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万見
- SASDG55: Deglycosylated latency associated peptide, LAP (TGFB-1) -

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基本情報

登録情報
データベース: SASBDB / ID: SASDG55
試料Deglycosylated latency associated peptide, LAP (TGFB-1)
  • Latency associated peptide (protein), LAP, Homo sapiens
機能・相同性
機能・相同性情報


adaptive immune response based on somatic recombination of immune receptors built from immunoglobulin superfamily domains / positive regulation of microglia differentiation / regulation of interleukin-23 production / branch elongation involved in mammary gland duct branching / Influenza Virus Induced Apoptosis / regulation of branching involved in mammary gland duct morphogenesis / frontal suture morphogenesis / negative regulation of skeletal muscle tissue development / TGFBR2 MSI Frameshift Mutants in Cancer / regulation of enamel mineralization ...adaptive immune response based on somatic recombination of immune receptors built from immunoglobulin superfamily domains / positive regulation of microglia differentiation / regulation of interleukin-23 production / branch elongation involved in mammary gland duct branching / Influenza Virus Induced Apoptosis / regulation of branching involved in mammary gland duct morphogenesis / frontal suture morphogenesis / negative regulation of skeletal muscle tissue development / TGFBR2 MSI Frameshift Mutants in Cancer / regulation of enamel mineralization / regulatory T cell differentiation / regulation of cartilage development / regulation of blood vessel remodeling / regulation of striated muscle tissue development / tolerance induction to self antigen / negative regulation of natural killer cell mediated cytotoxicity directed against tumor cell target / regulation of protein import into nucleus / embryonic liver development / columnar/cuboidal epithelial cell maturation / type III transforming growth factor beta receptor binding / negative regulation of hyaluronan biosynthetic process / Langerhans cell differentiation / positive regulation of odontogenesis / positive regulation of cardiac muscle cell differentiation / myofibroblast differentiation / connective tissue replacement involved in inflammatory response wound healing / extracellular matrix assembly / positive regulation of exit from mitosis / negative regulation of macrophage cytokine production / positive regulation of receptor signaling pathway via STAT / odontoblast differentiation / TGFBR2 Kinase Domain Mutants in Cancer / positive regulation of smooth muscle cell differentiation / positive regulation of mesenchymal stem cell proliferation / positive regulation of isotype switching to IgA isotypes / positive regulation of primary miRNA processing / mammary gland branching involved in thelarche / membrane protein intracellular domain proteolysis / SMAD2/3 Phosphorylation Motif Mutants in Cancer / TGFBR1 KD Mutants in Cancer / heart valve morphogenesis / response to laminar fluid shear stress / retina vasculature development in camera-type eye / positive regulation of vasculature development / hyaluronan catabolic process / bronchiole development / regulation of transforming growth factor beta receptor signaling pathway / ATP biosynthetic process / receptor catabolic process / positive regulation of branching involved in ureteric bud morphogenesis / negative regulation of extracellular matrix disassembly / positive regulation of extracellular matrix assembly / lens fiber cell differentiation / response to salt / type II transforming growth factor beta receptor binding / TGFBR1 LBD Mutants in Cancer / oligodendrocyte development / germ cell migration / negative regulation of biomineral tissue development / type I transforming growth factor beta receptor binding / positive regulation of chemotaxis / phospholipid homeostasis / endoderm development / negative regulation of myoblast differentiation / positive regulation of mononuclear cell migration / cell-cell junction organization / response to vitamin D / positive regulation of vascular permeability / positive regulation of regulatory T cell differentiation / response to cholesterol / deubiquitinase activator activity / digestive tract development / positive regulation of endothelial cell apoptotic process / negative regulation of interleukin-17 production / surfactant homeostasis / negative regulation of release of sequestered calcium ion into cytosol / positive regulation of fibroblast migration / negative regulation of ossification / positive regulation of chemokine (C-X-C motif) ligand 2 production / aortic valve morphogenesis / phosphate-containing compound metabolic process / negative regulation of phagocytosis / negative regulation of protein localization to plasma membrane / 血管新生 / neural tube development / face morphogenesis / Molecules associated with elastic fibres / RUNX3 regulates CDKN1A transcription / ureteric bud development / ventricular cardiac muscle tissue morphogenesis / cellular response to insulin-like growth factor stimulus / positive regulation of epidermal growth factor receptor signaling pathway / negative regulation of neuroblast proliferation / macrophage derived foam cell differentiation / Syndecan interactions / muscle cell cellular homeostasis / negative regulation of cell-cell adhesion / negative regulation of fat cell differentiation / lung alveolus development / positive regulation of interleukin-17 production
類似検索 - 分子機能
Transforming growth factor beta-1 proprotein / TGF-β / TGF-beta, propeptide / TGF-beta propeptide / Transforming growth factor beta, conserved site / TGF-beta family signature. / Transforming growth factor-beta-related / Transforming growth factor-beta (TGF-beta) family / Transforming growth factor-beta, C-terminal / Transforming growth factor beta like domain ...Transforming growth factor beta-1 proprotein / TGF-β / TGF-beta, propeptide / TGF-beta propeptide / Transforming growth factor beta, conserved site / TGF-beta family signature. / Transforming growth factor-beta-related / Transforming growth factor-beta (TGF-beta) family / Transforming growth factor-beta, C-terminal / Transforming growth factor beta like domain / TGF-beta family profile. / Cystine-knot cytokine
類似検索 - ドメイン・相同性
Transforming growth factor beta-1 proprotein
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
登録者
  • Tim Stachowski (Hauptman-Woodward Medical Research Institute, New York, USA)

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ダウンロードとリンク

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モデル

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試料

試料名称: Deglycosylated latency associated peptide, LAP (TGFB-1)
試料濃度: 1.4 mg/ml
バッファ名称: phosphate buffered saline 2% glycerol / pH: 7.4
要素 #1879名称: LAP / タイプ: protein / 記述: Latency associated peptide / 分子量: 29.228 / 分子数: 2 / 由来: Homo sapiens / 参照: UniProt: P01137
配列: LSTCKTIDME LVKRKRIEAI RGQILSKLRL ASPPSQGEVP PGPLPEAVLA LYNSTRDRVA GESAEPEPEP EADYYAKEVT RVLMVETHNE IYDKFKQSTH SIYMFFNTSE LREAVPEPVL LSRAELRLLR LKLKVEQHVE LYQKYSNNSW RYLSNRLLAP SDSPEWLSFD ...配列:
LSTCKTIDME LVKRKRIEAI RGQILSKLRL ASPPSQGEVP PGPLPEAVLA LYNSTRDRVA GESAEPEPEP EADYYAKEVT RVLMVETHNE IYDKFKQSTH SIYMFFNTSE LREAVPEPVL LSRAELRLLR LKLKVEQHVE LYQKYSNNSW RYLSNRLLAP SDSPEWLSFD VTGVVRQWLS RGGEIEGFRL SAHCSCDSRD NTLQVDINGF TTGRRGDLAT IHGMNRPFLL LMATPLERAQ HLQSSRHRAH HHHHH

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実験情報

ビーム設備名称: Advanced Light Source (ALS) 12.3.1 (SIBYLS) / 地域: Berkeley, CA / 国: USA / 線源: X-ray synchrotronシンクロトロン / 波長: 0.127 Å / スペクトロメータ・検出器間距離: 2 mm
検出器名称: Pilatus3 X 2M / Pixsize x: 172 mm
スキャン
タイトル: Deglycosylated latency associated peptide, LAP (TGFB-1)
測定日: 2019年4月20日 / 保管温度: 4 °C / セル温度: 10 °C / 照射時間: 0.1 sec. / フレーム数: 100 / 単位: 1/A /
MinMax
Q0.0109 0.2611
距離分布関数 P(R)
ソフトウェア P(R): GNOM 5.0 / ポイント数: 446 /
MinMax
Q0.0131 0.261142
P(R) point1 446
R0 130
結果
D max: 13 / カーブのタイプ: single_conc
実験値StandardStandard errorPorod
分子量59.1 kDa47 kDa5 -
体積---129 nm3

P(R)GuinierGuinier error
前方散乱 I01.987 1.99 0.01
慣性半径, Rg 3.55 nm3.51 nm0.11

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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