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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-1087 | |||||||||
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タイトル | Three-dimensional structure of the bacterial multidrug transporter EmrE shows it is an asymmetric homodimer. | |||||||||
マップデータ | Density map of the asymmetric dimer of EmrE,a multidrug transporter from Escherichia coli | |||||||||
試料 |
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機能・相同性 | 機能・相同性情報 EmrE multidrug transporter complex / choline transmembrane transporter activity / glycine betaine transport / amino-acid betaine transmembrane transporter activity / choline transport / xenobiotic detoxification by transmembrane export across the plasma membrane / xenobiotic transport / antiporter activity / response to osmotic stress / xenobiotic transmembrane transporter activity ...EmrE multidrug transporter complex / choline transmembrane transporter activity / glycine betaine transport / amino-acid betaine transmembrane transporter activity / choline transport / xenobiotic detoxification by transmembrane export across the plasma membrane / xenobiotic transport / antiporter activity / response to osmotic stress / xenobiotic transmembrane transporter activity / transmembrane transporter activity / xenobiotic metabolic process / transmembrane transport / cellular response to xenobiotic stimulus / membrane => GO:0016020 / response to xenobiotic stimulus / DNA damage response / 生体膜 / identical protein binding / 細胞膜 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Escherichia coli (大腸菌) | |||||||||
手法 | 電子線結晶学 / クライオ電子顕微鏡法 / ネガティブ染色法 / 解像度: 7.5 Å | |||||||||
データ登録者 | Ubarretxena-Belandia I / Baldwin JM / Schuldiner S / Tate CG | |||||||||
引用 | ジャーナル: EMBO J / 年: 2003 タイトル: Three-dimensional structure of the bacterial multidrug transporter EmrE shows it is an asymmetric homodimer. 著者: Iban Ubarretxena-Belandia / Joyce M Baldwin / Shimon Schuldiner / Christopher G Tate / 要旨: The small multidrug resistance family of transporters is widespread in bacteria and is responsible for bacterial resistance to toxic aromatic cations by proton-linked efflux. We have determined the ...The small multidrug resistance family of transporters is widespread in bacteria and is responsible for bacterial resistance to toxic aromatic cations by proton-linked efflux. We have determined the three-dimensional (3D) structure of the Escherichia coli multidrug transporter EmrE by electron cryomicroscopy of 2D crystals, including data to 7.0 A resolution. The structure of EmrE consists of a bundle of eight transmembrane alpha-helices with one substrate molecule bound near the centre. The substrate binding chamber is formed from six helices and is accessible both from the aqueous phase and laterally from the lipid bilayer. The most remarkable feature of the structure of EmrE is that it is an asymmetric homodimer. The possible arrangement of the two polypeptides in the EmrE dimer is discussed based on the 3D density map. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_1087.map.gz | 547.4 KB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-1087-v30.xml emd-1087.xml | 12.5 KB 12.5 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | 1087.gif | 11.7 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-1087 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-1087 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 2i68M M: このマップから作成された原子モデル |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_1087.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 579.1 KB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | Density map of the asymmetric dimer of EmrE,a multidrug transporter from Escherichia coli | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X: 0.48067 Å / Y: 0.57867 Å / Z: 2.5 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-試料の構成要素
-全体 : EmrE from E. coli containing the bound substrate tetraphenylphosp...
全体 | 名称: EmrE from E. coli containing the bound substrate tetraphenylphosphonium |
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要素 |
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-超分子 #1000: EmrE from E. coli containing the bound substrate tetraphenylphosp...
超分子 | 名称: EmrE from E. coli containing the bound substrate tetraphenylphosphonium タイプ: sample / ID: 1000 詳細: EmrE in the 2D crystals is in a functional state with the substrate (TPP+) bound in a binding pocket formed from 6 out of the 8 helices in the asymmetric dimer. 集合状態: Asymmetric homodimer / Number unique components: 1 |
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分子量 | 理論値: 15.2 KDa |
-分子 #1: EmrE
分子 | 名称: EmrE / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / Name.synonym: MvrC, EB 詳細: 4-helix integral membrane protein; The engineered EmrE is fully functional as assessed by in vivo and in vitro transport assays コピー数: 2 / 集合状態: dimer / 組換発現: Yes |
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由来(天然) | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) / 株: K12 / 細胞中の位置: Inner membrane |
分子量 | 実験値: 15.2 KDa / 理論値: 15.2 KDa |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) / 組換プラスミド: pT7-7 |
配列 | UniProtKB: Multidrug transporter EmrE / GO: membrane => GO:0016020 / InterPro: Small drug/metabolite transporter protein family |
-実験情報
-構造解析
手法 | ネガティブ染色法, クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 電子線結晶学 |
試料の集合状態 | 2D array |
-試料調製
濃度 | 1 mg/mL |
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緩衝液 | pH: 7.5 詳細: 20 mM Sodium phosphate pH7.5, 100 mM NaCl, 2mM MgCl2, 1mM EDTA, 1 mM Na azide, 10uM tetraphenylphosphonium |
染色 | タイプ: NEGATIVE 詳細: Crystals on carbon support were washed with 1% glucose pH 8 (aq ammonia) containing 25ug/ml bacitracin, 2 times 20ul, and blotted to dryness |
グリッド | 詳細: 300 mesh molybdenum grid |
凍結 | 凍結剤: NITROGEN / チャンバー内湿度: 45 % / チャンバー内温度: 77 K / 装置: HOMEMADE PLUNGER 詳細: Vitrification instrument: manual. Performed at room temperature 手法: Blot to dryness for 10 seconds before freezing |
詳細 | 2D crystals were grown in suspension by dialysis |
結晶化 | 詳細: 2D crystals were grown in suspension by dialysis |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TECNAI F30 |
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電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 倍率(補正後): 57400 / 照射モード: SPOT SCAN / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / Cs: 2.3 mm / 最大 デフォーカス(公称値): 1.6 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 0.2 µm / 倍率(公称値): 60000 |
試料ステージ | 試料ホルダー: Side entry liquid nitrogen-cooled cryo specimen holder 試料ホルダーモデル: GATAN LIQUID NITROGEN / Tilt angle max: 46 / Tilt series - Axis1 - Min angle: 0 ° / Tilt series - Axis1 - Max angle: 46 ° |
温度 | 最低: 77 K / 最高: 77 K / 平均: 77 K |
アライメント法 | Legacy - 非点収差: objective lens astigmatism was corrected at 200,000 times magnification |
撮影 | カテゴリ: FILM / フィルム・検出器のモデル: KODAK SO-163 FILM / デジタル化 - スキャナー: ZEISS SCAI / デジタル化 - サンプリング間隔: 7 µm / 実像数: 47 / 平均電子線量: 15 e/Å2 |
Tilt angle min | 0 |
実験機器 | モデル: Tecnai F30 / 画像提供: FEI Company |
-画像解析
結晶パラメータ | 単位格子 - A: 72.1 Å / 単位格子 - B: 86.8 Å / 単位格子 - γ: 107.3 ° / 面群: P 2 |
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CTF補正 | 詳細: CTFFIND2 on each image |
最終 再構成 | アルゴリズム: OTHER / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 7.5 Å / 解像度の算出法: OTHER / ソフトウェア - 名称: MRC 詳細: Resolution in the membrane plane is 7.5 angstroms and 16 angstroms perpendicular to the membrane plane |