+
データを開く
-
基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8tsi | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | S. thermodepolymerans KpsMT-KpsE in complex with ADP:AlF4- | ||||||
![]() |
| ||||||
![]() | ![]() ![]() | ||||||
機能・相同性 | ![]() ABC-type transporter activity / ATP-binding cassette (ABC) transporter complex / ![]() ![]() ![]() ![]() 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Kuklewicz, J. / Zimmer, J. | ||||||
資金援助 | ![]()
| ||||||
![]() | ![]() タイトル: Molecular insights into capsular polysaccharide secretion. 著者: Jeremi Kuklewicz / Jochen Zimmer / ![]() 要旨: Capsular polysaccharides (CPSs) fortify the cell boundaries of many commensal and pathogenic bacteria. Through the ABC-transporter-dependent biosynthesis pathway, CPSs are synthesized intracellularly ...Capsular polysaccharides (CPSs) fortify the cell boundaries of many commensal and pathogenic bacteria. Through the ABC-transporter-dependent biosynthesis pathway, CPSs are synthesized intracellularly on a lipid anchor and secreted across the cell envelope by the KpsMT ABC transporter associated with the KpsE and KpsD subunits. Here we use structural and functional studies to uncover crucial steps of CPS secretion in Gram-negative bacteria. We show that KpsMT has broad substrate specificity and is sufficient for the translocation of CPSs across the inner bacterial membrane, and we determine the cell surface organization and localization of CPSs using super-resolution fluorescence microscopy. Cryo-electron microscopy analyses of the KpsMT-KpsE complex in six different states reveal a KpsE-encaged ABC transporter, rigid-body conformational rearrangements of KpsMT during ATP hydrolysis and recognition of a glycolipid inside a membrane-exposed electropositive canyon. In vivo CPS secretion assays underscore the functional importance of canyon-lining basic residues. Combined, our analyses suggest a molecular model of CPS secretion by ABC transporters. | ||||||
履歴 |
|
-
構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
---|
-
ダウンロードとリンク
-
ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 462.9 KB | 表示 | ![]() |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | ![]() | 370.7 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
---|
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 41593MC ![]() 8tshC ![]() 8tslC ![]() 8tswC ![]() 8tt3C ![]() 8tunC M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 ( |
---|---|
類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
-
リンク
-
集合体
登録構造単位 | ![]()
|
---|---|
1 |
|
-
要素
#1: タンパク質 | 分子量: 26224.729 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 遺伝子: C1702_11080 / 発現宿主: ![]() ![]() ![]() #2: タンパク質 | 分子量: 30800.959 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 遺伝子: C1702_11075 / 発現宿主: ![]() ![]() ![]() #3: タンパク質 | 分子量: 44057.266 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 遺伝子: C1702_11085 / 発現宿主: ![]() ![]() ![]() #4: 化合物 | ![]() #5: 化合物 | 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | |
---|
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
---|---|
EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: ![]() |
-
試料調製
構成要素 | 名称: ABC transporter KpsMT in complex with polysaccharide co-polymerase KpsE in ADP:AlF4- -bound state タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#3 / 由来: RECOMBINANT |
---|---|
分子量 | 実験値: NO |
由来(天然) | 生物種: ![]() |
由来(組換発現) | 生物種: ![]() ![]() ![]() |
緩衝液 | pH: 7.5 |
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色![]() ![]() |
急速凍結![]() | 凍結剤: ETHANE |
-
電子顕微鏡撮影
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
---|---|
顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源![]() ![]() |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD![]() |
撮影 | 電子線照射量: 50 e/Å2 フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON III (4k x 4k) |
-
解析
CTF補正![]() | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION |
---|---|
3次元再構成![]() | 解像度: 4.4 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 58165 / 対称性のタイプ: POINT |