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万見
- EMDB-11870: Tomogram of the actin network in an extracted and fixed mouse fib... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-11870
タイトルTomogram of the actin network in an extracted and fixed mouse fibroblast lamellipodium.
マップデータSample tomogram of an extracted and fixed mouse fibroblast lamellipodium.
試料
  • 細胞: Actin network in a mouse fibroblast lamellipodium
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法電子線トモグラフィー法 / クライオ電子顕微鏡法
データ登録者Faessler F / Dimchev G / Hodirnau VV / Wan W / Schur FKM
資金援助 オーストリア, 1件
OrganizationGrant number国
Austrian Science FundP33367 オーストリア
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2020
タイトル: Cryo-electron tomography structure of Arp2/3 complex in cells reveals new insights into the branch junction.
著者: Florian Fäßler / Georgi Dimchev / Victor-Valentin Hodirnau / William Wan / Florian K M Schur /
要旨: The actin-related protein (Arp)2/3 complex nucleates branched actin filament networks pivotal for cell migration, endocytosis and pathogen infection. Its activation is tightly regulated and involves ...The actin-related protein (Arp)2/3 complex nucleates branched actin filament networks pivotal for cell migration, endocytosis and pathogen infection. Its activation is tightly regulated and involves complex structural rearrangements and actin filament binding, which are yet to be understood. Here, we report a 9.0 Å resolution structure of the actin filament Arp2/3 complex branch junction in cells using cryo-electron tomography and subtomogram averaging. This allows us to generate an accurate model of the active Arp2/3 complex in the branch junction and its interaction with actin filaments. Notably, our model reveals a previously undescribed set of interactions of the Arp2/3 complex with the mother filament, significantly different to the previous branch junction model. Our structure also indicates a central role for the ArpC3 subunit in stabilizing the active conformation.
履歴
登録2020年10月22日-
ヘッダ(付随情報) 公開2020年12月2日-
マップ公開2020年12月2日-
更新2021年1月13日-
現状2021年1月13日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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添付画像

emd_11870.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_11870.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 52.7 MB / タイプ: IMAGE STORED AS SIGNED BYTE
注釈Sample tomogram of an extracted and fixed mouse fibroblast lamellipodium.
ボクセルのサイズX=Y=Z: 17.096 Å
密度
最小 - 最大-128.0 - 127.0
平均 (標準偏差)22.817268 (±6.195656)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin49-4935
サイズ720512150
Spacing512720150
セルA: 8753.152 Å / B: 12309.12 Å / C: 2564.4001 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeenvelope stored as signed bytes (from -128 lowest to 127 highest)
Å/pix. X/Y/Z17.09617.09617.096
M x/y/z512720150
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z8753.15212309.1202564.400
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ000
NX/NY/NZ540540540
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS-494935
NC/NR/NS512720150
D min/max/mean-128.000127.00022.817

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Actin network in a mouse fibroblast lamellipodium

全体名称: Actin network in a mouse fibroblast lamellipodium
要素
  • 細胞: Actin network in a mouse fibroblast lamellipodium

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超分子 #1: Actin network in a mouse fibroblast lamellipodium

超分子名称: Actin network in a mouse fibroblast lamellipodium / タイプ: cell / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#8
詳細: Branched actin network of extracted and fixed mouse fibroblast lamellipodium
由来(天然)生物種: Mus musculus (ハツカネズミ)

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析電子線トモグラフィー法
試料の集合状態cell

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試料調製

緩衝液pH: 6.1
構成要素:
濃度名称
10.0 mMMES
150.0 mMsodium chloride塩化ナトリウム
5.0 mMEGTA
5.0 mMGlucoseグルコース
5.0 mMMagnesium chloride

詳細: Adjust to pH 6.1 using NaOH
グリッドモデル: Quantifoil R2/2 / 材質: GOLD / メッシュ: 200 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 雰囲気: AIR
詳細: After glow discharging of the grid and prior to the seeding of cells, the grid was coated using 25ug/ml Fibronectin
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 80 % / チャンバー内温度: 277 K
詳細: Leica GP2, 3,5sec back-blotting, sensor on, 0,1mm movement after contact, manually pre-blotted within the chamber prior to the application of fiducials.
切片作成その他: NO SECTIONING
位置合わせマーカーManufacturer: AURION / 直径: 10 nm

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系C2レンズ絞り径: 50.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: -0.0055 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: -0.00175 µm / 倍率（公称値）: 42000
特殊光学系エネルギーフィルター - 名称: GIF Bioquantum / エネルギーフィルター - スリット幅: 20 eV
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)
実像数: 61 / 平均露光時間: 1.21 sec. / 平均電子線量: 2.79 e/Å2
詳細: Images were collected in movie-mode with 7 frames per tilt
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

最終 再構成アルゴリズム: BACK PROJECTION / ソフトウェア - 名称: IMOD (ver. 4.9.12) / 使用した粒子像数: 61

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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