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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8wha | ||||||
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タイトル | Structure of DDM1-nucleosome complex in the ADP-BeFx state with DDM1 bound to SHL2 and SHL-2 | ||||||
要素 |
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キーワード | GENE REGULATION (遺伝子発現の調節) / complex / nucleosome (ヌクレオソーム) / chromatin remodeling (クロマチンリモデリング) / structural protein-hydrolase-dna complex (構造) | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 DNA-mediated transformation / トランスポゾン / chloroplast thylakoid / chromocenter / チラコイド / response to water deprivation / 原形質連絡 / plant-type vacuole / DNA methylation-dependent heterochromatin formation / ATP-dependent chromatin remodeler activity ...DNA-mediated transformation / トランスポゾン / chloroplast thylakoid / chromocenter / チラコイド / response to water deprivation / 原形質連絡 / plant-type vacuole / DNA methylation-dependent heterochromatin formation / ATP-dependent chromatin remodeler activity / 色素体 / 葉緑体 / heterochromatin formation / epigenetic regulation of gene expression / DNA helicase activity / 葉緑体 / response to bacterium / response to wounding / ペルオキシソーム / structural constituent of chromatin / ヌクレオソーム / ヘリカーゼ / クロマチンリモデリング / protein heterodimerization activity / 核小体 / ATP hydrolysis activity / DNA binding / extracellular region / ATP binding / 細胞核 / 細胞膜 / 細胞質基質 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ) synthetic construct (人工物) | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.05 Å | ||||||
データ登録者 | Liu, Y. / Zhang, Z. / Du, J. | ||||||
資金援助 | 中国, 1件
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引用 | ジャーナル: Nat Plants / 年: 2024 タイトル: Molecular basis of chromatin remodelling by DDM1 involved in plant DNA methylation. 著者: Yue Liu / Zhihui Zhang / Hongmiao Hu / Wei Chen / Fan Zhang / Qian Wang / Changshi Wang / Kaige Yan / Jiamu Du / 要旨: Eukaryotic gene regulation occurs at the chromatin level, which requires changing the chromatin structure by a group of ATP-dependent DNA translocases-namely, the chromatin remodellers. In plants, ...Eukaryotic gene regulation occurs at the chromatin level, which requires changing the chromatin structure by a group of ATP-dependent DNA translocases-namely, the chromatin remodellers. In plants, chromatin remodellers function in various biological processes and possess both conserved and plant-specific components. DECREASE IN DNA METHYLATION 1 (DDM1) is a plant chromatin remodeller that plays a key role in the maintenance DNA methylation. Here we determined the structures of Arabidopsis DDM1 in complex with nucleosome in ADP-BeF-bound, ADP-bound and nucleotide-free conformations. We show that DDM1 specifically recognizes the H4 tail and nucleosomal DNA. The conformational differences between ADP-BeF-bound, ADP-bound and nucleotide-free DDM1 suggest a chromatin remodelling cycle coupled to ATP binding, hydrolysis and ADP release. This, in turn, triggers conformational changes in the DDM1-bound nucleosomal DNA, which alters the nucleosome structure and promotes DNA sliding. Together, our data reveal the molecular basis of chromatin remodelling by DDM1. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 8wha.cif.gz | 450.5 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb8wha.ent.gz | 346.7 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 8wha.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wh/8wha ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wh/8wha | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | 37537MC 8wh5C 8wh8C 8wh9C 8whbC M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
-タンパク質 , 5種, 10分子 AEBFCGDHKL
#1: タンパク質 | 分子量: 15300.968 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ) 遺伝子: HTR2, At1g09200, T12M4.9, HTR3, At3g27360, K1G2.8, HTR13, At5g10390, F12B17_260, HTR9, At5g10400, F12B17_250, HTR1, At5g65360, MNA5.9 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P59226 #2: タンパク質 | 分子量: 11436.467 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ) 遺伝子: At1g07660, F24B9.25, At1g07820, F24B9.8, At2g28740, F8N16.2, T11P11.4, At3g45930, F16L2_140, At3g46320, F18L15.40, At3g53730, F5K20_30, At5g59690, MTH12.10, At5g59970, MMN10.22 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P59259 #3: タンパク質 | 分子量: 13680.854 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ) 遺伝子: RAT5, H2A-1, At5g54640, MRB17.14 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9LD28 #4: タンパク質 | 分子量: 16474.459 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ) 遺伝子: H2B, At3g45980, F16L2.190 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: O23629 #7: タンパク質 | 分子量: 86844.836 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ) 遺伝子: DDM1, CHA1, CHR1, SOM1, SOM4, At5g66750, MSN2.14 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9XFH4, ヘリカーゼ |
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-DNA鎖 , 2種, 2分子 IJ
#5: DNA鎖 | 分子量: 45123.758 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物) |
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#6: DNA鎖 | 分子量: 45626.043 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物) |
-非ポリマー , 2種, 4分子
#8: 化合物 | #9: 化合物 | |
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-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: DDM1-nucleosome complex in the ADP-BeFx state with DDM1 bound to SHL2 and SHL-2 タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#7 / 由来: RECOMBINANT |
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分子量 | 値: 0.376 MDa / 実験値: NO |
由来(天然) | 生物種: Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ) |
由来(組換発現) | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) |
緩衝液 | pH: 8 |
試料 | 濃度: 2.5 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
急速凍結 | 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 277.15 K |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / 最大 デフォーカス(公称値): 2500 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 1000 nm / Cs: 2.7 mm |
試料ホルダ | 凍結剤: NITROGEN 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER |
撮影 | 電子線照射量: 50 e/Å2 / 検出モード: SUPER-RESOLUTION / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 実像数: 6776 |
画像スキャン | 動画フレーム数/画像: 32 / 利用したフレーム数/画像: 1-32 |
-解析
EMソフトウェア | 名称: RELION / バージョン: 3.1 / カテゴリ: 3次元再構成 |
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CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION |
粒子像の選択 | 選択した粒子像数: 3898721 |
3次元再構成 | 解像度: 4.05 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 24191 / 対称性のタイプ: POINT |
原子モデル構築 | 空間: REAL |