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万見
- EMDB-15358: Structure of dimeric yeast RNA polymerase II bound to a transcrip... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-15358
タイトルStructure of dimeric yeast RNA polymerase II bound to a transcription bubble (consensus map)
マップデータRNA Polymerase II dimer loaded with a DNA-RNA scaffold
試料
  • 複合体: S. cerevisiae RNA polymerase II
キーワードtranscription regulation / RNA 3' end processing / transcription termination / GENE REGULATION (遺伝子発現の調節)
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.6 Å
データ登録者Carminati M / Manav MC / Bellini D / Passmore LA
資金援助European Union, 2件
OrganizationGrant number国
European Commission725685European Union
European Molecular Biology Organization (EMBO)556-2018European Union
引用ジャーナル: Mol Cell / 年: 2023
タイトル: A direct interaction between CPF and RNA Pol II links RNA 3' end processing to transcription.
著者: Manuel Carminati / Juan B Rodríguez-Molina / M Cemre Manav / Dom Bellini / Lori A Passmore /
要旨: Transcription termination by RNA polymerase II (RNA Pol II) is linked to RNA 3' end processing by the cleavage and polyadenylation factor (CPF or CPSF). CPF contains endonuclease, poly(A) polymerase, ...Transcription termination by RNA polymerase II (RNA Pol II) is linked to RNA 3' end processing by the cleavage and polyadenylation factor (CPF or CPSF). CPF contains endonuclease, poly(A) polymerase, and protein phosphatase activities, which cleave and polyadenylate pre-mRNAs and dephosphorylate RNA Pol II to control transcription. Exactly how the RNA 3' end processing machinery is coupled to transcription remains unclear. Here, we combine in vitro reconstitution, structural studies, and genome-wide analyses to show that yeast CPF physically and functionally interacts with RNA Pol II. Surprisingly, CPF-mediated dephosphorylation promotes the formation of an RNA Pol II stalk-to-stalk homodimer in vitro. This dimer is compatible with transcription but not with the binding of transcription elongation factors. Disruption of the dimerization interface in cells causes transcription defects, including altered RNA Pol II abundance on protein-coding genes, tRNA genes, and intergenic regions. We hypothesize that RNA Pol II dimerization may provide a mechanistic basis for the allosteric model of transcription termination.
履歴
登録2022年7月7日-
ヘッダ(付随情報) 公開2023年11月8日-
マップ公開2023年11月8日-
更新2024年1月10日-
現状2024年1月10日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_15358.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_15358.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 476.8 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈RNA Polymerase II dimer loaded with a DNA-RNA scaffold
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.83 Å/pix.
x 500 pix.
= 415. Å		0.83 Å/pix.
x 500 pix.
= 415. Å		0.83 Å/pix.
x 500 pix.
= 415. Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.83 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.008
最小 - 最大-0.007801991 - 0.02486588
平均 (標準偏差)0.0002527381 (±0.0013749115)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ500500500
Spacing500500500
セルA=B=C: 415.0 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_15358_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_15358_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : S. cerevisiae RNA polymerase II

全体名称: S. cerevisiae RNA polymerase II
要素
  • 複合体: S. cerevisiae RNA polymerase II

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超分子 #1: S. cerevisiae RNA polymerase II

超分子名称: S. cerevisiae RNA polymerase II / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0
詳細: RNA polymerase 'stalk-to-stalk' homodimer loaded with a DNA-RNA scaffold mimicking a transcription bubble
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
分子量理論値: 552 KDa

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度1.1 mg/mL
緩衝液pH: 8
構成要素:
濃度名称
10.0 mMK-HEPES
100.0 mMKCl
0.5 mMTCEP

詳細: 0.005 % v/v Tween-20 was added to the sample just before vitrification to prevent preferred orientation problems.
グリッドモデル: UltrAuFoil R1.2/1.3 / 材質: GOLD / メッシュ: 300 / 前処理 - タイプ: PLASMA CLEANING / 前処理 - 時間: 45 sec.
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277.15 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 詳細: blot for 4 seconds (force -12) before plunging.
詳細The vitrified sample contained Pol II (with transcription bubble) bound to Ref2:Glc7:Swd2. We observed a dimeric Pol II population (~10 % of particles) which is reported in the present deposition.

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電子顕微鏡法 #1

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系C2レンズ絞り径: 50.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.7 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.5 µm / 倍率（公称値）: 105000
特殊光学系エネルギーフィルター - スリット幅: 20 eV
試料ステージホルダー冷却材: NITROGEN
Microscopy ID1
詳細The movies were collected without tilt or with a tilt angle over a 33-45 degrees range.
撮影Image recording ID: 1
フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)
撮影したグリッド数: 6 / 実像数: 25411 / 平均電子線量: 40.0 e/Å2
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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電子顕微鏡法 #1~

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系C2レンズ絞り径: 50.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.7 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.5 µm / 倍率（公称値）: 75000
試料ステージホルダー冷却材: NITROGEN
Microscopy ID1
詳細The movies were collected without tilt or with a tilt angle over a 30-40 degrees range.
撮影Image recording ID: 2
フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON III (4k x 4k)
検出モード: COUNTING / 撮影したグリッド数: 2 / 実像数: 2035 / 平均電子線量: 40.0 e/Å2
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

粒子像選択選択した数: 5000000
詳細: 800000 particles from the Falcon II datasets were used for the final reconstruction (please refer to the methods in the paper)
初期モデルモデルのタイプ: EMDB MAP
EMDB ID:

8736

初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.1)
最終 3次元分類クラス数: 6 / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.1)
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.1)
最終 再構成使用したクラス数: 1 / 想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 4.6 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.1)
詳細: Consensus refined map of homodimeric RNA Pol II before focused refinement on monomer 1 (EMD-15359) or monomer 2 (EMD-15360).
使用した粒子像数: 151000
詳細Consensus (refined) map of the intact Pol II dimer before focused refinement on monomer 1 (EMD-15359) and monomer 2 (EMD-15360).
Image recording ID1
FSC曲線 (解像度の算出)

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原子モデル構築 1

初期モデルPDB ID:

5c4x


Chain - Source name: PDB / Chain - Initial model type: experimental model
詳細Two copies of the monomeric Pol II structure (PDB: 5C4X) were rigid fit into the dimeric Pol II EM density
精密化プロトコル: RIGID BODY FIT

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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