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万見
- PDB-8tvz: RNA origami 3-helix tile Traptamer -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8tvz
タイトルRNA origami 3-helix tile Traptamer
要素RNA (363-MER)
キーワードRNA (リボ核酸) / Origami (折り紙) / aptamer (アプタマー) / switch (開閉器) / sensor (センサ) / toe-hold / robot / broccoli
機能・相同性リボ核酸 / RNA (> 10) / RNA (> 100)
機能・相同性情報
生物種synthetic construct (人工物)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 5.94 Å
データ登録者McRae, E.K.S. / Vallina, N.S. / Andersen, E.S.
資金援助European Union, デンマーク, カナダ, 6件
組織認可番号国
H2020 Marie Curie Actions of the European Commission765703European Union
Independent Research Fund Denmark - Technology and Production Sciences9040-00425B デンマーク
Natural Sciences and Engineering Research Council (NSERC, Canada)532417 カナダ
The Carlsberg FoundationCF20-0635 デンマーク
European Research Council (ERC)683305European Union
Novo Nordisk Foundation0060694 デンマーク
引用ジャーナル: Sci Adv / 年: 2024
タイトル: An RNA origami robot that traps and releases a fluorescent aptamer.
著者: Néstor Sampedro Vallina / Ewan K S McRae / Cody Geary / Ebbe S Andersen /
要旨: RNA nanotechnology aims to use RNA as a programmable material to create self-assembling nanodevices for application in medicine and synthetic biology. The main challenge is to develop advanced RNA ...RNA nanotechnology aims to use RNA as a programmable material to create self-assembling nanodevices for application in medicine and synthetic biology. The main challenge is to develop advanced RNA robotic devices that both sense, compute, and actuate to obtain enhanced control over molecular processes. Here, we use the RNA origami method to prototype an RNA robotic device, named the "Traptamer," that mechanically traps the fluorescent aptamer, iSpinach. The Traptamer is shown to sense two RNA key strands, acts as a Boolean AND gate, and reversibly controls the fluorescence of the iSpinach aptamer. Cryo-electron microscopy of the closed Traptamer structure at 5.45-angstrom resolution reveals the mechanical mode of distortion of the iSpinach motif. Our study suggests a general approach to distorting RNA motifs and a path forward to build sophisticated RNA machines that through sensing, computing, and actuation modules can be used to precisely control RNA functionalities in cellular systems.
履歴
登録2023年8月18日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02024年4月3日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
C: RNA (363-MER)


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)116,9781
ポリマ－116,9781
非ポリマー00
水0
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法, not applicable
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

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要素

#1: RNA鎖 RNA (363-MER)


分子量: 116977.742 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: 14-14 Traptamer / タイプ: COMPLEX
詳細: An RNA origami 3 helix tile with an inactive broccoli aptamer in the central helix.
Entity ID: all / 由来: RECOMBINANT
分子量実験値: NO
由来(天然)生物種: synthetic construct (人工物)
由来(組換発現)生物種: synthetic construct (人工物)
緩衝液pH: 7.5
緩衝液成分
ID濃度名称式Buffer-ID
140 mMHEPES1
250 mMPotassium ChlorideKCL1
35 mMMagnesium ChlorideMgCl21
試料濃度: 2 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持詳細: 15mA / グリッドの材料: GOLD / グリッドのサイズ: 300 divisions/in.
急速凍結装置: LEICA EM GP / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 294 K / 詳細: Protochips Au-Flat 1.2/1.3 grids.

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / 最大 デフォーカス（公称値）: 2000 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 500 nm / Cs: 2.7 mm / C2レンズ絞り径: 70 µm
撮影電子線照射量: 60 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)
撮影したグリッド数: 1 / 詳細: Pixel size of 0.645 A/px
電子光学装置エネルギーフィルター名称: GIF Bioquantum / エネルギーフィルタースリット幅: 20 eV

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解析

EMソフトウェア
ID名称カテゴリ
2EPU画像取得
7UCSF ChimeraXモデルフィッティング
13cryoSPARC３次元再構成
14ISOLDEモデル精密化
15PHENIXモデル精密化
16Cootモデル精密化
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
3次元再構成解像度: 5.94 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 220000 / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築プロトコル: OTHER
原子モデル構築PDB-ID: 5OB3

5ob3


Accession code: 5OB3 / Source name: PDB / タイプ: experimental model

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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