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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-13890 | |||||||||
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タイトル | SARS-CoV-2 Spike in complex with the neutralizing nanobody VHH-G09 | |||||||||
マップデータ | ||||||||||
試料 |
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キーワード | coronavirus (オルトコロナウイルス亜科) / VHH / nanobody (ナノボディ) / VIRAL PROTEIN (ウイルスタンパク質) | |||||||||
生物種 | Vicugna pacos (アルパカ) / Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (SARSコロナウイルス2) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.72 Å | |||||||||
データ登録者 | Guardado-Calvo P / Fernandez I / Rey FA | |||||||||
資金援助 | 1件
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引用 | ジャーナル: To Be Published タイトル: Nanobodies against SARS-CoV-2 neutralize variants of concern and explore conformational differences on the Spike protein 著者: Fernandez I / Buchrieser J | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
添付画像 |
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-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_13890.map.gz | 392 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-13890-v30.xml emd-13890.xml | 7.2 KB 7.2 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_13890.png | 47.4 KB | ||
Filedesc metadata | emd-13890.cif.gz | 3.5 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-13890 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-13890 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_13890.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 421.9 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 0.96 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-試料の構成要素
-全体 : HexaPro Spike Protein in complex with nanobody VHH-G09
全体 | 名称: HexaPro Spike Protein in complex with nanobody VHH-G09 |
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要素 |
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-超分子 #1: HexaPro Spike Protein in complex with nanobody VHH-G09
超分子 | 名称: HexaPro Spike Protein in complex with nanobody VHH-G09 タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 詳細: Trimeric HexaPro Spike with one nanobody per protomer |
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-超分子 #2: VHH-G09
超分子 | 名称: VHH-G09 / タイプ: complex / ID: 2 / 親要素: 1 |
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由来(天然) | 生物種: Vicugna pacos (アルパカ) |
-超分子 #3: HexaPro Spike
超分子 | 名称: HexaPro Spike / タイプ: complex / ID: 3 / 親要素: 1 |
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由来(天然) | 生物種: Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (SARSコロナウイルス2) |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 8 |
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凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | TFS GLACIOS |
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電子線 | 加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy |
撮影 | フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON III (4k x 4k) 平均電子線量: 60.0 e/Å2 |
-画像解析
初期モデル | モデルのタイプ: OTHER / 詳細: Stochastic gradient descent |
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初期 角度割当 | タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD |
最終 角度割当 | タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD |
最終 再構成 | 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 4.72 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 78466 |