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基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-12254 | |||||||||
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タイトル | T=4, Q=8 quasi-symmetric bacterial microcompartment particle | |||||||||
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生物種 | ![]() ![]() | |||||||||
手法 | ![]() ![]() | |||||||||
![]() | Kalnins G / Cesle EE | |||||||||
資金援助 | ![]() ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Variety of size and form of GRM2 bacterial microcompartment particles. 著者: Eva Emilija Cesle / Anatolij Filimonenko / Kaspars Tars / Gints Kalnins / ![]() ![]() 要旨: Bacterial microcompartments (BMCs) are bacterial organelles involved in enzymatic processes, such as carbon fixation, choline, ethanolamine and propanediol degradation, and others. Formed of a semi- ...Bacterial microcompartments (BMCs) are bacterial organelles involved in enzymatic processes, such as carbon fixation, choline, ethanolamine and propanediol degradation, and others. Formed of a semi-permeable protein shell and an enzymatic core, they can enhance enzyme performance and protect the cell from harmful intermediates. With the ability to encapsulate non-native enzymes, BMCs show high potential for applied use. For this goal, a detailed look into shell form variability is significant to predict shell adaptability. Here we present four novel 3D cryo-EM maps of recombinant Klebsiella pneumoniae GRM2 BMC shell particles with the resolution in range of 9 to 22 Å and nine novel 2D classes corresponding to discrete BMC shell forms. These structures reveal icosahedral, elongated, oblate, multi-layered and polyhedral traits of BMCs, indicating considerable variation in size and form as well as adaptability during shell formation processes. | |||||||||
履歴 |
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構造の表示
ムービー |
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構造ビューア | EMマップ: ![]() ![]() ![]() |
添付画像 |
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ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | ![]() | 81 MB | ![]() | |
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ヘッダ (付随情報) | ![]() ![]() | 18.3 KB 18.3 KB | 表示 表示 | ![]() |
FSC (解像度算出) | ![]() | 13.9 KB | 表示 | ![]() |
画像 | ![]() | 85.7 KB | ||
その他 | ![]() ![]() | 81 MB 81.1 MB | ||
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
EMDBのページ | ![]() ![]() |
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マップ
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ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 2.44 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-ハーフマップ: #2
ファイル | emd_12254_half_map_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #1
ファイル | emd_12254_half_map_2.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
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試料の構成要素
-全体 : T=4, Q=8 quasi-symmetric bacterial microcompartment particle
全体 | 名称: T=4, Q=8 quasi-symmetric bacterial microcompartment particle |
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要素 |
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-超分子 #1: T=4, Q=8 quasi-symmetric bacterial microcompartment particle
超分子 | 名称: T=4, Q=8 quasi-symmetric bacterial microcompartment particle タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all 詳細: bacterial microcompartment particle obtained by recombinant expression of pentameric EutN and hexameric cmcC subunits |
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由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() |
組換発現 | 生物種: ![]() ![]() ![]() |
-分子 #1: cmcC/PduA/ccmK BMC-H bacterial microcompartment protein
分子 | 名称: cmcC/PduA/ccmK BMC-H bacterial microcompartment protein タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() |
組換発現 | 生物種: ![]() ![]() ![]() |
配列 | 文字列: MKEALGLIET KGLVACIEAA DAMCKAANVE LIGYENVGSG LVTAMVKGDV GAVNAAVDSG VEAAKRIGKV VSSRVIARPH NDIEKIAGST KHKSLRPHNA |
-分子 #2: cmcD/EutN BMC-P bacterial microcompartment protein
分子 | 名称: cmcD/EutN BMC-P bacterial microcompartment protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() |
組換発現 | 生物種: ![]() ![]() ![]() |
配列 | 文字列: MILAKVTGHV VATQKCDELR GSNLLLITRL DDKQQPMKDQ TWVAVDNVGA GMHDIVLAEE YFALNKDRYK AMSVVAIVEK VFRDTEQE |
-実験情報
-構造解析
手法 | ![]() |
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![]() | ![]() |
試料の集合状態 | particle |
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試料調製
濃度 | 2 mg/mL | ||||||
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緩衝液 | pH: 8 構成要素:
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グリッド | モデル: Quantifoil R2/1 / 材質: COPPER / メッシュ: 200 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE | ||||||
凍結 | 凍結剤: ETHANE-PROPANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 291 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 詳細: blot for 4s before plunging. | ||||||
詳細 | Sample was purified with ultracentrifugation and gel filtration |
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電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TALOS ARCTICA |
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電子線 | 加速電圧: 200 kV / 電子線源: ![]() |
電子光学系 | 最大 デフォーカス(補正後): 3.0 µm 最小 デフォーカス(補正後): 0.7000000000000001 µm 照射モード: OTHER / 撮影モード: BRIGHT FIELD ![]() |
特殊光学系 | 位相板: VOLTA PHASE PLATE |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER ホルダー冷却材: NITROGEN |
撮影 | フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON III (4k x 4k) 検出モード: COUNTING / デジタル化 - サイズ - 横: 4096 pixel / デジタル化 - サイズ - 縦: 4096 pixel / 実像数: 3240 / 平均露光時間: 1.0 sec. / 平均電子線量: 40.0 e/Å2 |
実験機器 | ![]() モデル: Talos Arctica / 画像提供: FEI Company |