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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8vc2 | ||||||||||||
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タイトル | CryoEM structure of insect gustatory receptor BmGr9 in the presence of fructose | ||||||||||||
要素 | Gustatory receptor | ||||||||||||
キーワード | MEMBRANE PROTEIN (膜タンパク質) / gustatory receptor / homotetramer / ligand-gated ion channel (リガンド依存性イオンチャネル) / seven transmembrane | ||||||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 male courtship behavior / chemosensory behavior / sensory perception of taste / 神経繊維 / neuronal cell body / 樹状突起 / シグナル伝達 / 細胞膜 類似検索 - 分子機能 | ||||||||||||
生物種 | Bombyx mori (カイコ) | ||||||||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.98 Å | ||||||||||||
データ登録者 | Frank, H.M. / Walsh Jr., R.M. / Garrity, P.A. / Gaudet, R. | ||||||||||||
資金援助 | 米国, 3件
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引用 | ジャーナル: bioRxiv / 年: 2023 タイトル: Structure of an insect gustatory receptor. 著者: Heather M Frank / Sanket Walujkar / Richard M Walsh / Willem J Laursen / Douglas L Theobald / Paul A Garrity / Rachelle Gaudet / 要旨: Gustatory Receptors (GRs) are critical for insect chemosensation and are potential targets for controlling pests and disease vectors. However, GR structures have not been experimentally determined. ...Gustatory Receptors (GRs) are critical for insect chemosensation and are potential targets for controlling pests and disease vectors. However, GR structures have not been experimentally determined. We present structures of Gr9 (BmGr9), a fructose-gated cation channel, in agonist-free and fructose-bound states. BmGr9 forms a tetramer similar to distantly related insect Olfactory Receptors (ORs). Upon fructose binding, BmGr9's ion channel gate opens through helix S7b movements. In contrast to ORs, BmGR9's ligand-binding pocket, shaped by a kinked helix S4 and a shorter extracellular S3-S4 loop, is larger and solvent accessible in both agonist-free and fructose-bound states. Also unlike ORs, fructose binding by BmGr9 involves helix S5 and a binding pocket lined with aromatic and polar residues. Structure-based sequence alignments reveal distinct patterns of ligand-binding pocket residue conservation in GR subfamilies associated with distinct ligand classes. These data provide insight into the molecular basis of GR ligand specificity and function. | ||||||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 8vc2.cif.gz | 277 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb8vc2.ent.gz | 214.9 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 8vc2.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vc/8vc2 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vc/8vc2 | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | 43130MC 8vc1C M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 54572.320 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bombyx mori (カイコ) / 遺伝子: Gr9 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: B3GTD7 #2: 化合物 | ChemComp-PSC / ( 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: Fructose-bound BmGr9 homotetramer / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1 / 由来: RECOMBINANT |
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分子量 | 値: 0.21805 MDa / 実験値: NO |
由来(天然) | 生物種: Bombyx mori (カイコ) |
由来(組換発現) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
緩衝液 | pH: 8.25 |
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
急速凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: TFS KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / 倍率(公称値): 105000 X / 倍率(補正後): 60240 X / 最大 デフォーカス(公称値): 2200 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 800 nm / アライメント法: COMA FREE |
試料ホルダ | 凍結剤: NITROGEN 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER |
撮影 | 平均露光時間: 3.995 sec. / 電子線照射量: 80.144 e/Å2 フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k) 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 9002 |
電子光学装置 | エネルギーフィルター名称: GIF Bioquantum / エネルギーフィルタースリット幅: 20 eV |
-解析
EMソフトウェア |
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CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
粒子像の選択 | 選択した粒子像数: 1141024 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
対称性 | 点対称性: C4 (4回回転対称) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 3.98 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 233351 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | B value: 43.02 / プロトコル: FLEXIBLE FIT / 空間: REAL / Target criteria: cross-correlation coefficient 詳細: Initial fitting was done using DockInMap in PHENIX and refined through cycles of manual rebuilding in Coot, real-space refinement in PHENIX, and remodeling by simulations run in the ISOLDE plugin of ChimeraX. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | 詳細: ColabFold generated / Source name: Other / タイプ: in silico model | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | 交差検証法: NONE |