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万見
- SASDG32: Sperm-associated antigen 1, PIH1 domain-containing protein 2 hete... -

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基本情報

登録情報
データベース: SASBDB / ID: SASDG32
試料Sperm-associated antigen 1, PIH1 domain-containing protein 2 heterodimer complex (SPAG1/PIH1D2)
  • Sperm-associated antigen 1 (protein), Homo sapiens
  • PIH1 domain-containing protein 2 (protein), Homo sapiens
機能・相同性
機能・相同性情報


axonemal dynein complex assembly / R2TP complex / dynein axonemal particle / protein folding chaperone complex / box C/D snoRNP assembly / single fertilization / small GTPase binding / rRNA processing / hydrolase activity / protein stabilization ...axonemal dynein complex assembly / R2TP complex / dynein axonemal particle / protein folding chaperone complex / box C/D snoRNP assembly / single fertilization / small GTPase binding / rRNA processing / hydrolase activity / protein stabilization / ribonucleoprotein complex / GTP binding / 細胞質基質 / 細胞質
類似検索 - 分子機能
PIH1D1/2/3, CS-like domain / PIH1 CS-like domain / PIH1, N-terminal / PIH1 N-terminal domain / RNA-polymerase II-associated protein 3-like, C-terminal domain / Potential Monad-binding region of RPAP3 / Tetratricopeptide repeat 1 / Tetratricopeptide repeat / Tetratricopeptide repeat / TPR repeat region circular profile. ...PIH1D1/2/3, CS-like domain / PIH1 CS-like domain / PIH1, N-terminal / PIH1 N-terminal domain / RNA-polymerase II-associated protein 3-like, C-terminal domain / Potential Monad-binding region of RPAP3 / Tetratricopeptide repeat 1 / Tetratricopeptide repeat / Tetratricopeptide repeat / TPR repeat region circular profile. / TPR repeat profile. / Tetratricopeptide repeats / Tetratricopeptide repeat / Tetratricopeptide-like helical domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Sperm-associated antigen 1 / PIH1 domain-containing protein 2
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
登録者
  • Raphael Dos Santos Morais (University of Lorraine, France)

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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モデル

モデル #2937
タイプ: dummy / ダミー原子の半径: 4.00 A / カイ2乗値: 1.052 / P-value: 0.349324

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試料

試料名称: Sperm-associated antigen 1, PIH1 domain-containing protein 2 heterodimer complex (SPAG1/PIH1D2)
試料濃度: 4 mg/ml / Entity id: 1599 / 1793
バッファ名称: 20 mM HEPES, 150 mM NaCl, 1% glycerol, 5 mM TCEP / pH: 7.5
要素 #1599タイプ: protein / 記述: Sperm-associated antigen 1 / 分子量: 103.637 / 分子数: 1 / 由来: Homo sapiens / 参照: UniProt: Q07617
配列: MTTKDYPSLW GFGTTKTFKI PIEHLDFKYI EKCSDVKHLE KILCVLRSGE EGYYPELTEF CEKHLQALAP ESRALRKDKP AATAASFTAE EWEKIDGDIK SWVSEIKKEE DKMHFHETET FPAMKDNLPP VRGSNSCLHV GKEKYSKRPT KKKTPRDYAE WDKFDVEKEC ...配列:
MTTKDYPSLW GFGTTKTFKI PIEHLDFKYI EKCSDVKHLE KILCVLRSGE EGYYPELTEF CEKHLQALAP ESRALRKDKP AATAASFTAE EWEKIDGDIK SWVSEIKKEE DKMHFHETET FPAMKDNLPP VRGSNSCLHV GKEKYSKRPT KKKTPRDYAE WDKFDVEKEC LKIDEDYKEK TVIDKSHLSK IETRIDTAGL TEKEKDFLAT REKEKGNEAF NSGDYEEAVM YYTRSISALP TVVAYNNRAQ AEIKLQNWNS AFQDCEKVLE LEPGNVKALL RRATTYKHQN KLREATEDLS KVLDVEPDND LAKKTLSEVE RDLKNSEAAS ETQTKGKRMV IQEIENSEDE EGKSGRKHED GGGDKKPAEP AGAARAAQPC VMGNIQKKLT GKAEGGKRPA RGAPQRGQTP EAGADKRSPR RASAAAAAGG GATGHPGGGQ GAENPAGLKS QGNELFRSGQ FAEAAGKYSA AIALLEPAGS EIADDLSILY SNRAACYLKE GNCSGCIQDC NRALELHPFS MKPLLRRAMA YETLEQYGKA YVDYKTVLQI DCGLQLANDS VNRLSRILME LDGPNWREKL SPIPAVPASV PLQAWHPAKE MISKQAGDSS SHRQQGITDE KTFKALKEEG NQCVNDKNYK DALSKYSECL KINNKECAIY TNRALCYLKL CQFEEAKQDC DQALQLADGN VKAFYRRALA HKGLKNYQKS LIDLNKVILL DPSIIEAKME LEEVTRLLNL KDKTAPFNKE KERRKIEIQE VNEGKEEPGR PAGEVSMGCL ASEKGGKSSR SPEDPEKLPI AKPNNAYEFG QIINALSTRK DKEACAHLLA ITAPKDLPMF LSNKLEGDTF LLLIQSLKNN LIEKDPSLVY QHLLYLSKAE RFKMMLTLIS KGQKELIEQL FEDLSDTPNN HFTLEDIQAL KRQYEL
要素 #1793タイプ: protein / 記述: PIH1 domain-containing protein 2 / 分子量: 36.248 / 分子数: 1 / 由来: Homo sapiens / 参照: UniProt: Q8WWB5
配列: GPHMETSSKG LLTQVTQFWN LLDDLAQSDP EGYEKFIQQQ LKEGKQLCAA PEPQLCLQTR ILKPKEKILF INLCQWTRIP APQSTTHPVP LTVGKPEDTT EISDAYTVID VAYNPDVLHA AEKDQVKKNQ LIQMAMKCIE EKFQFTLSHS YHITKFRIKG SIQRMKQNLM ...配列:
GPHMETSSKG LLTQVTQFWN LLDDLAQSDP EGYEKFIQQQ LKEGKQLCAA PEPQLCLQTR ILKPKEKILF INLCQWTRIP APQSTTHPVP LTVGKPEDTT EISDAYTVID VAYNPDVLHA AEKDQVKKNQ LIQMAMKCIE EKFQFTLSHS YHITKFRIKG SIQRMKQNLM GIQTDSIDLR EKMRRELTLG QIRSSTMSNP DHFPQLLLPK DQVSGKAVCL IEEISSTEIQ VEMKMPAYEL KIVHDHSEKP LKIELKVELP GINSVSLCDL SVSEDDLLIE VSEKYRLHLN LPKLIDTEMT TAKFIKEKST LIITMPLV

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実験情報

ビーム設備名称: SOLEIL SWING / 地域: Saint-Aubin / 国: France / 線源: X-ray synchrotronシンクロトロン / 波長: 0.1033 Å / スペクトロメータ・検出器間距離: 2 mm
検出器名称: Eiger 4M / Pixsize x: 75 mm
スキャン
タイトル: Sperm-associated antigen 1, PIH1 domain-containing protein 2 heterodimer complex (SPAG1/PIH1D2)
測定日: 2019年3月21日 / セル温度: 15 °C / 照射時間: 1 sec. / フレーム数: 31 / 単位: 1/A /
MinMax
Q0.0041 0.5782
距離分布関数 P(R)
ソフトウェア P(R): GNOM 5.0 / ポイント数: 445 /
MinMax
Q0.0063853 0.208798
P(R) point1 445
R0 309
結果
カーブのタイプ: sec /
実験値Porod
分子量190 kDa-
体積-664 nm3

P(R)GuinierGuinier error
前方散乱 I00.02307 0.02286 9.0E-5
慣性半径, Rg 7.34 nm7.013 nm0.06

MinMax
D-30.9
Guinier point6 24

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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