ムービーの操作

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    Jmolの状態

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    ID:- 鎖:- 残基:- 原子:-
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    - EMDB-1483: 部分欠失型 ポータルタンパク質 ー ファージP22由来 -

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    基本情報

    エントリ情報
    データベース: EMDB / ID: 1483
    タイトルStructrue of truncated portal(portal602) from bacteriophage P22
    試料truncated portal from bacteriophage P22
    由来Enterobacteria phage P22 / ウイルス
    マップデータmap of portal602
    手法単粒子再構成法, 8Å分解能
    データ登録者Zheng H / Olia AS / Gonen M / Andrews S / Cingolani G / Gonen T
    引用Mol. Cell, 2008, 29, 376-383

    Mol. Cell, 2008, 29, 376-383 StrPapers
    A conformational switch in bacteriophage p22 portal protein primes genome injection.
    Hongjin Zheng / Adam S Olia / Melissa Gonen / Simeon Andrews / Gino Cingolani / Tamir Gonen

    日付登録: 2008年2月26日 / ヘッダ(付随情報) 公開: 2008年2月26日 / マップ公開: 2009年3月31日 / 最新の更新: 2008年2月26日

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    構造の表示

    ムービー
    • 表面図(断面を密度値に従い着色)
    • 表面レベル: 4.45
    • UCSF CHIMERAによる作画
    • ダウンロード
    • 表面図(円筒半径に従い着色)
    • 表面レベル: 4.45
    • UCSF CHIMERAによる作画
    • ダウンロード
    3D viewer /

    表示 / / 立体視:
    中心
    拡大
    スケール
    断面手前 <=> 奥

    固定: /
    方向
    方向 Rotation
    その他 /
    表示/非表示
    添付画像

    ダウンロードとリンク

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    マップデータ

    ファイルemd_1483.map.gz (map file in CCP4 format, 6751 KB)
    投影像・断面図画像のサイズ:
    Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
    120 pix
    2.48 A/pix
    = 297.6 A
    120 pix
    2.48 A/pix
    = 297.6 A
    120 pix
    2.48 A/pix
    = 297.6 A

    表面

    投影像

    断面 (1/3)

    断面 (1/2)

    断面 (2/3)

    画像は Spiderにより作成

    ボクセルのサイズX=Y=Z: 2.48 A
    密度
    表面のレベル:2.68, 4.45 (ムービー #1)
    最小 - 最大-2.16883 - 6.27797
    平均 (標準偏差)7.44344e-09 (1)
    詳細

    EMDB XML:

    空間群番号1
    マップ形状
    Axis orderXYZ
    Dimensions120120120
    Origin-60-60-60
    Limit595959
    Spacing120120120
    セルA=B=C: 297.6 A
    Alpha=beta=gamma: 90 deg.

    CCP4マップヘッダ:

    modeImage stored as Reals
    A/pix X/Y/Z2.482.482.48
    M x/y/z120120120
    origin x/y/z0.0000.0000.000
    length x/y/z297.600297.600297.600
    alpha/beta/gamma90.00090.00090.000
    start NX/NY/NZ-55-55-55
    NX/NY/NZ111111111
    MAP C/R/S123
    start NC/NR/NS-60-60-60
    NC/NR/NS120120120
    D min/max/mean-2.1696.2780.000

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    添付データ

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    試料の構成要素

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    全体 truncated portal from bacteriophage P22

    全体名称: truncated portal from bacteriophage P22 / 構成要素数: 1 / オリゴマーの状態: 12mer

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    構成要素 #1: タンパク質, gp1

    タンパク質名称: gp1 / 別称: gp1 / 組換発現: Yes
    由来生物種: Enterobacteria phage P22 / ウイルス

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    実験情報

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    試料調製

    試料の状態粒子
    急速凍結装置: NONE / 凍結剤: ETHANE

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    電子顕微鏡撮影

    撮影顕微鏡: FEI TECNAI F20
    電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 200 kV / 照射モード: OTHER
    レンズ撮影モード: OTHER
    試料ホルダホルダ: Eucentric / モデル: OTHER

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    画像解析

    解析手法: 単粒子再構成法 / 想定した対称性: C12 (12回回転対称)
    3次元再構成分解能: 8 A / 分解能の算定法: FSC 0.143

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    万見について

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    お知らせ

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    2016年9月15日: 新しくなったEM Navigatorと万見

    新しくなったEM Navigatorと万見

    • EM Navigatorと万見を刷新しました

    関連情報: 新しいEM Navigatorと万見の変更点 / EM Navigator (旧版) / 万見 (旧版)

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    2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見

    新しいEM Navigatorと万見

    • これまで開発版として公開していたEM Navigatorと万見が、9月15日から正式版となります。
    • 現行版も「旧版」としてしばらく公開を継続します。

    関連情報: 新しいEM Navigatorと万見の変更点 / EM Navigator / 万見 (Yorodumi) / EM Navigator (旧版) / 万見 (旧版)

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    2016年4月13日: Omokage検索が速くなりました

    Omokage検索が速くなりました

    • データアクセスプロセスを見直し、計算時間をこれまでの半分程度に短縮しました。
    • これまで以上に、生体分子の「カタチの類似性」をお楽しみください!

    関連情報: Omokage検索

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    2016年3月3日: 2月19日の蛋白研セミナーでのプレゼンテーション(PDFファイル)

    すべてのお知らせ

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    万見 (Yorodumi)

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    • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
    • 旧バージョンのすべての機能をこちらに移植する予定です
    • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

    関連情報: 万見 (旧版) / EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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