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万見
- EMDB-12321: structure of the full-length CmaX protein -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-12321
タイトルstructure of the full-length CmaX protein
マップデータ
試料
  • 複合体: CmaX protein pentamer
    • タンパク質・ペプチド: CmaX protein
キーワードdivalent transport / zinc transporter / CorA family / membrane protein (膜タンパク質) / TRANSPORT PROTEIN (運搬体タンパク質)
機能・相同性Mg2+ transporter protein, CorA-like/Zinc transport protein ZntB / CorA-like Mg2+ transporter protein / cobalt ion transmembrane transporter activity / magnesium ion transmembrane transporter activity / cobalt ion binding / plasma membrane => GO:0005886 / magnesium ion binding / CmaX protein
機能・相同性情報
生物種Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌) / Pseudomonas aeruginosa (strain ATCC 15692 / DSM 22644 / CIP 104116 / JCM 14847 / LMG 12228 / 1C / PRS 101 / PAO1) (緑膿菌)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.03 Å
データ登録者Stetsenko A / Stehantsev P
資金援助1件
OrganizationGrant number国
Netherlands Organisation for Scientific Research (NWO)740.018.011
引用ジャーナル: Int J Biol Macromol / 年: 2021
タイトル: Structural and biochemical characterization of a novel ZntB (CmaX) transporter protein from Pseudomonas aeruginosa.
著者: Artem Stetsenko / Pavlo Stehantsev / Natalia O Dranenko / Mikhail S Gelfand / Albert Guskov /
要旨: The 2-TM-GxN family of membrane proteins is widespread in prokaryotes and plays an important role in transport of divalent cations. The canonical signature motif, which is also a selectivity filter, ...The 2-TM-GxN family of membrane proteins is widespread in prokaryotes and plays an important role in transport of divalent cations. The canonical signature motif, which is also a selectivity filter, has a composition of Gly-Met-Asn. Some members though deviate from this composition, however no data are available as to whether this has any functional implications. Here we report the functional and structural analysis of CmaX protein from a pathogenic Pseudomonas aeruginosa bacterium, which has a Gly-Ile-Asn signature motif. CmaX readily transports Zn, Mg, Cd, Ni and Co ions, but it does not utilize proton-symport as does ZntB from Escherichia coli. Together with the bioinformatics analysis, our data suggest that deviations from the canonical signature motif do not reveal any changes in substrate selectivity or transport and easily alter in course of evolution.
履歴
登録2021年2月10日-
ヘッダ(付随情報) 公開2021年7月7日-
マップ公開2021年7月7日-
更新2024年5月1日-
現状2024年5月1日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.04
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（円筒半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.04
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-7nh9
  • 表面レベル: 0.04
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_12321.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_12321.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 193.2 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.656 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.04 / ムービー #1: 0.04
最小 - 最大-0.121830106 - 0.25278828
平均 (標準偏差)0.0008823037 (±0.008541658)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ370370370
Spacing370370370
セルA=B=C: 242.72 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z0.6560.6560.656
M x/y/z370370370
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z242.720242.720242.720
α/β/γ90.00090.00090.000
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS370370370
D min/max/mean-0.1220.2530.001

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : CmaX protein pentamer

全体名称: CmaX protein pentamer
要素
  • 複合体: CmaX protein pentamer
    • タンパク質・ペプチド: CmaX protein

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超分子 #1: CmaX protein pentamer

超分子名称: CmaX protein pentamer / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
由来(天然)生物種: Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌)

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分子 #1: CmaX protein

分子名称: CmaX protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / 詳細: N-terminal His tag and thrombin cleavage site / コピー数: 5 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Pseudomonas aeruginosa (strain ATCC 15692 / DSM 22644 / CIP 104116 / JCM 14847 / LMG 12228 / 1C / PRS 101 / PAO1) (緑膿菌)
株: ATCC 15692 / DSM 22644 / CIP 104116 / JCM 14847 / LMG 12228 / 1C / PRS 101 / PAO1
分子量理論値: 41.36502 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: MGSSHHHHHH SSGLVPRGSH MASMTGGQQM GRGSMQAYES GDERGLIYGY VLNGRGGGRR VGRNQIAVLD LLPEESLWLH WDRGVPEAQ AWLRDSAGLS EFACDLLLEE ATRPRLLDLG AESLLVFLRG VNLNPGAEPE DMVSLRVFAD ARRVISLRLR P LKAVADLL ...文字列:
MGSSHHHHHH SSGLVPRGSH MASMTGGQQM GRGSMQAYES GDERGLIYGY VLNGRGGGRR VGRNQIAVLD LLPEESLWLH WDRGVPEAQ AWLRDSAGLS EFACDLLLEE ATRPRLLDLG AESLLVFLRG VNLNPGAEPE DMVSLRVFAD ARRVISLRLR P LKAVADLL EDLEAGKGPK TASEVVYYLA HYLTDRVDTL ISGIADQLDA VEELVEADER ASPDQHQLRT LRRRSAGLRR YL APQRDIY SQLARYKLSW FVEDDADYWN ELNNRLTRNL EELELIRERI SVLQEAESRR ITERMNRTMY LLGIITGFFL PMS FVTGLL GINVGGIPGA DAPHGFWLAC LLIGGVATFQ WWVFRRLRWL

UniProtKB: CmaX protein

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 8
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)
平均電子線量: 60.0 e/Å2
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: PDB ENTRY / 詳細: 5N9Y
初期 角度割当タイプ: NOT APPLICABLE
最終 角度割当タイプ: NOT APPLICABLE
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.03 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 243386

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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