrPapers
A different conformation for EGC stator subcomplex in solution and in the assembled yeast V-ATPase: possible implications for regulatory disassembly.
Meikel Diepholz / David Venzke / Simone Prinz / Claire Batisse / Beate Flörchinger / Manfred Rössle / Dmitri I Svergun / Bettina Böttcher / James Féthière

日付登録: 2009年8月3日 / ヘッダ(付随情報) 公開: 2010年6月11日 / マップ公開: 2010年6月11日 / 最新の更新: 2009年8月3日

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構造の表示

ムービー
  • 表面図(断面を密度値に従い着色)
  • 表面レベル: 0.05
  • UCSF CHIMERAによる作画
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  • 表面図(円筒半径に従い着色)
  • 表面レベル: 0.05
  • UCSF CHIMERAによる作画
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方向 Rotation
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添付画像

ダウンロードとリンク

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マップデータ

ファイルemd_1640.map.gz (map file in CCP4 format, 3908 KB)
投影像・断面図
大きさ
明度
コントラスト
その他
Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
100 pix
5.17 A/pix
= 517. A
100 pix
5.17 A/pix
= 517. A
100 pix
5.17 A/pix
= 517. A

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spiderにより作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 5.17 A
密度
表面のレベル:0.05 (by author), 0.05 (ムービー #1)
最小 - 最大-0.493566 - 0.977651
平均 (標準偏差)0.00408422 (0.0519208)
詳細

EMDB XML:

空間群番号1
マップ形状
Axis orderXYZ
Dimensions100100100
Origin000
Limit999999
Spacing100100100
セルA=B=C: 517 A
Alpha=beta=gamma: 90 deg.

CCP4マップヘッダ:

modeImage stored as Reals
A/pix X/Y/Z5.175.175.17
M x/y/z100100100
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z517.000517.000517.000
alpha/beta/gamma90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ-64-64-64
NX/NY/NZ128128128
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS100100100
D min/max/mean-0.4940.9780.004

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 V-ATPase

全体名称: V-ATPase / 構成要素数: 1 / オリゴマーの状態: A3B3CDE3FG3Hac'c''c(5-8)d
分子量理論値: 980 kDa

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構成要素 #1: タンパク質, V-ATPase

タンパク質名称: V-ATPase / 別称: V-ATPase / 組換発現: Yes
由来生物種: Saccharomyces cerevisiae / 酵母 / Baker's Yeast / サッカロミセス・セレビシエ /
由来(合成)発現系: Saccharomyces cerevisiae / 酵母 / サッカロミセス・セレビシエ /
由来(天然)細胞器官: Vacuoles / 細胞中の位置: Vacuolar membranes / 細胞: SBY119 / 臓器・器官・組織: Inner membranes

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実験情報

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試料調製

試料の状態粒子
試料溶液緩衝液: Phosphate buffered Saline containing 0.1% Digitonin, 8% sucrose, 2% sorbitol, 2% glucose, Pefabloc SC (Roche), 13 tablets/l of complete EDTA-free Protease inhibitors
pH: 7.1
支持膜400 mesh copper grid
染色The sandwich technique (Golas et al., 2003) was used to prepare negatively stained V-ATPase samples. Briefly, purified V-ATPase at a concentration of 0.03 mg/ml was adsorbed on a carbon film layered on a mica support at the carbon/mica interface. Subsequently, the carbon film with adsorbed particles was floated over the staining solution (2% uranyl acetate). After attachment of a copper grid to the dry surface of the carbon, a second carbon film was floated over the same staining solution. The protein/carbon/grid assembly was picked up with a piece of newspaper, turned upside down, and immersed in the solution. A sandwich of two carbon layers with the protein particles trapped in between is created by picking up the second carbon layer with the grid.
急速凍結装置: NONE / 凍結剤: NONE

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電子顕微鏡撮影

撮影顕微鏡: FEI/PHILIPS CM200FEG
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 200 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
レンズ倍率: 27500 X (公称値)
非点収差(補正): Corrected at 200000 times magnification on graininess of carbon
Cs: 2 mm / 撮影モード: BRIGHT FIELD
試料ホルダホルダ: Eucentric / モデル: SIDE ENTRY, EUCENTRIC
カメラディテクター: GENERIC CCD

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画像取得

画像取得デジタル画像の数: 400 / サンプリングサイズ: 14.22 microns / ビット深度: 12
詳細: Images were recorded on CCD, no scanning, sampling step size was adjusted to calibrated image size

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画像解析

解析手法: 単粒子再構成法 / 投影像の数: 16300 / 想定した対称性: C1 (非対称)
3次元再構成アルゴリズム: Projection matching / ソフトウェア: IMAGIC, SPIDER, EMAN
詳細: Spider option BP 32F Back Projection - 3D, Sampled, Interpolated in Fourier space
分解能: 25 A / 分解能の算定法: FSC 0.5

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万見について

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2016年9月15日: 新しくなったEM Navigatorと万見

新しくなったEM Navigatorと万見

  • EM Navigatorと万見を刷新しました

関連情報: 新しいEM Navigatorと万見の変更点 / EM Navigator (旧版) / 万見 (旧版)

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2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見

新しいEM Navigatorと万見

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  • 現行版も「旧版」としてしばらく公開を継続します。

関連情報: 新しいEM Navigatorと万見の変更点 / EM Navigator / 万見 (Yorodumi) / EM Navigator (旧版) / 万見 (旧版)

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2016年4月13日: Omokage検索が速くなりました

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2016年3月3日: 2月19日の蛋白研セミナーでのプレゼンテーション(PDFファイル)

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