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- PDB-8va1: S. aureus TarL H300N in complex with CDP-ribitol (single tetramer) -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8va1
タイトルS. aureus TarL H300N in complex with CDP-ribitol (single tetramer)
要素Teichoic acid ribitol-phosphate polymerase TarL
キーワードTRANSFERASE (転移酵素) / glycosyltransferase (グリコシルトランスフェラーゼ) / polymerase (ポリメラーゼ) / monotopic / amphipathic (両親媒性分子)
機能・相同性
機能・相同性情報


CDP-ribitol ribitolphosphotransferase / CDP-ribitol ribitolphosphotransferase activity / CDP-glycerol glycerophosphotransferase activity / teichoic acid biosynthetic process / cell wall organization / 細胞膜
類似検索 - 分子機能
: / CDP-glycerol glycerophosphotransferase / CDP-glycerol glycerophosphotransferase, C-terminal domain / CDP-glycerol glycerophosphotransferase, N-terminal domain / CDP-Glycerol:Poly(glycerophosphate) glycerophosphotransferase
類似検索 - ドメイン・相同性
CDP-ribitol / Teichoic acid ribitol-phosphate polymerase TarL
類似検索 - 構成要素
生物種Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.4 Å
データ登録者Li, F.K.K. / Worrall, L.J. / Strynadka, N.C.J.
資金援助 カナダ, 米国, 4件
組織認可番号国
Natural Sciences and Engineering Research Council (NSERC, Canada) カナダ
Canadian Institutes of Health Research (CIHR) カナダ
Howard Hughes Medical Institute (HHMI) 米国
Canada Research Chairs カナダ
引用ジャーナル: Sci Adv / 年: 2024
タイトル: Cryo-EM analysis of TarL, a polymerase in wall teichoic acid biogenesis central to virulence and antibiotic resistance.
著者: Franco K K Li / Liam J Worrall / Robert T Gale / Eric D Brown / Natalie C J Strynadka /
要旨: Wall teichoic acid (WTA), a covalent adduct of Gram-positive bacterial cell wall peptidoglycan, contributes directly to virulence and antibiotic resistance in pathogenic species. Polymerization of ...Wall teichoic acid (WTA), a covalent adduct of Gram-positive bacterial cell wall peptidoglycan, contributes directly to virulence and antibiotic resistance in pathogenic species. Polymerization of the WTA ribitol-phosphate chain is catalyzed by TarL, a member of the largely uncharacterized TagF-like family of membrane-associated enzymes. We report the cryo-electron microscopy structure of TarL, showing a tetramer that forms an extensive membrane-binding platform of monotopic helices. TarL is composed of an amino-terminal immunoglobulin-like domain and a carboxyl-terminal glycosyltransferase-B domain for ribitol-phosphate polymerization. The active site of the latter is complexed to donor substrate cytidine diphosphate-ribitol, providing mechanistic insights into the catalyzed phosphotransfer reaction. Furthermore, the active site is surrounded by electropositive residues that serve to retain the lipid-linked acceptor for polymerization. Our data advance general insight into the architecture and membrane association of the still poorly characterized monotopic membrane protein class and present molecular details of ribitol-phosphate polymerization that may aid in the design of new antimicrobials.
履歴
登録2023年12月10日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02024年4月3日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Teichoic acid ribitol-phosphate polymerase TarL
B: Teichoic acid ribitol-phosphate polymerase TarL
C: Teichoic acid ribitol-phosphate polymerase TarL
D: Teichoic acid ribitol-phosphate polymerase TarL
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)276,1928
ポリマ－274,0434
非ポリマー2,1494
水0
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法, not applicable
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

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要素

#1: タンパク質
Teichoic acid ribitol-phosphate polymerase TarL / Poly(ribitol phosphate) polymerase TarL / Ribitol-phosphate polymerase TarL / Tar polymerase TarL


分子量: 68510.703 Da / 分子数: 4 / 変異: H300N / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
遺伝子: tarL, SAOUHSC_00227 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
参照: UniProt: Q2G1B8, CDP-ribitol ribitolphosphotransferase
#2: 化合物
ChemComp-V2V / CDP-ribitol / [(2R,3S,4R,5R)-5-(4-amino-2-oxopyrimidin-1(2H)-yl)-3,4-dihydroxytetrahydrofuran-2-yl]methyl (2R,3S,4S)-2,3,4,5-tetrahydroxypentyl dihydrogen diphosphate


分子量: 537.307 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C14H25N3O15P2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: S. aureus TarL H300N with CDP-ribitol and CHAPS / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1 / 由来: RECOMBINANT
由来(天然)生物種: Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
由来(組換発現)生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
緩衝液pH: 7.5
緩衝液成分
ID濃度名称Buffer-ID
120 mMHEPES1
2500 mMSodium chloride塩化ナトリウム1
36.5 mMCHAPSチャップス1
試料濃度: 9.3 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 300 divisions/in.
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 277 K

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / 倍率（補正後）: 81000 X / 最大 デフォーカス（公称値）: 2500 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1000 nm
撮影電子線照射量: 50 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 実像数: 19380

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解析

EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ
1RELION3.1粒子像選択
2SerialEM画像取得
9RELION3.1初期オイラー角割当
10cryoSPARC最終オイラー角割当
11cryoSPARC分類
12cryoSPARC３次元再構成
13PHENIX1.19.2-4158モデル精密化
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
対称性点対称性: C1 (非対称)
3次元再構成解像度: 3.4 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 190753 / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築PDB-ID: 3L7L

3l7l


Accession code: 3L7L / Source name: PDB / タイプ: experimental model
精密化交差検証法: NONE
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
原子変位パラメータBiso mean: 74.57 Å2
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.004219425
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.671126294
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.04462834
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.00543335
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d7.97922547

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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