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万見
- SASDFX3: Semi-synthetic nucleosome core particle (NCP) (Histone H3, H3 + H... -

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基本情報

登録情報
データベース: SASBDB / ID: SASDFX3
試料Semi-synthetic nucleosome core particle (NCP)
  • Histone H3ヒストンH3 (protein), H3, Xenopus laevis
  • Histone H4ヒストンH4 (protein), H4, Xenopus laevis
  • Histone H2aヒストンH2A (protein), H2a, Xenopus laevis
  • Histone H2bヒストンH2B (protein), H2b, Xenopus laevis
  • 147bp 601 Widom sequence (DNA), 601-147bp, synthetic construct
生物種Xenopus laevis (アフリカツメガエル)
synthetic construct (人工物)

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ダウンロードとリンク

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モデル

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試料

試料名称: Semi-synthetic nucleosome core particle (NCP) / 試料濃度: 1.8 mg/ml / Entity id: 1520 / 1521 / 1522 / 1523 / 1524
バッファ名称: 15 mM HEPES, 200 mM NaCl / pH: 7.3
要素 #1520名称: H3 / タイプ: protein / 記述: Histone H3ヒストンH3 / 分子量: 15.271 / 分子数: 2 / 由来: Xenopus laevis
配列:
ARTKQTARKS TGGKAPRKQL ATKAARKSAP ATGGVKKPHR YRPGTVALRE IRRYQKSTEL LIRKLPFQRL VREIAQDFKT DLRFQSSAVM ALQEASEAYL VALFEDTNLC AIHAKRVTIM PKDIQLARRI RGERA
要素 #1521名称: H4 / タイプ: protein / 記述: Histone H4ヒストンH4 / 分子量: 11.236 / 分子数: 2 / 由来: Xenopus laevis
配列:
SGRGKGGKGL GKGGAKRHRK VLRDNIQGIT KPAIRRLARR GGVKRISGLI YEETRGVLKV FLENVIRDAV TYTEHAKRKT VTAMDVVYAL KRQGRTLYGF GG
要素 #1522名称: H2a / タイプ: protein / 記述: Histone H2aヒストンH2A / 分子量: 13.95 / 分子数: 2 / 由来: Xenopus laevis
配列:
SGRGKQGGKT RAKAKTRSSR AGLQFPVGRV HRLLRKGNYA ERVGAGAPVY LAAVLEYLTA EILELAGNAA RDNKKTRIIP RHLQLAVRND EELNKLLGRV TIAQGGVLPN IQSVLLPKKT ESSKSAKSK
要素 #1523名称: H2b / タイプ: protein / 記述: Histone H2bヒストンH2B / 分子量: 13.494 / 分子数: 2 / 由来: Xenopus laevis
配列:
AKSAPAPKKG SKKAVTKTQK KDGKKRRKTR KESYAIYVYK VLKQVHPDTG ISSKAMSIMN SFVNDVFERI AGEASRLAHY NKRSTITSRE IQTAVRLLLP GELAKHAVSE GTKAVTKYTS AK
要素 #1524名称: 601-147bp / タイプ: DNA / 記述: 147bp 601 Widom sequence / 分子量: 45.202 / 分子数: 1 / 由来: synthetic construct
配列:
ATCGAGAATC CCGGTGCCGA GGCCGCTCAA TTGGTCGTAG ACAGCTCTAG CACCGCTTAA ACGCACGTAC GCGCTGTCCC CCGCGTTTTA ACCGCCAAGG GGATTACTCC CTAGTCTCCA GGCACGTGTC AGATATATAC ATCCGAT

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実験情報

ビーム設備名称: ESRF BM29 / 地域: Grenoble / 国: France / 線源: X-ray synchrotronシンクロトロン / 波長: 0.1 Å / スペクトロメータ・検出器間距離: 2.87 mm
検出器名称: Pilatus 1M / タイプ: Dectris / Pixsize x: 172 mm
スキャンタイトル: Semi-synthetic nucleosome core particle (NCP) / 測定日: 2017年12月11日 / 保管温度: 4 °C / セル温度: 20 °C / 照射時間: 1 sec. / フレーム数: 243 / 単位: 1/nm /
MinMax
Q0.0714 2.8524
結果カーブのタイプ: sec /
実験値Porod
分子量200 kDa-
体積-353 nm3

P(R)GuinierGuinier error
前方散乱 I090.55 91.26 0.1
慣性半径, Rg 4.268 nm4.35 nm0.01

MinMax
D-12.8
Guinier point15 56

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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