ムービーの操作

-

    -

    -


    方向:

    Jmolの状態

    -

    -

    ID:- 鎖:- 残基:- 原子:-
    English [日本語]
    - EMDB-1213: マンノース受容体 可溶性状態 - マウス由来 -

    +
    データを開く

    IDまたはキーワード:

    読み込み中...

    データがありません

    -
    基本情報

    エントリ情報
    データベース: EMDB / ID: 1213
    タイトルStructural model for the mannose receptor family uncovered by electron microscopy of Endo180 and the mannose receptor.
    試料Soluble Form of Mouse Mannose Receptor
    由来Mus musculus / 哺乳類 / Mouse / ハツカネズミ, はつかねずみ /
    マップデータThis a 3D reconstruction of the soluble fragment of the mannose receptor
    手法単粒子再構成法, 33Å分解能
    データ登録者Boskovic J / Arnold JN / Stilion R / Gordon S / Sim RB / Rivera-Calzada A / Wienke D / Isacke CM / Martinez-Pomares L / Llorca O
    引用J. Biol. Chem., 2006, 281, 8780-8787

    J. Biol. Chem., 2006, 281, 8780-8787 StrPapers
    Structural model for the mannose receptor family uncovered by electron microscopy of Endo180 and the mannose receptor.
    Jasminka Boskovic / James N Arnold / Richard Stilion / Siamon Gordon / Robert B Sim / Angel Rivera-Calzada / Dirk Wienke / Clare M Isacke / Luisa Martinez-Pomares / Oscar Llorca

    日付登録: 2006年2月9日 / ヘッダ(付随情報) 公開: 2006年4月3日 / マップ公開: 2006年4月3日 / 最新の更新: 2006年2月9日

    -
    構造の表示

    ムービー
    • 表面図(断面を密度値に従い着色)
    • 表面レベル: 3.489813226
    • UCSF CHIMERAによる作画
    • ダウンロード
    • 表面図(半径に従い着色)
    • 表面レベル: 3.489813226
    • UCSF CHIMERAによる作画
    • ダウンロード
    3D viewer /

    表示 / / 立体視:
    中心
    拡大
    スケール
    断面手前 <=> 奥

    固定: /
    方向
    方向 Rotation
    その他 /
    表示/非表示
    添付画像

    ダウンロードとリンク

    -
    マップデータ

    ファイルemd_1213.map.gz (map file in CCP4 format, 433 KB)
    投影像・断面図画像のサイズ:
    Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
    48 pix
    5.3 A/pix
    = 254.4 A
    48 pix
    5.3 A/pix
    = 254.4 A
    48 pix
    5.3 A/pix
    = 254.4 A

    表面

    投影像

    断面 (1/3)

    断面 (1/2)

    断面 (2/3)

    画像は Spiderにより作成

    ボクセルのサイズX=Y=Z: 5.3 A
    密度
    表面のレベル:1.88, 3.4898132 (ムービー #1)
    最小 - 最大-3.7008 - 9.32741
    平均 (標準偏差)1.75807e-09 (1)
    詳細

    EMDB XML:

    空間群番号1
    マップ形状
    Axis orderXYZ
    Dimensions484848
    Origin-24-24-24
    Limit232323
    Spacing484848
    セルA=B=C: 254.4 A
    Alpha=beta=gamma: 90 deg.

    CCP4マップヘッダ:

    modeImage stored as Reals
    A/pix X/Y/Z5.35.35.3
    M x/y/z484848
    origin x/y/z0.0000.0000.000
    length x/y/z254.400254.400254.400
    alpha/beta/gamma90.00090.00090.000
    start NX/NY/NZ-96-96-96
    NX/NY/NZ192192192
    MAP C/R/S123
    start NC/NR/NS-24-24-24
    NC/NR/NS484848
    D min/max/mean-3.7019.3270.000

    -
    添付データ

    -
    試料の構成要素

    -
    全体 Soluble Form of Mouse Mannose Receptor

    全体名称: Soluble Form of Mouse Mannose Receptor / オリゴマーの状態: monomer / 構成要素数: 1
    分子量理論値: 180 kDa / 実験値: 160 kDa / 測定法: Gel Filtration Chromatography

    -
    構成要素 #1: タンパク質, Mannose Receptor

    タンパク質名称: Mannose Receptor / 別称: MR / オリゴマーの状態: Monomer
    詳細: MR(CD206) is a member of mannose receptor family of transmembrane receptors which acts as a molecular scavenger that binds and internalises potentially harmful glycoproteins and may also mediate phagocytosis of a wide variety of microbes.
    組換発現: Yes / 個数: 1
    分子量理論値: 160 kDa / 実験値: 180 kDa
    由来生物種: Mus musculus / 哺乳類 / Mouse / ハツカネズミ, はつかねずみ /
    由来(合成)発現系: 293t / ベクター: pMH
    由来(天然)細胞器官: Supernatant / 細胞中の位置: membrane

    +
    実験情報

    -
    試料調製

    試料の状態粒子
    試料溶液試料濃度: 0.2 mg/ml / 緩衝液: 10mMTris,140mM Nacl,10 mM CaCl2 / pH: 7.4
    支持膜400 mesh copper-rhodium grid
    染色Protein was adsorbed to glow-discharged carbon-coated grids and negatively stained with 2% w/v uranyl acetate
    急速凍結凍結剤: NONE

    -
    電子顕微鏡撮影

    撮影顕微鏡: JEOL 1230
    詳細: Electron microscope was JEOL JEM-120, 120kV. Specimen holder, JEOL type M: 207EM-11020. Images were colected in low-dose conditions
    電子銃電子線源: TUNGSTEN HAIRPIN / 加速電圧: 100 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
    レンズ倍率: 40000 X (公称値), 38000 X (実測値)
    非点収差(補正): objective lens astigmatism was corrected at 100,000 times magnification
    Cs: 2.9 mm / 撮影モード: BRIGHT FIELD
    試料ホルダホルダ: Eucentric / モデル: OTHER
    カメラディテクター: KODAK 4489 FILM

    -
    画像取得

    画像取得スキャナ: OTHER / サンプリングサイズ: 5.3 microns / ビット深度: 16 / 詳細: Minolta Dimage Scan Multi Pro. Scan at 2400 dpi

    -
    画像解析

    解析手法: 単粒子再構成法 / 投影像の数: 7322
    詳細: Particles were selected using boxer program from EMAN (J.Struct.Biol. (1999) 128:82-97)
    想定した対称性: C1 (非対称)
    3次元再構成アルゴリズム: Angular refinement / ソフトウェア: EMAN / 分解能: 33 A / 分解能の算定法: FSC 0.5
    詳細: Angular refinement using a blob as starting reference volume

    -
    原子モデル構築

    モデリング #1精密化のプロトコル: rigid body / 精密化に使用した空間: REAL
    詳細: Protocol: Rigid Body. Fiting was performed manually using UCSF Chimera package (J. Comput. Chem. (2004: 24, 1605-1612)
    利用したPDBモデル: 1DQO, 2FN2, 2MSB, 1EGI

    +
    万見について

    -
    お知らせ

    -
    2016年9月15日: 新しくなったEM Navigatorと万見

    新しくなったEM Navigatorと万見

    • EM Navigatorと万見を刷新しました

    関連情報: 新しいEM Navigatorと万見の変更点 / EM Navigator (旧版) / 万見 (旧版)

    -
    2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見

    新しいEM Navigatorと万見

    • これまで開発版として公開していたEM Navigatorと万見が、9月15日から正式版となります。
    • 現行版も「旧版」としてしばらく公開を継続します。

    関連情報: 新しいEM Navigatorと万見の変更点 / EM Navigator / 万見 (Yorodumi) / EM Navigator (旧版) / 万見 (旧版)

    +
    2016年4月13日: Omokage検索が速くなりました

    Omokage検索が速くなりました

    • データアクセスプロセスを見直し、計算時間をこれまでの半分程度に短縮しました。
    • これまで以上に、生体分子の「カタチの類似性」をお楽しみください!

    関連情報: Omokage検索

    +
    2016年3月3日: 2月19日の蛋白研セミナーでのプレゼンテーション(PDFファイル)

    すべてのお知らせ

    -
    万見 (Yorodumi)

    幾万の構造データを、幾万の視点から

    • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
    • 旧バージョンのすべての機能をこちらに移植する予定です
    • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

    関連情報: 万見 (旧版) / EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

    他の情報も見る