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- PDB-8so0: Cryo-EM structure of the PP2A:B55-FAM122A complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8so0
タイトルCryo-EM structure of the PP2A:B55-FAM122A complex
要素
  • (Serine/threonine-protein phosphatase 2A ...) x 3
  • PPP2R1A-PPP2R2A-interacting phosphatase regulator 1
キーワードSIGNALING PROTEIN / Protein Phosphatase 2A:B55 holoenzyme FAM122A inhibitor substrate binding cell cycle regulation
機能・相同性
機能・相同性情報


protein serine/threonine phosphatase inhibitor activity / meiotic spindle elongation / Integration of energy metabolism / PP2A-mediated dephosphorylation of key metabolic factors / regulation of microtubule binding / MASTL Facilitates Mitotic Progression / mitotic sister chromatid separation / regulation of meiotic cell cycle process involved in oocyte maturation / protein phosphatase type 2A complex / meiotic sister chromatid cohesion, centromeric ...protein serine/threonine phosphatase inhibitor activity / meiotic spindle elongation / Integration of energy metabolism / PP2A-mediated dephosphorylation of key metabolic factors / regulation of microtubule binding / MASTL Facilitates Mitotic Progression / mitotic sister chromatid separation / regulation of meiotic cell cycle process involved in oocyte maturation / protein phosphatase type 2A complex / meiotic sister chromatid cohesion, centromeric / peptidyl-serine dephosphorylation / : / peptidyl-threonine dephosphorylation / negative regulation of tyrosine phosphorylation of STAT protein / positive regulation of microtubule binding / Regulation of glycolysis by fructose 2,6-bisphosphate metabolism / Inhibition of replication initiation of damaged DNA by RB1/E2F1 / female meiotic nuclear division / protein antigen binding / ceramide metabolic process / protein phosphatase regulator activity / GABA receptor binding / negative regulation of epithelial to mesenchymal transition / APC truncation mutants have impaired AXIN binding / AXIN missense mutants destabilize the destruction complex / Truncations of AMER1 destabilize the destruction complex / Initiation of Nuclear Envelope (NE) Reformation / ERKs are inactivated / response to morphine / positive regulation of extrinsic apoptotic signaling pathway in absence of ligand / Beta-catenin phosphorylation cascade / Signaling by GSK3beta mutants / CTNNB1 S33 mutants aren't phosphorylated / CTNNB1 S37 mutants aren't phosphorylated / CTNNB1 S45 mutants aren't phosphorylated / CTNNB1 T41 mutants aren't phosphorylated / mitotic G2/M transition checkpoint / regulation of Wnt signaling pathway / regulation of growth / Disassembly of the destruction complex and recruitment of AXIN to the membrane / negative regulation of glycolytic process through fructose-6-phosphate / positive regulation of NLRP3 inflammasome complex assembly / myosin phosphatase activity / protein serine/threonine phosphatase activity / CTLA4 inhibitory signaling / Platelet sensitization by LDL / negative regulation of MAPK cascade / protein-serine/threonine phosphatase / regulation of cell differentiation / T cell homeostasis / ERK/MAPK targets / regulation of G1/S transition of mitotic cell cycle / phosphoprotein phosphatase activity / regulation of DNA replication / mesoderm development / chromosome, centromeric region / DARPP-32 events / lateral plasma membrane / negative regulation of phosphatidylinositol 3-kinase/protein kinase B signal transduction / Nonsense Mediated Decay (NMD) enhanced by the Exon Junction Complex (EJC) / Amplification of signal from unattached kinetochores via a MAD2 inhibitory signal / regulation of cell adhesion / Cyclin A/B1/B2 associated events during G2/M transition / Mitotic Prometaphase / EML4 and NUDC in mitotic spindle formation / Loss of Nlp from mitotic centrosomes / Loss of proteins required for interphase microtubule organization from the centrosome / Recruitment of mitotic centrosome proteins and complexes / Resolution of Sister Chromatid Cohesion / Recruitment of NuMA to mitotic centrosomes / Anchoring of the basal body to the plasma membrane / AURKA Activation by TPX2 / protein dephosphorylation / RNA splicing / meiotic cell cycle / response to organic substance / protein tyrosine phosphatase activity / chromosome segregation / RHO GTPases Activate Formins / response to lead ion / regulation of protein phosphorylation / Spry regulation of FGF signaling / RAF activation / Degradation of beta-catenin by the destruction complex / PKR-mediated signaling / tau protein binding / positive regulation of protein serine/threonine kinase activity / negative regulation of cell growth / 紡錘体 / Negative regulation of MAPK pathway / Separation of Sister Chromatids / Cyclin D associated events in G1 / microtubule cytoskeleton / Regulation of PLK1 Activity at G2/M Transition / Regulation of TP53 Degradation / positive regulation of proteasomal ubiquitin-dependent protein catabolic process / mitotic cell cycle / PI5P, PP2A and IER3 Regulate PI3K/AKT Signaling / positive regulation of cell growth / protein-containing complex assembly
類似検索 - 分子機能
PABIR1/2/3 / Protein phosphatase 2A regulatory subunit PR55 / Protein phosphatase 2A regulatory subunit PR55, conserved site / Protein phosphatase 2A regulatory subunit PR55 signature 1. / Protein phosphatase 2A regulatory subunit PR55 signature 2. / : / HEATリピート / HEATリピート / Serine/threonine specific protein phosphatases signature. / Protein phosphatase 2A homologues, catalytic domain. ...PABIR1/2/3 / Protein phosphatase 2A regulatory subunit PR55 / Protein phosphatase 2A regulatory subunit PR55, conserved site / Protein phosphatase 2A regulatory subunit PR55 signature 1. / Protein phosphatase 2A regulatory subunit PR55 signature 2. / : / HEATリピート / HEATリピート / Serine/threonine specific protein phosphatases signature. / Protein phosphatase 2A homologues, catalytic domain. / Serine/threonine-specific protein phosphatase/bis(5-nucleosyl)-tetraphosphatase / HEAT repeat profile. / HEAT, type 2 / HEAT repeats / Calcineurin-like phosphoesterase domain, ApaH type / Calcineurin-like phosphoesterase / Metallo-dependent phosphatase-like / Armadillo-like helical / Armadillo-type fold / WD40リピート / WD40リピート / WD40-repeat-containing domain superfamily / WD40/YVTN repeat-like-containing domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
: / Serine/threonine-protein phosphatase 2A 65 kDa regulatory subunit A alpha isoform / Serine/threonine-protein phosphatase 2A 55 kDa regulatory subunit B alpha isoform / Serine/threonine-protein phosphatase 2A catalytic subunit alpha isoform / PPP2R1A-PPP2R2A-interacting phosphatase regulator 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.79961 Å
データ登録者Fuller, J.R. / Padi, S.K.R. / Peti, W. / Page, R.
資金援助 米国, 3件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R01GM144379 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R01GM134683 米国
National Institutes of Health/National Institute of Neurological Disorders and Stroke (NIH/NINDS)R01NS124666 米国
引用
ジャーナル: Nature / 年: 2024
タイトル: Cryo-EM structures of PP2A:B55-FAM122A and PP2A:B55-ARPP19.
著者: Sathish K R Padi / Margaret R Vos / Rachel J Godek / James R Fuller / Thomas Kruse / Jamin B Hein / Jakob Nilsson / Matthew S Kelker / Rebecca Page / Wolfgang Peti /
要旨: Progression through the cell cycle is controlled by regulated and abrupt changes in phosphorylation. Mitotic entry is initiated by increased phosphorylation of mitotic proteins, a process driven by ...Progression through the cell cycle is controlled by regulated and abrupt changes in phosphorylation. Mitotic entry is initiated by increased phosphorylation of mitotic proteins, a process driven by kinases, whereas mitotic exit is achieved by counteracting dephosphorylation, a process driven by phosphatases, especially PP2A:B55. Although the role of kinases in mitotic entry is well established, recent data have shown that mitosis is only successfully initiated when the counterbalancing phosphatases are also inhibited. Inhibition of PP2A:B55 is achieved by the intrinsically disordered proteins ARPP19 and FAM122A. Despite their critical roles in mitosis, the mechanisms by which they achieve PP2A:B55 inhibition is unknown. Here, we report the single-particle cryo-electron microscopy structures of PP2A:B55 bound to phosphorylated ARPP19 and FAM122A. Consistent with our complementary NMR spectroscopy studies, both intrinsically disordered proteins bind PP2A:B55, but do so in highly distinct manners, leveraging multiple distinct binding sites on B55. Our extensive structural, biophysical and biochemical data explain how substrates and inhibitors are recruited to PP2A:B55 and provide a molecular roadmap for the development of therapeutic interventions for PP2A:B55-related diseases.
#1: ジャーナル: Acta Crystallogr D Struct Biol / 年: 2018
タイトル: Real-space refinement in PHENIX for cryo-EM and crystallography.
著者: Pavel V Afonine / Billy K Poon / Randy J Read / Oleg V Sobolev / Thomas C Terwilliger / Alexandre Urzhumtsev / Paul D Adams /
要旨: This article describes the implementation of real-space refinement in the phenix.real_space_refine program from the PHENIX suite. The use of a simplified refinement target function enables very fast ...This article describes the implementation of real-space refinement in the phenix.real_space_refine program from the PHENIX suite. The use of a simplified refinement target function enables very fast calculation, which in turn makes it possible to identify optimal data-restraint weights as part of routine refinements with little runtime cost. Refinement of atomic models against low-resolution data benefits from the inclusion of as much additional information as is available. In addition to standard restraints on covalent geometry, phenix.real_space_refine makes use of extra information such as secondary-structure and rotamer-specific restraints, as well as restraints or constraints on internal molecular symmetry. The re-refinement of 385 cryo-EM-derived models available in the Protein Data Bank at resolutions of 6 Å or better shows significant improvement of the models and of the fit of these models to the target maps.
履歴
登録2023年4月28日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02023年10月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 2.02023年11月15日Group: Atomic model / Data collection / カテゴリ: atom_site / chem_comp_atom / chem_comp_bond
Item: _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id ..._atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id / _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_1 / _chem_comp_bond.atom_id_2
改定 2.12024年1月10日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 2.22024年1月17日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.year

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Serine/threonine-protein phosphatase 2A 65 kDa regulatory subunit A alpha isoform
B: Serine/threonine-protein phosphatase 2A 55 kDa regulatory subunit B alpha isoform
C: Serine/threonine-protein phosphatase 2A catalytic subunit alpha isoform
D: PPP2R1A-PPP2R2A-interacting phosphatase regulator 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)163,7076
ポリマ－163,5864
非ポリマー1212
水0
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

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要素

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Serine/threonine-protein phosphatase 2A ... , 3種, 3分子 ABC

#1: タンパク質 Serine/threonine-protein phosphatase 2A 65 kDa regulatory subunit A alpha isoform / Medium tumor antigen-associated 61 kDa protein / PP2A subunit A isoform PR65-alpha / PP2A subunit A ...Medium tumor antigen-associated 61 kDa protein / PP2A subunit A isoform PR65-alpha / PP2A subunit A isoform R1-alpha


分子量: 64957.980 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PPP2R1A / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P30153
#2: タンパク質 Serine/threonine-protein phosphatase 2A 55 kDa regulatory subunit B alpha isoform / PP2A subunit B isoform B55-alpha / PP2A subunit B isoform PR55-alpha / PP2A subunit B isoform R2- ...PP2A subunit B isoform B55-alpha / PP2A subunit B isoform PR55-alpha / PP2A subunit B isoform R2-alpha / PP2A subunit B isoform alpha


分子量: 52101.340 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PPP2R2A / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P63151
#3: タンパク質 Serine/threonine-protein phosphatase 2A catalytic subunit alpha isoform / PP2A-alpha / Replication protein C / RP-C


分子量: 35845.375 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PPP2CA / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
参照: UniProt: P67775, protein-serine/threonine phosphatase

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タンパク質 , 1種, 1分子 D

#4: タンパク質 PPP2R1A-PPP2R2A-interacting phosphatase regulator 1 / PABIR family member 1


分子量: 10680.907 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PABIR1, C9orf42, FAM122A / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q96E09

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非ポリマー , 2種, 2分子

#5: 化合物 ChemComp-FE / FE (III) ION / 鉄


分子量: 55.845 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe
#6: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: Quadruple complex of PP2A:B55 (PP2Aa:PP2Ac:B55) bound to FAM122A
タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#4 / 由来: MULTIPLE SOURCES
分子量実験値: NO
緩衝液pH: 8
詳細: CHAPSO was added only immediately prior to vitrification
緩衝液成分
ID濃度名称式Buffer-ID
1150 mMsodium chloride塩化ナトリウムNaCl塩化ナトリウム1
21 mMmanganese (II) chlorideMnCl21
320 mMtrisトリスヒドロキシメチルアミノメタンC4H11NO31
40.5 mMTCEPC9H15O6P1
50.075 %CHAPSOCHAPS detergentC32H58N2O8S1
試料濃度: 1.2 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持詳細: Gatan Solarus, 20W power for 35s using room air / グリッドの材料: GOLD / グリッドのサイズ: 300 divisions/in. / グリッドのタイプ: UltrAuFoil R1.2/1.3
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 291 K

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / 倍率（公称値）: 81000 X / 最大 デフォーカス（公称値）: 1900 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 700 nm / Calibrated defocus min: 550 nm / 最大 デフォーカス（補正後）: 2530 nm / Cs: 2.7 mm / C2レンズ絞り径: 50 µm / アライメント法: ZEMLIN TABLEAU
試料ホルダ凍結剤: NITROGEN
試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
撮影電子線照射量: 70 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)
撮影したグリッド数: 1
詳細: Camera was operated in CDS mode, writing super-resolution movies with 59 frames
電子光学装置エネルギーフィルター名称: GIF Bioquantum / エネルギーフィルタースリット幅: 20 eV

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
phenix.real_space_refine1.20.1_4487精密化
PHENIX1.20.1_4487精密化
EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ
1RELION4粒子像選択
2Topaz0.2.5粒子像選択
3EPU3画像取得
5CTFFIND4.1.14CTF補正
6RELION4CTF補正
9UCSF ChimeraX1.4モデルフィッティング
11RELION4初期オイラー角割当
12RELION4最終オイラー角割当
14RELION4３次元再構成
15PHENIX1.20.1-4487モデル精密化
16Coot0.9モデル精密化
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
粒子像の選択選択した粒子像数: 1248538
対称性点対称性: C1 (非対称)
3次元再構成解像度: 2.79961 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 25000 / クラス平均像の数: 1 / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築プロトコル: FLEXIBLE FIT / 空間: REAL / Target criteria: Cross-correlation
詳細: Iterating between manual refinement in Coot and automated real-space refinement in Phenix
原子モデル構築
IDPDB-ID 3D fitting-IDAccession codeInitial refinement model-IDSource nameタイプ
13DW8

3dw8

13DW81PDBexperimental model
21Q96E092AlphaFoldin silico model
精密化交差検証法: NONE
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
原子変位パラメータBiso mean: 78.92 Å2
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.001610965
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.379614849
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.03671676
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.00251920
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d8.07554098

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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