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-基本情報
登録情報 | データベース: SASBDB / ID: SASDBY4 |
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試料 | Pentameric Nucleoplasmin-histone H2A/H2B complex
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機能・相同性 | 機能・相同性情報 structural constituent of chromatin / ヌクレオソーム / protein heterodimerization activity / DNA binding / 細胞核 類似検索 - 分子機能 |
生物種 | Xenopus laevis (アフリカツメガエル) |
引用 | 日付: 2017 Dec タイトル: Dynamic intramolecular regulation of the histone chaperone nucleoplasmin controls histone binding and release 著者: Warren C / Matsui T / Karp J / Onikubo T / Cahill S / Brenowitz M / Cowburn D / Girvin M |
登録者 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-モデル
モデル #546 | タイプ: dummy / ソフトウェア: (r6345) / ダミー原子の半径: 5.75 A / 対称性: P5 / カイ2乗値: 1.580 Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細) |
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モデル #1701 | タイプ: mix / ダミー原子の半径: 1.90 A / 対称性: P5 / カイ2乗値: 1.43 Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細) |
モデル #1702 | タイプ: mix / ダミー原子の半径: 1.90 A / 対称性: P5 / カイ2乗値: 1.26 / P-value: 0.000139 Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細) |
-試料
試料 | 名称: Pentameric Nucleoplasmin-histone H2A/H2B complex / Entity id: 348 / 349 / 350 |
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バッファ | 名称: 20 mM Tris 150mM NaCl 1mM EDTA 5mM DTT / 濃度: 20.00 mM / pH: 8 / 組成: 150mM NaCl, 1mM EDTA, 5mM DTT |
要素 #348 | 名称: Npm core / タイプ: protein / 記述: Nucleoplasmin core + A2 / 分子量: 16.165 / 分子数: 5 / 由来: Xenopus laevis / 参照: UniProt: Q6NUC7 配列: ASTASNTSKV EKPVSLIWGC ELNEQNKTFA FKIEDEEEKC EHQLALRTVC LGDKAKDEFH IVEIVTQEEG KEKPVPIASL KPSILPMATM VGIELTPPVT FRLKAGSGPV YISGQHVAME EDYSWAEEED EGEEEEEEEE DPESP |
要素 #349 | 名称: 2HA / タイプ: protein / 記述: Histone H2A (ΔAla127) / 分子量: 13.879 / 分子数: 5 / 由来: Xenopus laevis / 参照: UniProt: Q6AZJ8 配列: SGRGKQGGKT RAKAKTRSSR AGLQFPVGRV HRLLRKGNYA ERVGAGAPVY LAAVLEYLTA EILELAGNAA RDNKKTRIIP RHLQLAVRND EELNKLLGRV TIAQGGVLPN IQSVLLPKKT ESSKSKSK |
要素 #350 | 名称: H2B / タイプ: protein / 記述: Histone H2B 1.1 (Ser33Thr) / 分子量: 13.494 / 分子数: 5 / 由来: Xenopus laevis / 参照: UniProt: P02281 配列: AKSAPAPKKG SKKAVTKTQK KDGKKRRKTR KESYAIYVYK VLKQVHPDTG ISSKAMSIMN SFVNDVFERI AGEASRLAHY NKRSTITSRE IQTAVRLLLP GELAKHAVSE GTKAVTKYTS AK |
-実験情報
ビーム | 設備名称: Stanford Synchrotron Radiation Lightsource (SSRL) BL4-2 地域: Stanford, CA / 国: USA / 線源: X-ray synchrotronシンクロトロン / 波長: 0.1127 Å / スペクトロメータ・検出器間距離: 1.7 mm | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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検出器 | 名称: Rayonix MX225-HE | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
スキャン | タイトル: Pentameric Nucleoplasmin-histone H2A/H2B complex 測定日: 2016年1月7日 / 保管温度: 20 °C / セル温度: 20 °C / 照射時間: 1 sec. / フレーム数: 55 / 単位: 1/nm /
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距離分布関数 P(R) | ソフトウェア P(R): GNOM 4.6 / ポイント数: 172 /
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結果 | カーブのタイプ: merged コメント: The models displayed for this entry are: Top: ab initio bead model representation (derived from individual reconstructions (example fit shown), aligned, spatially averaged and volume- ...コメント: The models displayed for this entry are: Top: ab initio bead model representation (derived from individual reconstructions (example fit shown), aligned, spatially averaged and volume-occupancy corrected): Middle: The best CORAL model using the major A2 site (site #1) of A2:H2A/H2B complex as a starting structure (See Figure 5D in the primary citation). Lacking fragments reconstructed by the program CORAL are shown as spheres. Bottom: The best CORAL model using the minor A2 site (site #2) of A2:H2A/H2B complex as a starting structure (See Figure 5D in the primary citation). Lacking fragments reconstructed by the program CORAL are shown as spheres.
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