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- EMDB-1483: 部分欠失型 ポータルタンパク質 ー ファージP22由来 -

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基本情報

エントリ情報
データベース: EMDB / ID: 1483
タイトルStructrue of truncated portal(portal602) from bacteriophage P22
試料truncated portal from bacteriophage P22
由来Enterobacteria phage P22 / ウイルス
マップデータmap of portal602
手法単粒子再構成法, 8Å分解能
データ登録者Zheng H / Olia AS / Gonen M / Andrews S / Cingolani G / Gonen T
引用Mol. Cell, 2008, 29, 376-383

Mol. Cell, 2008, 29, 376-383 StrPapers
A conformational switch in bacteriophage p22 portal protein primes genome injection.
Hongjin Zheng / Adam S Olia / Melissa Gonen / Simeon Andrews / Gino Cingolani / Tamir Gonen

日付登録: 2008年2月26日 / ヘッダ(付随情報) 公開: 2008年2月26日 / マップ公開: 2009年3月31日 / 最新の更新: 2008年2月26日

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構造の表示

ムービー
  • 表面図(断面を密度値に従い着色)
  • 表面レベル: 4.45
  • UCSF CHIMERAによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図(円筒半径に従い着色)
  • 表面レベル: 4.45
  • UCSF CHIMERAによる作画
  • ダウンロード
3D viewer


表示 / / 立体視:
中心
拡大
スケール
断面手前 <=> 奥

固定: /
方向
方向 Rotation
その他 /
表示/非表示
添付画像

ダウンロードとリンク

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マップデータ

ファイルemd_1483.map.gz (map file in CCP4 format, 6751 KB)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
120 pix
2.48 A/pix
= 297.6 A
120 pix
2.48 A/pix
= 297.6 A
120 pix
2.48 A/pix
= 297.6 A

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spiderにより作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 2.48 A
密度
表面のレベル:2.68, 4.45 (ムービー #1)
最小 - 最大-2.16883 - 6.27797
平均 (標準偏差)7.44344e-09 (1)
詳細

EMDB XML:

空間群番号1
マップ形状
Axis orderXYZ
Dimensions120120120
Origin-60-60-60
Limit595959
Spacing120120120
セルA=B=C: 297.6 A
Alpha=beta=gamma: 90 deg.

CCP4マップヘッダ:

modeImage stored as Reals
A/pix X/Y/Z2.482.482.48
M x/y/z120120120
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z297.600297.600297.600
alpha/beta/gamma90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ-55-55-55
NX/NY/NZ111111111
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS-60-60-60
NC/NR/NS120120120
D min/max/mean-2.1696.2780.000

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 truncated portal from bacteriophage P22

全体名称: truncated portal from bacteriophage P22 / 構成要素数: 1 / オリゴマーの状態: 12mer

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構成要素 #1: タンパク質, gp1

タンパク質名称: gp1 / 別称: gp1 / 組換発現: Yes
由来生物種: Enterobacteria phage P22 / ウイルス

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実験情報

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試料調製

試料の状態粒子
急速凍結装置: NONE / 凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

撮影顕微鏡: FEI TECNAI F20
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 200 kV / 照射モード: OTHER
レンズ撮影モード: OTHER
試料ホルダホルダ: Eucentric / モデル: OTHER

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画像解析

解析手法: 単粒子再構成法 / 想定した対称性: C12 (12回回転対称)
3次元再構成分解能: 8 A / 分解能の算定法: FSC 0.143

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万見について

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お知らせ

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2016年9月15日: 新しくなったEM Navigatorと万見

新しくなったEM Navigatorと万見

  • EM Navigatorと万見を刷新しました

関連情報: 新しいEM Navigatorと万見の変更点 / EM Navigator (旧版) / 万見 (旧版)

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2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見

新しいEM Navigatorと万見

  • これまで開発版として公開していたEM Navigatorと万見が、9月15日から正式版となります。
  • 現行版も「旧版」としてしばらく公開を継続します。

関連情報: 新しいEM Navigatorと万見の変更点 / EM Navigator / 万見 (Yorodumi) / EM Navigator (旧版) / 万見 (旧版)

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2016年4月13日: Omokage検索が速くなりました

Omokage検索が速くなりました

  • データアクセスプロセスを見直し、計算時間をこれまでの半分程度に短縮しました。
  • これまで以上に、生体分子の「カタチの類似性」をお楽しみください!

関連情報: Omokage検索

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2016年3月3日: 2月19日の蛋白研セミナーでのプレゼンテーション(PDFファイル)

すべてのお知らせ

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • 旧バージョンのすべての機能をこちらに移植する予定です
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報: 万見 (旧版) / EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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