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- EMDB-15141: Tomogram of a lamellipodium of an ArpC5L knockout B16-F1 mouse me... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-15141
タイトルTomogram of a lamellipodium of an ArpC5L knockout B16-F1 mouse melanoma cell
マップデータTomogram of a lamellipodium of a ArpC5L knockout B16-F1 mouse melanoma cell
試料
  • 細胞: Tomogram of a lamellipodium of a ArpC5L knockout B16-F1 mouse melanoma cell
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法電子線トモグラフィー法 / クライオ電子顕微鏡法
データ登録者Faessler F / Javoor MG / Datler J / Doering H / Hofer FW / Dimchev G / Hodirnau VV / Rottner K / Schur FKM
資金援助 オーストリア, 1件
OrganizationGrant number国
Austrian Science FundP33367 オーストリア
引用ジャーナル: Sci Adv / 年: 2023
タイトル: ArpC5 isoforms regulate Arp2/3 complex-dependent protrusion through differential Ena/VASP positioning.
著者: Florian Fäßler / Manjunath G Javoor / Julia Datler / Hermann Döring / Florian W Hofer / Georgi Dimchev / Victor-Valentin Hodirnau / Jan Faix / Klemens Rottner / Florian K M Schur /
要旨: Regulation of the Arp2/3 complex is required for productive nucleation of branched actin networks. An emerging aspect of regulation is the incorporation of subunit isoforms into the Arp2/3 complex. ...Regulation of the Arp2/3 complex is required for productive nucleation of branched actin networks. An emerging aspect of regulation is the incorporation of subunit isoforms into the Arp2/3 complex. Specifically, both ArpC5 subunit isoforms, ArpC5 and ArpC5L, have been reported to fine-tune nucleation activity and branch junction stability. We have combined reverse genetics and cellular structural biology to describe how ArpC5 and ArpC5L differentially affect cell migration. Both define the structural stability of ArpC1 in branch junctions and, in turn, by determining protrusion characteristics, affect protein dynamics and actin network ultrastructure. ArpC5 isoforms also affect the positioning of members of the Ena/Vasodilator-stimulated phosphoprotein (VASP) family of actin filament elongators, which mediate ArpC5 isoform-specific effects on the actin assembly level. Our results suggest that ArpC5 and Ena/VASP proteins are part of a signaling pathway enhancing cell migration.
履歴
登録2022年6月10日-
ヘッダ(付随情報) 公開2023年2月1日-
マップ公開2023年2月1日-
更新2023年2月1日-
現状2023年2月1日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_15141.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_15141.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 281.3 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Tomogram of a lamellipodium of a ArpC5L knockout B16-F1 mouse melanoma cell
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
13.54 Å/pix.
x 200 pix.
= 2708.8 Å		13.54 Å/pix.
x 720 pix.
= 9751.68 Å		13.54 Å/pix.
x 512 pix.
= 6934.528 Å

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

これらの図は立方格子座標系で作成されたものです

ボクセルのサイズX=Y=Z: 13.544 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
最小 - 最大-0.41012755 - 0.38166922
平均 (標準偏差)-2.06432e-05 (±0.05289569)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ720512200
Spacing512720200
セルA: 6934.528 Å / B: 9751.68 Å / C: 2708.8 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Tomogram of a lamellipodium of a ArpC5L knockout B16-F1 mouse mel...

全体名称: Tomogram of a lamellipodium of a ArpC5L knockout B16-F1 mouse melanoma cell
要素
  • 細胞: Tomogram of a lamellipodium of a ArpC5L knockout B16-F1 mouse melanoma cell

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超分子 #1: Tomogram of a lamellipodium of a ArpC5L knockout B16-F1 mouse mel...

超分子名称: Tomogram of a lamellipodium of a ArpC5L knockout B16-F1 mouse melanoma cell
タイプ: cell / ID: 1 / 親要素: 0
由来(天然)生物種: Mus musculus (ハツカネズミ) / 株: B16-F1 / 組織: Melanoma

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析電子線トモグラフィー法
試料の集合状態cell

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試料調製

緩衝液pH: 6.2
構成要素:
濃度名称
10.0 mMMES
150.0 mMSodiumナトリウム
5.0 mMEGTA
5.0 mMGlucoseグルコース
5.0 mMMagnedium chloride
200.0 mMGlutaraldehydeグルタルアルデヒド

詳細: Adjust to pH 6.2 using NaOH Immediately prior to use, add Phalloidin to a final concentration of 1ug/ml
グリッドモデル: Quantifoil R2/2 / 材質: GOLD / メッシュ: 200 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 120 sec. / 前処理 - 雰囲気: AIR
詳細: After glow discharging of the grid and prior to the seeding of cells, the grid was coated using 25ug/ml Laminin for 60mi
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 80 % / チャンバー内温度: 277 K / 装置: LEICA EM GP
切片作成その他: NO SECTIONING

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系C2レンズ絞り径: 50.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 4.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.5 µm / 倍率（公称値）: 53000
特殊光学系エネルギーフィルター - 名称: GIF Bioquantum / エネルギーフィルター - スリット幅: 20 eV
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 61 / 平均電子線量: 2.79 e/Å2
詳細: Images were collected in movie-mode with 8 frames per tilt
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

最終 再構成アルゴリズム: BACK PROJECTION / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.0.8) / 使用した粒子像数: 61

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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