[日本語] English
万見
- SASDEU9: Legionella pneumophila Phosphocholinase AnkX (Phosphocholinase An... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: SASBDB / ID: SASDEU9
試料Legionella pneumophila Phosphocholinase AnkX
  • Phosphocholinase AnkX (protein), AnkX, Legionella pneumophila
機能・相同性
機能・相同性情報


phosphocholine transferase activity / 転移酵素; リンを含む基を移すもの; キナーゼ（アルコールにつなげるもの） / regulation of GTPase activity / host cell cytoplasm / extracellular region
類似検索 - 分子機能
Fido-like domain superfamily / Fido domain / Fido domain profile. / Ankyrin repeats (3 copies) / Ankyrin repeat profile. / Ankyrin repeat region circular profile. / ankyrin repeats / Ankyrin repeat / Ankyrin repeat-containing domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Phosphocholine transferase AnkX
類似検索 - 構成要素
生物種Legionella pneumophila (レジオネラ・ニューモフィラ)
登録者
  • Wenhua Zhang (CNRS UMR8113, ENS Paris-Saclay, Cachan, France)

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
モデル

モデル #2187
タイプ: dummy / ダミー原子の半径: 1.90 A / 対称性: P1 / カイ2乗値: 1.05

-
試料

試料名称: Legionella pneumophila Phosphocholinase AnkX / 試料濃度: 8 mg/ml
バッファ名称: 300 mM NaCl, 2 mM 2-mercaptoethanol and 30 mM Tris-HCl
pH: 7.5
要素 #1214名称: AnkX / タイプ: protein / 記述: Phosphocholinase AnkX / 分子量: 107.2 / 分子数: 1 / 由来: Legionella pneumophila / 参照: UniProt: Q5ZXN6
配列: GVKIMPNLPG LYFLQAYPSE EIWRLFVDGR FWSKENGWRG YESREPGCLN AALESLCSIA LQVEKSGEEF ELSVDLIKRI HKKCGKKVEE LQEKNPGELR TDEPVSFGIP AGRASIKGIE EFLSLVFLTE GGAEFGPGKA GPFGPRFDKN YFKNLNPEQI PDLAKQIYFD ...配列:
GVKIMPNLPG LYFLQAYPSE EIWRLFVDGR FWSKENGWRG YESREPGCLN AALESLCSIA LQVEKSGEEF ELSVDLIKRI HKKCGKKVEE LQEKNPGELR TDEPVSFGIP AGRASIKGIE EFLSLVFLTE GGAEFGPGKA GPFGPRFDKN YFKNLNPEQI PDLAKQIYFD MCKYGHSNTN HFYLAVMKNV DVYLEKITQS YNKEIKTAET LDEKLKIIVK HIRMYEVLHP FRDANGRTFV NNLLNIPLMQ QGLPPATFYE PNVFDLYSAE ELVVVVKEAI FNTVEIIEQS KRKTPITLYG YHSSLEEQTK FRDMLDSPSY EKIKHMDFSD LNPEKLHLKT QKCLSSLNEQ YPLHRGAIYL SDPGEIKLLL SNRNESQINQ QIEQGAPPIY VGKTPAHLAV ISGNMAMLDE LIAKKADLSL QDYDGKTALH YAAECGNMQI MGKILKVVLS QEDAIKVLNI KDNHGKTAFH YAAEFGTPEL ISALTTTEVI QINEPDNSGS SAITLAYKNH KLKIFDELLN SGADISDELL DAIWARKDKE TLGKIIAKNE KILLNKEAFR IAISLGSVSL VKKFLRAGVD IDIPLTKDKA TPLMLSINSG NPKLVSYLLK KGANTRLTDT SGNSVLHYVF YSKAENREAL ANIITEKDKK LINQPNANGN PPLYNAVVVN DLKMATILLE MGARVDFEDR LGNNILHSAM RRCDLPIILD IVKKDSTLLH KRNSERRNPF HQALHEMHTF PSSKETEEIH FMNLSDLLLK EGVDLNKKDI KGKTILDIAL SKQYFHLCVK LMKAGAHTNI SSPSKFLKNS DANSILERPF KFKNDLKKEL DNNPLIAMAQ INDLYVQIKN NRIRTPTGYA PKEGVSFFKG KSNDAKAHDE VLSVLKELYD SKLTEMLGNL PGEGLEEIKR SQKFFDGELK LLIKNQDISR KVDKKSIQEA VGTSLKLKW

-
実験情報

ビーム設備名称: ESRF BM29 / 地域: Grenoble / 国: France / 線源: X-ray synchrotronシンクロトロン / 波長: 0.09919 Å
検出器名称: Pilatus 1M / タイプ: Dectris / Pixsize x: 172 mm
スキャン
タイトル: Legionella pneumophila Phosphocholinase AnkX / 測定日: 2017年10月20日 / 単位: 1/nm /
MinMax
Q0.1788 2.0602
距離分布関数 P(R)
ソフトウェア P(R): GNOM 5.0 / ポイント数: 400 /
MinMax
Q0.178784 2.06021
P(R) point1 400
R0 14.7
結果
カーブのタイプ: single_conc
コメント: X-ray exposure time = UNKNOWN. Sample temperature = UNKNOWN.
実験値Porod
分子量109 kDa90 kDa
体積-145 nm3

P(R)GuinierGuinier error
前方散乱 I086.76 86.33 0.1
慣性半径, Rg 4.324 nm4.25 nm0.03

MinMax
D-14.7
Guinier point3 26

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る