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基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-14236 | |||||||||
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タイトル | Furin Cleaved Alpha Variant SARS-CoV-2 Spike in complex with 3 ACE2 | |||||||||
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機能・相同性 | ![]() positive regulation of amino acid transport / ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() | |||||||||
手法 | ![]() ![]() | |||||||||
![]() | Benton DJ / Wrobel AG / Gamblin SJ | |||||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Evolution of the SARS-CoV-2 spike protein in the human host. 著者: Antoni G Wrobel / Donald J Benton / Chloë Roustan / Annabel Borg / Saira Hussain / Stephen R Martin / Peter B Rosenthal / John J Skehel / Steven J Gamblin / ![]() 要旨: Recently emerged variants of SARS-CoV-2 contain in their surface spike glycoproteins multiple substitutions associated with increased transmission and resistance to neutralising antibodies. We have ...Recently emerged variants of SARS-CoV-2 contain in their surface spike glycoproteins multiple substitutions associated with increased transmission and resistance to neutralising antibodies. We have examined the structure and receptor binding properties of spike proteins from the B.1.1.7 (Alpha) and B.1.351 (Beta) variants to better understand the evolution of the virus in humans. Spikes of both variants have the same mutation, N501Y, in the receptor-binding domains. This substitution confers tighter ACE2 binding, dependent on the common earlier substitution, D614G. Each variant spike has acquired other key changes in structure that likely impact virus pathogenesis. The spike from the Alpha variant is more stable against disruption upon binding ACE2 receptor than all other spikes studied. This feature is linked to the acquisition of a more basic substitution at the S1-S2 furin site (also observed for the variants of concern Delta, Kappa, and Omicron) which allows for near-complete cleavage. In the Beta variant spike, the presence of a new substitution, K417N (also observed in the Omicron variant), in combination with the D614G, stabilises a more open spike trimer, a conformation required for receptor binding. Our observations suggest ways these viruses have evolved to achieve greater transmissibility in humans. | |||||||||
履歴 |
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構造の表示
ムービー |
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構造ビューア | EMマップ: ![]() ![]() ![]() |
添付画像 |
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ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | ![]() | 9.8 MB | ![]() | |
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ヘッダ (付随情報) | ![]() ![]() | 18.9 KB 18.9 KB | 表示 表示 | ![]() |
FSC (解像度算出) | ![]() | 17 KB | 表示 | ![]() |
画像 | ![]() | 73.3 KB | ||
マスクデータ | ![]() | 512 MB | ![]() | |
その他 | ![]() ![]() | 475.8 MB 475.8 MB | ||
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 7r1aMC ![]() 7r0zC ![]() 7r10C ![]() 7r11C ![]() 7r12C ![]() 7r13C ![]() 7r14C ![]() 7r15C ![]() 7r16C ![]() 7r17C ![]() 7r18C ![]() 7r19C ![]() 7r1bC M: このマップから作成された原子モデル C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ |
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リンク
EMDBのページ | ![]() ![]() |
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「今月の分子」の関連する項目 |
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マップ
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投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.087 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-マスク #1
ファイル | ![]() | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #2
ファイル | emd_14236_half_map_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #1
ファイル | emd_14236_half_map_2.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
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試料の構成要素
-全体 : Furin Cleaved Alpha Variant SARS-CoV-2 Spike in complex with 3 ACE2
全体 | 名称: Furin Cleaved Alpha Variant SARS-CoV-2 Spike in complex with 3 ACE2 |
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要素 |
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-超分子 #1: Furin Cleaved Alpha Variant SARS-CoV-2 Spike in complex with 3 ACE2
超分子 | 名称: Furin Cleaved Alpha Variant SARS-CoV-2 Spike in complex with 3 ACE2 タイプ: complex / キメラ: Yes / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#2 |
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分子量 | 理論値: 650 KDa |
-超分子 #2: SARS-CoV-2 Spike glycoprotein
超分子 | 名称: SARS-CoV-2 Spike glycoprotein / タイプ: complex / キメラ: Yes / ID: 2 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #1 |
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由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() ![]() |
組換発現 | 生物種: ![]() ![]() |
-超分子 #3: Angiotensin-converting enzyme 2 (ACE2)
超分子 | 名称: Angiotensin-converting enzyme 2 (ACE2) / タイプ: complex / キメラ: Yes / ID: 3 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #2 |
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由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() |
組換発現 | 生物種: ![]() ![]() |
-分子 #1: Spike glycoprotein
分子 | 名称: Spike glycoprotein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() ![]() |
分子量 | 理論値: 142.104812 KDa |
組換発現 | 生物種: ![]() ![]() |
配列 | 文字列: MGILPSPGMP ALLSLVSLLS VLLMGCVAET GMFVFLVLLP LVSSQCVNLT TRTQLPPAYT NSFTRGVYYP DKVFRSSVLH STQDLFLPF FSNVTWFHAI SGTNGTKRFD NPVLPFNDGV YFASTEKSNI IRGWIFGTTL DSKTQSLLIV NNATNVVIKV C EFQFCNDP ...文字列: MGILPSPGMP ALLSLVSLLS VLLMGCVAET GMFVFLVLLP LVSSQCVNLT TRTQLPPAYT NSFTRGVYYP DKVFRSSVLH STQDLFLPF FSNVTWFHAI SGTNGTKRFD NPVLPFNDGV YFASTEKSNI IRGWIFGTTL DSKTQSLLIV NNATNVVIKV C EFQFCNDP FLGVYHKNNK SWMESEFRVY SSANNCTFEY VSQPFLMDLE GKQGNFKNLR EFVFKNIDGY FKIYSKHTPI NL VRDLPQG FSALEPLVDL PIGINITRFQ TLLALHRSYL TPGDSSSGWT AGAAAYYVGY LQPRTFLLKY NENGTITDAV DCA LDPLSE TKCTLKSFTV EKGIYQTSNF RVQPTESIVR FPNITNLCPF GEVFNATRFA SVYAWNRKRI SNCVADYSVL YNSA SFSTF KCYGVSPTKL NDLCFTNVYA DSFVIRGDEV RQIAPGQTGK IADYNYKLPD DFTGCVIAWN SNNLDSKVGG NYNYL YRLF RKSNLKPFER DISTEIYQAG STPCNGVEGF NCYFPLQSYG FQPTYGVGYQ PYRVVVLSFE LLHAPATVCG PKKSTN LVK NKCVNFNFNG LTGTGVLTES NKKFLPFQQF GRDIDDTTDA VRDPQTLEIL DITPCSFGGV SVITPGTNTS NQVAVLY QG VNCTEVPVAI HADQLTPTWR VYSTGSNVFQ TRAGCLIGAE HVNNSYECDI PIGAGICASY QTQTNSHRRA RSVASQSI I AYTMSLGAEN SVAYSNNSIA IPINFTISVT TEILPVSMTK TSVDCTMYIC GDSTECSNLL LQYGSFCTQL NRALTGIAV EQDKNTQEVF AQVKQIYKTP PIKDFGGFNF SQILPDPSKP SKRSFIEDLL FNKVTLADAG FIKQYGDCLG DIAARDLICA QKFNGLTVL PPLLTDEMIA QYTSALLAGT ITSGWTFGAG AALQIPFAMQ MAYRFNGIGV TQNVLYENQK LIANQFNSAI G KIQDSLSS TASALGKLQD VVNQNAQALN TLVKQLSSNF GAISSVLNDI LARLDPPEAE VQIDRLITGR LQSLQTYVTQ QL IRAAEIR ASANLAATKM SECVLGQSKR VDFCGKGYHL MSFPQSAPHG VVFLHVTYVP AQEKNFTTAP AICHDGKAHF PRE GVFVSN GTHWFVTQRN FYEPQIITTH NTFVSGNCDV VIGIVNNTVY DPLQPELDSF KEELDKYFKN HTSPDVDLGD ISGI NASVV NIQKEIDRLN EVAKNLNESL IDLQELGKYE QSGRENLYFQ GGGGSGYIPE APRDGQAYVR KDGEWVLLST FLGHH HHHH |
-分子 #2: Angiotensin-converting enzyme 2
分子 | 名称: Angiotensin-converting enzyme 2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO / EC番号: ![]() |
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由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() |
分子量 | 理論値: 75.337422 KDa |
組換発現 | 生物種: ![]() ![]() |
配列 | 文字列: METDTLLLWV LLLWVPGSTG STIEEQAKTF LDKFNHEAED LFYQSSLASW NYNTNITEEN VQNMNNAGDK WSAFLKEQST LAQMYPLQE IQNLTVKLQL QALQQNGSSV LSEDKSKRLN TILNTMSTIY STGKVCNPDN PQECLLLEPG LNEIMANSLD Y NERLWAWE ...文字列: METDTLLLWV LLLWVPGSTG STIEEQAKTF LDKFNHEAED LFYQSSLASW NYNTNITEEN VQNMNNAGDK WSAFLKEQST LAQMYPLQE IQNLTVKLQL QALQQNGSSV LSEDKSKRLN TILNTMSTIY STGKVCNPDN PQECLLLEPG LNEIMANSLD Y NERLWAWE SWRSEVGKQL RPLYEEYVVL KNEMARANHY EDYGDYWRGD YEVNGVDGYD YSRGQLIEDV EHTFEEIKPL YE HLHAYVR AKLMNAYPSY ISPIGCLPAH LLGDMWGRFW TNLYSLTVPF GQKPNIDVTD AMVDQAWDAQ RIFKEAEKFF VSV GLPNMT QGFWENSMLT DPGNVQKAVC HPTAWDLGKG DFRILMCTKV TMDDFLTAHH EMGHIQYDMA YAAQPFLLRN GANE GFHEA VGEIMSLSAA TPKHLKSIGL LSPDFQEDNE TEINFLLKQA LTIVGTLPFT YMLEKWRWMV FKGEIPKDQW MKKWW EMKR EIVGVVEPVP HDETYCDPAS LFHVSNDYSF IRYYTRTLYQ FQFQEALCQA AKHEGPLHKC DISNSTEAGQ KLFNML RLG KSEPWTLALE NVVGAKNMNV RPLLNYFEPL FTWLKDQNKN SFVGWSTDWS PYADDYKDDD DKWSHPQFEK GGGSGGG SG GSSAWSHPQF EK |
-分子 #4: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
分子 | 名称: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / タイプ: ligand / ID: 4 / コピー数: 48 / 式: NAG |
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分子量 | 理論値: 221.208 Da |
Chemical component information | ![]() ChemComp-NAG: |
-分子 #5: ZINC ION
分子 | 名称: ZINC ION / タイプ: ligand / ID: 5 / コピー数: 3 / 式: ZN |
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分子量 | 理論値: 65.409 Da |
-実験情報
-構造解析
手法 | ![]() |
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![]() | ![]() |
試料の集合状態 | particle |
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試料調製
緩衝液 | pH: 8 |
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凍結 | 凍結剤: ETHANE |
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電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: ![]() |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD![]() |
撮影 | フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON III (4k x 4k) 検出モード: COUNTING / 平均電子線量: 35.0 e/Å2 |
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |