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万見
- SASDFD2: wild-type human Latent Transforming Growth Factor beta 1 (LTGFB-1) -

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基本情報

登録情報
データベース: SASBDB / ID: SASDFD2
試料wild-type human Latent Transforming Growth Factor beta 1 (LTGFB-1)
  • Human Latent Transforming Growth Factor beta 1 (protein), LTGFB-1, Homo sapiens
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of primary miRNA processing / positive regulation of microglia differentiation / Influenza Virus Induced Apoptosis / negative regulation of skeletal muscle tissue development / TGFBR2 MSI Frameshift Mutants in Cancer / regulatory T cell differentiation / regulation of blood vessel remodeling / regulation of striated muscle tissue development / negative regulation of natural killer cell mediated cytotoxicity directed against tumor cell target / regulation of protein import into nucleus ...positive regulation of primary miRNA processing / positive regulation of microglia differentiation / Influenza Virus Induced Apoptosis / negative regulation of skeletal muscle tissue development / TGFBR2 MSI Frameshift Mutants in Cancer / regulatory T cell differentiation / regulation of blood vessel remodeling / regulation of striated muscle tissue development / negative regulation of natural killer cell mediated cytotoxicity directed against tumor cell target / regulation of protein import into nucleus / extracellular matrix assembly / embryonic liver development / type III transforming growth factor beta receptor binding / negative regulation of hyaluronan biosynthetic process / positive regulation of cardiac muscle cell differentiation / myofibroblast differentiation / connective tissue replacement involved in inflammatory response wound healing / negative regulation of macrophage cytokine production / positive regulation of receptor signaling pathway via STAT / odontoblast differentiation / TGFBR2 Kinase Domain Mutants in Cancer / positive regulation of mesenchymal stem cell proliferation / positive regulation of isotype switching to IgA isotypes / membrane protein intracellular domain proteolysis / SMAD2/3 Phosphorylation Motif Mutants in Cancer / TGFBR1 KD Mutants in Cancer / heart valve morphogenesis / positive regulation of vasculature development / hyaluronan catabolic process / regulation of transforming growth factor beta receptor signaling pathway / ATP biosynthetic process / receptor catabolic process / negative regulation of extracellular matrix disassembly / positive regulation of extracellular matrix assembly / type II transforming growth factor beta receptor binding / TGFBR1 LBD Mutants in Cancer / negative regulation of biomineral tissue development / type I transforming growth factor beta receptor binding / positive regulation of chemotaxis / cell-cell junction organization / negative regulation of myoblast differentiation / positive regulation of vascular permeability / response to cholesterol / deubiquitinase activator activity / positive regulation of endothelial cell apoptotic process / aortic valve morphogenesis / positive regulation of fibroblast migration / positive regulation of chemokine (C-X-C motif) ligand 2 production / phosphate-containing compound metabolic process / negative regulation of protein localization to plasma membrane / 血管新生 / neural tube development / Molecules associated with elastic fibres / RUNX3 regulates CDKN1A transcription / positive regulation of epidermal growth factor receptor signaling pathway / ventricular cardiac muscle tissue morphogenesis / macrophage derived foam cell differentiation / negative regulation of fat cell differentiation / Syndecan interactions / negative regulation of cell-cell adhesion / positive regulation of interleukin-17 production / TGF-beta receptor signaling activates SMADs / negative regulation of cell differentiation / positive regulation of SMAD protein signal transduction / RUNX3 regulates p14-ARF / positive regulation of cell division / cellular response to low-density lipoprotein particle stimulus / negative regulation of blood vessel endothelial cell migration / negative regulation of cell cycle / ECM proteoglycans / positive regulation of vascular endothelial growth factor production / positive regulation of collagen biosynthetic process / 上皮間葉転換 / positive regulation of epithelial to mesenchymal transition / positive regulation of blood vessel endothelial cell migration / 脈管形成 / lymph node development / chondrocyte differentiation / hematopoietic progenitor cell differentiation / salivary gland morphogenesis / extrinsic apoptotic signaling pathway / regulation of cell migration / positive regulation of protein dephosphorylation / cellular response to transforming growth factor beta stimulus / antigen binding / positive regulation of protein metabolic process / protein export from nucleus / Downregulation of TGF-beta receptor signaling / 細胞外マトリックス / transforming growth factor beta receptor signaling pathway / positive regulation of superoxide anion generation / negative regulation of miRNA transcription / TGF-beta receptor signaling in EMT (epithelial to mesenchymal transition) / negative regulation of protein phosphorylation / platelet alpha granule lumen / response to progesterone / cytokine activity / neural tube closure / positive regulation of protein secretion / positive regulation of protein-containing complex assembly
類似検索 - 分子機能
Transforming growth factor beta-1 proprotein / TGF-β / TGF-beta, propeptide / TGF-beta propeptide / Transforming growth factor beta, conserved site / TGF-beta family signature. / Transforming growth factor-beta-related / Transforming growth factor-beta (TGF-beta) family / Transforming growth factor-beta, C-terminal / Transforming growth factor beta like domain ...Transforming growth factor beta-1 proprotein / TGF-β / TGF-beta, propeptide / TGF-beta propeptide / Transforming growth factor beta, conserved site / TGF-beta family signature. / Transforming growth factor-beta-related / Transforming growth factor-beta (TGF-beta) family / Transforming growth factor-beta, C-terminal / Transforming growth factor beta like domain / TGF-beta family profile. / Cystine-knot cytokine
類似検索 - ドメイン・相同性
Transforming growth factor beta-1 proprotein
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
引用日付: 2019 Jul 1
タイトル: Structural consequences of transforming growth factor beta-1 activation from near-therapeutic X-ray doses
著者: Stachowski T / Grant T
登録者
  • Tim Stachowski (Hauptman-Woodward Medical Research Institute, New York, USA)

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ダウンロードとリンク

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モデル

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試料

試料名称: wild-type human Latent Transforming Growth Factor beta 1 (LTGFB-1)
試料濃度: 1 mg/ml
バッファ名称: phosphate buffered saline 2% glycerol / pH: 7.4
要素 #1478名称: LTGFB-1 / タイプ: protein / 記述: Human Latent Transforming Growth Factor beta 1 / 分子量: 42.958 / 分子数: 2 / 由来: Homo sapiens / 参照: UniProt: P01137
配列: HHHHHHLEVL FQGPLSTSKT IDMELVKRKR IEAIRGQILS KLRLASPPSQ GEVPPGPLPE AVLALYNSTR DRVAGESAEP EPEPEADYYA KEVTRVLMVE THNEIYDKFK QSTHSIYMFF NTSELREAVP EPVLLSRAEL RLLRLKLKVE QHVELYQKYS NNSWRYLSNR ...配列:
HHHHHHLEVL FQGPLSTSKT IDMELVKRKR IEAIRGQILS KLRLASPPSQ GEVPPGPLPE AVLALYNSTR DRVAGESAEP EPEPEADYYA KEVTRVLMVE THNEIYDKFK QSTHSIYMFF NTSELREAVP EPVLLSRAEL RLLRLKLKVE QHVELYQKYS NNSWRYLSNR LLAPSDSPEW LSFDVTGVVR QWLSRGGEIE GFRLSAHCSC DSRDNTLQVD INGFTTGRRG DLATIHGMNR PFLLLMATPL ERAQHLQSSR HRRALDTNYC FSSTEKNCCV RQLYIDFRKD LGWKWIHEPK GYHANFCLGP CPYIWSLDTQ YSKVLALYNQ HNPGASAAPC CVPQALEPLP IVYYVGRKPK VEQLSNMIVR SCKCS

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実験情報

ビーム設備名称: Advanced Light Source (ALS) 12.3.1 (SIBYLS) / 地域: Berkeley, CA / 国: USA / 線源: X-ray synchrotronシンクロトロン / 波長: 0.1127 Å / スペクトロメータ・検出器間距離: 2 mm
検出器名称: Pilatus3 X 2M / Pixsize x: 172 mm
スキャン
タイトル: wild-type human Latent Transforming Growth Factor beta 1 (LTGFB-1)
測定日: 2018年10月4日 / 保管温度: 4 °C / セル温度: 10 °C / 照射時間: 0.1 sec. / フレーム数: 49 / 単位: 1/A /
MinMax
Q0.012 0.4038
距離分布関数 P(R)
ソフトウェア P(R): GNOM 5.0 / ポイント数: 703 /
MinMax
Q0.012543 0.403785
P(R) point1 703
R0 175
結果
カーブのタイプ: single_conc /
実験値Porod
分子量104 kDa120 kDa
体積-200 nm3

P(R)GuinierGuinier error
前方散乱 I06.803 6.69 0.0016
慣性半径, Rg 4.06 nm3.8 nm0.014

MinMax
D-17.5
Guinier point1 40

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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