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万見
- PDB-8rj3: Human RAD52 open ring conformation -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8rj3
タイトルHuman RAD52 open ring conformation
要素DNA repair protein RAD52 homologDNA修復
キーワードDNA BINDING PROTEIN (DNA結合タンパク質) / ssDNA binding protein / DNA damage repair (DNA修復) / Single-strand annealing
機能・相同性
機能・相同性情報


double-strand break repair via single-strand annealing / DNA double-strand break processing involved in repair via single-strand annealing / DNA recombinase assembly / mitotic recombination / regulation of nucleotide-excision repair / HDR through MMEJ (alt-NHEJ) / HDR through Single Strand Annealing (SSA) / SUMOylation of DNA damage response and repair proteins / デオキシリボ核酸 / double-strand break repair via homologous recombination ...double-strand break repair via single-strand annealing / DNA double-strand break processing involved in repair via single-strand annealing / DNA recombinase assembly / mitotic recombination / regulation of nucleotide-excision repair / HDR through MMEJ (alt-NHEJ) / HDR through Single Strand Annealing (SSA) / SUMOylation of DNA damage response and repair proteins / デオキシリボ核酸 / double-strand break repair via homologous recombination / double-strand break repair / single-stranded DNA binding / cellular response to oxidative stress / DNA recombination / protein-containing complex / DNA binding / 核質 / identical protein binding / 細胞核
類似検索 - 分子機能
DNA recombination/repair protein Rad52 / DNA repair protein Rad52/59/22 / Rad52 family / DNA repair protein Rad52/59/22 superfamily / Rad52/22 family double-strand break repair protein
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA repair protein RAD52 homolog
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.2 Å
データ登録者Liang, C.C. / West, S.C.
資金援助 英国, European Union, スイス, 8件
組織認可番号国
The Francis Crick InstituteCC2098 英国
Cancer Research UKCC2098 英国
Medical Research Council (MRC, United Kingdom)CC2098 英国
Wellcome TrustCC2098 英国
European Research Council (ERC)ERC-ADG-666400European Union
Biotechnology and Biological Sciences Research Council (BBSRC)BB/W01355X/1 英国
Louis-Jeantet Foundation スイス
Wellcome Trust206175/Z/17/Z 英国
引用ジャーナル: Nature / 年: 2024
タイトル: Mechanism of single-stranded DNA annealing by RAD52-RPA complex.
著者: Chih-Chao Liang / Luke A Greenhough / Laura Masino / Sarah Maslen / Ilirjana Bajrami / Marcel Tuppi / Mark Skehel / Ian A Taylor / Stephen C West /
要旨: RAD52 is important for the repair of DNA double-stranded breaks, mitotic DNA synthesis and alternative telomere length maintenance. Central to these functions, RAD52 promotes the annealing of ...RAD52 is important for the repair of DNA double-stranded breaks, mitotic DNA synthesis and alternative telomere length maintenance. Central to these functions, RAD52 promotes the annealing of complementary single-stranded DNA (ssDNA) and provides an alternative to BRCA2/RAD51-dependent homologous recombination repair. Inactivation of RAD52 in homologous-recombination-deficient BRCA1- or BRCA2-defective cells is synthetically lethal, and aberrant expression of RAD52 is associated with poor cancer prognosis. As a consequence, RAD52 is an attractive therapeutic target against homologous-recombination-deficient breast, ovarian and prostate cancers. Here we describe the structure of RAD52 and define the mechanism of annealing. As reported previously, RAD52 forms undecameric (11-subunit) ring structures, but these rings do not represent the active form of the enzyme. Instead, cryo-electron microscopy and biochemical analyses revealed that ssDNA annealing is driven by RAD52 open rings in association with replication protein-A (RPA). Atomic models of the RAD52-ssDNA complex show that ssDNA sits in a positively charged channel around the ring. Annealing is driven by the RAD52 N-terminal domains, whereas the C-terminal regions modulate the open-ring conformation and RPA interaction. RPA associates with RAD52 at the site of ring opening with critical interactions occurring between the RPA-interacting domain of RAD52 and the winged helix domain of RPA2. Our studies provide structural snapshots throughout the annealing process and define the molecular mechanism of ssDNA annealing by the RAD52-RPA complex.
履歴
登録2023年12月19日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02024年4月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年5月8日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DNA repair protein RAD52 homolog
B: DNA repair protein RAD52 homolog
C: DNA repair protein RAD52 homolog
D: DNA repair protein RAD52 homolog
E: DNA repair protein RAD52 homolog
F: DNA repair protein RAD52 homolog
G: DNA repair protein RAD52 homolog
H: DNA repair protein RAD52 homolog
I: DNA repair protein RAD52 homolog
J: DNA repair protein RAD52 homolog


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)462,32710
ポリマ－462,32710
非ポリマー00
水0
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法, not applicable
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1

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要素

#1: タンパク質
DNA repair protein RAD52 homolog / DNA修復


分子量: 46232.656 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: RAD52 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P43351

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: Open ring conformation of human RAD52 / タイプ: COMPLEX
詳細: Recombinant RAD52 purified from E. coli, and the open ring conformation was separated by cation exchange.
Entity ID: all / 由来: RECOMBINANT
分子量実験値: NO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
由来(組換発現)生物種: Escherichia coli (大腸菌) / 株: BL21 (DE3)
緩衝液pH: 7
緩衝液成分
ID濃度名称式Buffer-ID
125 mMHEPESC8H18N2O4S1
2200 mMpotassium acetateKOAc1
30.25 mMTCEPC9H15O6P1
40.001 %Tween-20C58H114O261
試料濃度: 0.2 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 200 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R2/2
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 277.15 K

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: SPOT SCAN
電子レンズモード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / 倍率（公称値）: 75000 X / 最大 デフォーカス（公称値）: 3000 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1500 nm / Cs: 2.7 mm / C2レンズ絞り径: 50 µm / アライメント法: COMA FREE
試料ホルダ凍結剤: NITROGEN
試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
撮影電子線照射量: 33 e/Å2 / 検出モード: COUNTING
フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON III (4k x 4k)
撮影したグリッド数: 2

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解析

EMソフトウェア
ID名称カテゴリ
1crYOLO粒子像選択
2Topaz粒子像選択
5CTFFINDCTF補正
8UCSF ChimeraXモデルフィッティング
10RELION初期オイラー角割当
11cryoSPARC最終オイラー角割当
12RELION分類
13cryoSPARC３次元再構成
14PHENIXモデル精密化
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
粒子像の選択選択した粒子像数: 3247840
対称性点対称性: C1 (非対称)
3次元再構成解像度: 3.2 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 356878 / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築プロトコル: RIGID BODY FIT / 空間: REAL
原子モデル構築PDB-ID: 8RIL

8ril


Accession code: 8RIL / Source name: PDB / タイプ: experimental model
精密化交差検証法: NONE
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
原子変位パラメータBiso mean: 100.24 Å2
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.00348480
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.478711389
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.03771197
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.00421501
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d6.58341171

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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