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- EMDB-1213: マンノース受容体 可溶性状態 - マウス由来 -

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基本情報

エントリ情報
データベース: EMDB / ID: 1213
タイトルStructural model for the mannose receptor family uncovered by electron microscopy of Endo180 and the mannose receptor.
試料Soluble Form of Mouse Mannose Receptor
由来Mus musculus / 哺乳類 / Mouse / ハツカネズミ, はつかねずみ /
マップデータThis a 3D reconstruction of the soluble fragment of the mannose receptor
手法単粒子再構成法, 33Å分解能
データ登録者Boskovic J / Arnold JN / Stilion R / Gordon S / Sim RB / Rivera-Calzada A / Wienke D / Isacke CM / Martinez-Pomares L / Llorca O
引用J. Biol. Chem., 2006, 281, 8780-8787

J. Biol. Chem., 2006, 281, 8780-8787 StrPapers
Structural model for the mannose receptor family uncovered by electron microscopy of Endo180 and the mannose receptor.
Jasminka Boskovic / James N Arnold / Richard Stilion / Siamon Gordon / Robert B Sim / Angel Rivera-Calzada / Dirk Wienke / Clare M Isacke / Luisa Martinez-Pomares / Oscar Llorca

日付登録: 2006年2月9日 / ヘッダ(付随情報) 公開: 2006年4月3日 / マップ公開: 2006年4月3日 / 最新の更新: 2006年2月9日

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構造の表示

ムービー
  • 表面図(断面を密度値に従い着色)
  • 表面レベル: 3.489813226
  • UCSF CHIMERAによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図(半径に従い着色)
  • 表面レベル: 3.489813226
  • UCSF CHIMERAによる作画
  • ダウンロード
3D viewer


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中心
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スケール
断面手前 <=> 奥

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方向
方向 Rotation
その他 /
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添付画像

ダウンロードとリンク

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マップデータ

ファイルemd_1213.map.gz (map file in CCP4 format, 433 KB)
投影像・断面図
大きさ
明度
コントラスト
その他
Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
48 pix
5.3 A/pix
= 254.4 A
48 pix
5.3 A/pix
= 254.4 A
48 pix
5.3 A/pix
= 254.4 A

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spiderにより作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 5.3 A
密度
表面のレベル:1.88, 3.4898132 (ムービー #1)
最小 - 最大-3.7008 - 9.32741
平均 (標準偏差)1.75807e-09 (1)
詳細

EMDB XML:

空間群番号1
マップ形状
Axis orderXYZ
Dimensions484848
Origin-24-24-24
Limit232323
Spacing484848
セルA=B=C: 254.4 A
Alpha=beta=gamma: 90 deg.

CCP4マップヘッダ:

modeImage stored as Reals
A/pix X/Y/Z5.35.35.3
M x/y/z484848
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z254.400254.400254.400
alpha/beta/gamma90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ-96-96-96
NX/NY/NZ192192192
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS-24-24-24
NC/NR/NS484848
D min/max/mean-3.7019.3270.000

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 Soluble Form of Mouse Mannose Receptor

全体名称: Soluble Form of Mouse Mannose Receptor / オリゴマーの状態: monomer / 構成要素数: 1
分子量理論値: 180 kDa / 実験値: 160 kDa / 測定法: Gel Filtration Chromatography

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構成要素 #1: タンパク質, Mannose Receptor

タンパク質名称: Mannose Receptor / 別称: MR / オリゴマーの状態: Monomer
詳細: MR(CD206) is a member of mannose receptor family of transmembrane receptors which acts as a molecular scavenger that binds and internalises potentially harmful glycoproteins and may also mediate phagocytosis of a wide variety of microbes.
組換発現: Yes / 個数: 1
分子量理論値: 160 kDa / 実験値: 180 kDa
由来生物種: Mus musculus / 哺乳類 / Mouse / ハツカネズミ, はつかねずみ /
由来(合成)発現系: 293t / ベクター: pMH
由来(天然)細胞器官: Supernatant / 細胞中の位置: membrane

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実験情報

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試料調製

試料の状態粒子
試料溶液試料濃度: 0.2 mg/ml / 緩衝液: 10mMTris,140mM Nacl,10 mM CaCl2 / pH: 7.4
支持膜400 mesh copper-rhodium grid
染色Protein was adsorbed to glow-discharged carbon-coated grids and negatively stained with 2% w/v uranyl acetate
急速凍結凍結剤: NONE

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電子顕微鏡撮影

撮影顕微鏡: JEOL 1230
詳細: Electron microscope was JEOL JEM-120, 120kV. Specimen holder, JEOL type M: 207EM-11020. Images were colected in low-dose conditions
電子銃電子線源: TUNGSTEN HAIRPIN / 加速電圧: 100 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
レンズ倍率: 40000 X (公称値), 38000 X (実測値)
非点収差(補正): objective lens astigmatism was corrected at 100,000 times magnification
Cs: 2.9 mm / 撮影モード: BRIGHT FIELD
試料ホルダホルダ: Eucentric / モデル: OTHER
カメラディテクター: KODAK 4489 FILM

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画像取得

画像取得スキャナ: OTHER / サンプリングサイズ: 5.3 microns / ビット深度: 16 / 詳細: Minolta Dimage Scan Multi Pro. Scan at 2400 dpi

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画像解析

解析手法: 単粒子再構成法 / 投影像の数: 7322
詳細: Particles were selected using boxer program from EMAN (J.Struct.Biol. (1999) 128:82-97)
想定した対称性: C1 (非対称)
3次元再構成アルゴリズム: Angular refinement / ソフトウェア: EMAN / 分解能: 33 A / 分解能の算定法: FSC 0.5
詳細: Angular refinement using a blob as starting reference volume

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原子モデル構築

モデリング #1精密化のプロトコル: rigid body / 精密化に使用した空間: REAL
詳細: Protocol: Rigid Body. Fiting was performed manually using UCSF Chimera package (J. Comput. Chem. (2004: 24, 1605-1612)
利用したPDBモデル: 1DQO, 2FN2, 2MSB, 1EGI

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万見について

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新しくなったEM Navigatorと万見

  • EM Navigatorと万見を刷新しました

関連情報: 新しいEM Navigatorと万見の変更点 / EM Navigator (旧版) / 万見 (旧版)

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2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見

新しいEM Navigatorと万見

  • これまで開発版として公開していたEM Navigatorと万見が、9月15日から正式版となります。
  • 現行版も「旧版」としてしばらく公開を継続します。

関連情報: 新しいEM Navigatorと万見の変更点 / EM Navigator / 万見 (Yorodumi) / EM Navigator (旧版) / 万見 (旧版)

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