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- PDB-8t9x: Zophobas morio black wasting virus strain NJ2-molitor virion structure -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8t9x
タイトルZophobas morio black wasting virus strain NJ2-molitor virion structure
要素
  • DNA (5'-D(P*CP*AP*GP*GP*CP*CP*AP*AP*A)-3')
  • DNA (5'-D(P*CP*GP*A)-3')
  • DNA (5'-D(P*TP*CP*GP*AP*A)-3')
  • Major capsid protein
キーワードVIRUS/DNA / Capsid (カプシド) / Virion (ウイルス) / Parvovirus (パルボウイルス) / Densovirus / Invertebrate (無脊椎動物) / Insect (昆虫) / Pathogen (病原体) / ssDNA (デオキシリボ核酸) / VIRUS (ウイルス) / VIRUS-DNA complex
機能・相同性デオキシリボ核酸
機能・相同性情報
生物種Zophobas morio black wasting virus (ウイルス)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2 Å
データ登録者Penzes, J.J. / Kaelber, J.T.
資金援助 米国, 2件
組織認可番号国
Other government 米国
Other private 米国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Sequencing-free discovery by cryo-EM of a pathogenic parvovirus causing mass mortality of farmed beetles
著者: Penzes, J.J. / Holm, M. / Firlar, E. / Kaelber, J.T.
履歴
登録2023年6月26日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02024年2月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年5月8日Group: Source and taxonomy / カテゴリ: entity_src_nat
Item: _entity_src_nat.pdbx_ncbi_taxonomy_id / _entity_src_nat.pdbx_organism_scientific

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Major capsid protein
B: DNA (5'-D(P*CP*GP*A)-3')
C: DNA (5'-D(P*CP*AP*GP*GP*CP*CP*AP*AP*A)-3')
D: DNA (5'-D(P*TP*CP*GP*AP*A)-3')


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)53,2104
ポリマ－53,2104
非ポリマー00
水1,44180
1
A: Major capsid protein
B: DNA (5'-D(P*CP*GP*A)-3')
C: DNA (5'-D(P*CP*AP*GP*GP*CP*CP*AP*AP*A)-3')
D: DNA (5'-D(P*TP*CP*GP*AP*A)-3')
x 60


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)3,192,608240
ポリマ－3,192,608240
非ポリマー00
水2,162120
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
point symmetry operation59
2


  • 登録構造と同一
  • icosahedral asymmetric unit
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
A: Major capsid protein
B: DNA (5'-D(P*CP*GP*A)-3')
C: DNA (5'-D(P*CP*AP*GP*GP*CP*CP*AP*AP*A)-3')
D: DNA (5'-D(P*TP*CP*GP*AP*A)-3')
x 5


  • icosahedral pentamer
  • 266 kDa, 20 ポリマー
分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)266,05120
ポリマ－266,05120
非ポリマー00
水18010
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
point symmetry operation4
4
A: Major capsid protein
B: DNA (5'-D(P*CP*GP*A)-3')
C: DNA (5'-D(P*CP*AP*GP*GP*CP*CP*AP*AP*A)-3')
D: DNA (5'-D(P*TP*CP*GP*AP*A)-3')
x 6


  • icosahedral 23 hexamer
  • 319 kDa, 24 ポリマー
分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)319,26124
ポリマ－319,26124
非ポリマー00
水21612
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
point symmetry operation5
5


  • 登録構造と同一（異なる座標系）
  • icosahedral asymmetric unit, std point frame
タイプ名称対称操作数
transform to point frame1
対称性点対称性: (シェーンフリース記号: I (正20面体型対称))

-
要素

#1: タンパク質 Major capsid protein


分子量: 48085.629 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Zophobas morio black wasting virus (ウイルス)
#2: DNA鎖 DNA (5'-D(P*CP*GP*A)-3')


分子量: 886.637 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Zophobas morio black wasting virus (ウイルス)
#3: DNA鎖 DNA (5'-D(P*CP*AP*GP*GP*CP*CP*AP*AP*A)-3')


分子量: 2733.827 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Zophobas morio black wasting virus (ウイルス)
#4: DNA鎖 DNA (5'-D(P*TP*CP*GP*AP*A)-3')


分子量: 1504.037 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Zophobas morio black wasting virus (ウイルス)
#5: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 80 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: Zophobas morio densovirus / タイプ: VIRUS
詳細: Purified from T. molitor larvae, which were asymptomatic
Entity ID: #1-#4 / 由来: NATURAL
分子量実験値: NO
由来(天然)生物種: Zophobas morio densovirus (ウイルス) / 株: NJ2-molitor
ウイルスについての詳細中空か: NO / エンベロープを持つか: NO / 単離: SPECIES / タイプ: VIRION
天然宿主生物種: Tenebrio molitor
ウイルス殻直径: 28 nm / 三角数 (T数): 1
緩衝液pH: 7.4
緩衝液成分濃度: 1 x / 名称: Phosphate-buffered saline / 式: PBS
試料濃度: 2 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
詳細: Purified virus from homogenized T. molitor larval tissue
試料支持グリッドの材料: GOLD / グリッドのサイズ: 300 divisions/in. / グリッドのタイプ: UltrAuFoil R1.2/1.3
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 95 % / 凍結前の試料温度: 293 K

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Talos Arctica / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TALOS ARCTICA
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 200 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / 最大 デフォーカス（公称値）: 1200 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 500 nm / Cs: 2.7 mm
試料ホルダ凍結剤: NITROGEN
試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
撮影平均露光時間: 3 sec. / 電子線照射量: 32 e/Å2 / 検出モード: COUNTING
フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
撮影したグリッド数: 1

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解析

EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ
1cryoSPARC粒子像選択
2SerialEM3.8画像取得
10cryoSPARC初期オイラー角割当
11cryoSPARC最終オイラー角割当
12cryoSPARC分類
13cryoSPARC３次元再構成
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
粒子像の選択選択した粒子像数: 156329
対称性点対称性: I (正20面体型対称)
3次元再構成解像度: 2 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 15964 / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築プロトコル: AB INITIO MODEL / 空間: REAL
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.008208737
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.745284815
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d5.56328500
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.04631141
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.00737378

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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