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万見
- SASDBE8: Probable ATP-dependent RNA helicase DDX58 (Full-length RIG-I) 8me... -

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基本情報

登録情報
データベース: SASBDB / ID: SASDBE8
試料Probable ATP-dependent RNA helicase DDX58 (Full-length RIG-I) 8mer hairpin dsRNA/AMP-PNP (SEC-peak1)
  • Probable ATP-dependent RNA helicase DDX58 (protein), RIG-I, Homo sapiens
  • 5´ppp 8mer hairpin dsRNA (RNA), 8bp
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of type III interferon production / RIG-I signaling pathway / positive regulation of myeloid dendritic cell cytokine production / OAS antiviral response / detection of virus / NF-kB activation through FADD/RIP-1 pathway mediated by caspase-8 and -10 / positive regulation of response to cytokine stimulus / positive regulation of granulocyte macrophage colony-stimulating factor production / pattern recognition receptor activity / TRAF6 mediated IRF7 activation ...regulation of type III interferon production / RIG-I signaling pathway / positive regulation of myeloid dendritic cell cytokine production / OAS antiviral response / detection of virus / NF-kB activation through FADD/RIP-1 pathway mediated by caspase-8 and -10 / positive regulation of response to cytokine stimulus / positive regulation of granulocyte macrophage colony-stimulating factor production / pattern recognition receptor activity / TRAF6 mediated IRF7 activation / cellular response to exogenous dsRNA / response to exogenous dsRNA / cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway / positive regulation of interferon-alpha production / antiviral innate immune response / TRAF6 mediated NF-kB activation / bicellular tight junction / regulation of cell migration / positive regulation of defense response to virus by host / positive regulation of interferon-beta production / Negative regulators of DDX58/IFIH1 signaling / positive regulation of interleukin-8 production / response to virus / DDX58/IFIH1-mediated induction of interferon-alpha/beta / ISG15 antiviral mechanism / ruffle membrane / positive regulation of DNA-binding transcription factor activity / positive regulation of interleukin-6 production / SARS-CoV-1 activates/modulates innate immune responses / double-stranded RNA binding / Ovarian tumor domain proteases / マイクロフィラメント / positive regulation of tumor necrosis factor production / 遺伝子発現 / TRAF3-dependent IRF activation pathway / double-stranded DNA binding / defense response to virus / single-stranded RNA binding / RNA helicase activity / Ub-specific processing proteases / ヘリカーゼ / ribonucleoprotein complex / 自然免疫系 / ubiquitin protein ligase binding / positive regulation of gene expression / GTP binding / SARS-CoV-2 activates/modulates innate and adaptive immune responses / ATP hydrolysis activity / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / zinc ion binding / ATP binding / identical protein binding / 細胞質基質 / 細胞質
類似検索 - 分子機能
RIG-I, CARD domain repeat 2 / RIG-I-like receptor, C-terminal / RIG-I receptor C-terminal domain / RIG-I-like receptor, C-terminal regulatory domain / RIG-I-like receptor, C-terminal domain superfamily / C-terminal domain of RIG-I / RIG-I-like receptor (RLR) C-terminal regulatory (CTR) domain profile. / Caspase recruitment domain / Caspase recruitment domain / Death-like domain superfamily ...RIG-I, CARD domain repeat 2 / RIG-I-like receptor, C-terminal / RIG-I receptor C-terminal domain / RIG-I-like receptor, C-terminal regulatory domain / RIG-I-like receptor, C-terminal domain superfamily / C-terminal domain of RIG-I / RIG-I-like receptor (RLR) C-terminal regulatory (CTR) domain profile. / Caspase recruitment domain / Caspase recruitment domain / Death-like domain superfamily / DEAD/DEAH box helicase / DEAD/DEAH box helicase domain / Helicase conserved C-terminal domain / helicase superfamily c-terminal domain / Superfamilies 1 and 2 helicase C-terminal domain profile. / Superfamilies 1 and 2 helicase ATP-binding type-1 domain profile. / DEAD-like helicases superfamily / Helicase, C-terminal / Helicase superfamily 1/2, ATP-binding domain / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
Antiviral innate immune response receptor RIG-I
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
引用ジャーナル: Nucleic Acids Res / 年: 2018
タイトル: Combined roles of ATP and small hairpin RNA in the activation of RIG-I revealed by solution-based analysis.
著者: Neelam Shah / Simone A Beckham / Jacqueline A Wilce / Matthew C J Wilce /
要旨: RIG-I (retinoic acid inducible gene-I) is a cytosolic innate immune protein that senses viral dsRNA with a 5'-triphosphate overhang. Upon interaction with dsRNA a de-repression of the RIG-I CARD ...RIG-I (retinoic acid inducible gene-I) is a cytosolic innate immune protein that senses viral dsRNA with a 5'-triphosphate overhang. Upon interaction with dsRNA a de-repression of the RIG-I CARD domains takes place that ultimately leads to the production of type I interferons and pro-inflammatory cytokines. Here we investigate the RIG-I conformational rearrangement upon interaction with an activating 5'-triphosphate-10-base pair dsRNA hairpin loop (10bp) compared with a less active 5'-triphosphate-8-base pair dsRNA hairpin loop (8bp). We use size-exclusion chromatography-coupled small-angle X-ray scattering (SAXS) and limited tryptic digest experiments to show that that upon binding to 10 bp, but not 8 bp, RIG-I becomes extended and shows greater flexibility, reflecting the release of its CARDs. We also examined the effect of different ATP analogues on the conformational changes of RIG-I/dsRNA complexes. Of the analogues tested, the addition of ATP transition state analogue ADP-AlFx further assisted in the complete activation of RIG-I in complex with 10bp and also to some extent RIG-I bound to 8bp. Together these data provide solution-based evidence for the molecular mechanism of innate immune signaling by RIG-I as stimulated by short hairpin RNA and ATP.
登録者
  • Neelam Shah (Monash University, Melbourne, Australia)

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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モデル

モデル #861
タイプ: other / ソフトウェア: (v2.1) / 対称性: p1 / カイ2乗値: 0.594
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モデル #862
タイプ: other / ソフトウェア: (v2.1) / 対称性: p1 / カイ2乗値: 0.594
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モデル #863
タイプ: other / ソフトウェア: (v2.1) / 対称性: p1 / カイ2乗値: 0.594
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

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試料

試料名称: Probable ATP-dependent RNA helicase DDX58 (Full-length RIG-I) 8mer hairpin dsRNA/AMP-PNP (SEC-peak1)
Entity id: 448 / 550
バッファ名称: 25 mM HEPES, 150 mM NaCl, 2.5 mM MgCl2, 10% glycerol and 1mM DTT, 0.5 mM AMP-PNP
pH: 7.4
要素 #448名称: RIG-I / タイプ: protein / 記述: Probable ATP-dependent RNA helicase DDX58 / 分子量: 107.421 / 分子数: 1 / 由来: Homo sapiens / 参照: UniProt: O95786
配列: MHHHHHHTTE QRRSLQAFQD YIRKTLDPTY ILSYMAPWFR EEEVQYIQAE KNNKGPMEAA TLFLKFLLEL QEEGWFRGFL DALDHAGYSG LYEAIESWDF KKIEKLEEYR LLLKRLQPEF KTRIIPTDII SDLSECLINQ ECEEILQICS TKGMMAGAEK LVECLLRSDK ...配列:
MHHHHHHTTE QRRSLQAFQD YIRKTLDPTY ILSYMAPWFR EEEVQYIQAE KNNKGPMEAA TLFLKFLLEL QEEGWFRGFL DALDHAGYSG LYEAIESWDF KKIEKLEEYR LLLKRLQPEF KTRIIPTDII SDLSECLINQ ECEEILQICS TKGMMAGAEK LVECLLRSDK ENWPKTLKLA LEKERNKFSE LWIVEKGIKD VETEDLEDKM ETSDIQIFYQ EDPECQNLSE NSCPPSEVSD TNLYSPFKPR NYQLELALPA MKGKNTIICA PTGCGKTFVS LLICEHHLKK FPQGQKGKVV FFANQIPVYE QQKSVFSKYF ERHGYRVTGI SGATAENVPV EQIVENNDII ILTPQILVNN LKKGTIPSLS IFTLMIFDEC HNTSKQHPYN MIMFNYLDQK LGGSSGPLPQ VIGLTASVGV GDAKNTDEAL DYICKLCASL DASVIATVKH NLEELEQVVY KPQKFFRKVE SRISDKFKYI IAQLMRDTES LAKRICKDLE NLSQIQNREF GTQKYEQWIV TVQKACMVFQ MPDKDEESRI CKALFLYTSH LRKYNDALII SEHARMKDAL DYLKDFFSNV RAAGFDEIEQ DLTQRFEEKL QELESVSRDP SNENPKLEDL CFILQEEYHL NPETITILFV KTRALVDALK NWIEGNPKLS FLKPGILTGR GKTNQNTGMT LPAQKCILDA FKASGDHNIL IATSVADEGI DIAQCNLVIL YEYVGNVIKM IQTRGRGRAR GSKCFLLTSN AGVIEKEQIN MYKEKMMNDS ILRLQTWDEA VFREKILHIQ THEKFIRDSQ EKPKPVPDKE NKKLLCRKCK ALACYTADVR VIEECHYTVL GDAFKECFVS RPHPKPKQFS SFEKRAKIFC ARQNCSHDWG IHVKYKTFEI PVIKIESFVV EDIATGVQTL YSKWKDFHFE KIPFDPAEMS K
要素 #550名称: 8bp / タイプ: RNA / 記述: 5´ppp 8mer hairpin dsRNA / 分子量: 6.484 / 分子数: 1
配列:
GGCGCGGCUU CGGCCGCGCC

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実験情報

ビーム設備名称: Australian Synchrotron SAXS/WAXS / 地域: Melbourne / 国: Australia / 形状: Point / 線源: X-ray synchrotronシンクロトロン / 波長: 0.10332 Å / スペクトロメータ・検出器間距離: 1.6 mm
検出器名称: Pilatus 1M
スキャン
タイトル: Full-length RIG-I 8mer hairpin dsRNA/AMP-PNP peak1
測定日: 2016年4月27日 / 保管温度: 4 °C / セル温度: 15 °C / 照射時間: 5 sec. / フレーム数: 17 / 単位: 1/A /
MinMax
Q0.0096 0.251
距離分布関数 P(R)
ソフトウェア P(R): GNOM 5.0 / ポイント数: 395 /
MinMax
Q0.00956213 0.163293
P(R) point1 395
R0 150
結果
カーブのタイプ: merged /
実験値Porod
分子量114.7 kDa110.4 kDa
体積-187.73 nm3

P(R)Guinier
前方散乱 I00.0141 0.0141
慣性半径, Rg 4.22 nm4.11 nm

MinMax
D-15
Guinier point5 54

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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