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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8r5i | ||||||
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タイトル | In situ structure of the Vaccinia virus (WR) A4/A10 palisade trimer in mature virions by flexible fitting into a cryoET map | ||||||
要素 |
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キーワード | VIRAL PROTEIN (ウイルスタンパク質) / Palisade / A10 / A4 / p4a / Vaccinia (ワクシニアウイルス) | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 virion component / host cell endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment membrane / structural molecule activity / 生体膜 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Vaccinia virus WR (ワクシニアウイルス) | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / サブトモグラム平均法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 9.7 Å | ||||||
データ登録者 | Calcraft, T. / Hernandez-Gonzalez, M. / Nans, A. / Rosenthal, P.B. / Way, M. | ||||||
資金援助 | 英国, 1件
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引用 | ジャーナル: mBio / 年: 2024 タイトル: Palisade structure in intact vaccinia virions. 著者: Miguel Hernandez-Gonzalez / Thomas Calcraft / Andrea Nans / Peter B Rosenthal / Michael Way / 要旨: Vaccinia virus assembly in the cytoplasm of infected cells involves the formation of a biconcave viral core inside the maturing viral particle. The boundary of the core is defined by a ...Vaccinia virus assembly in the cytoplasm of infected cells involves the formation of a biconcave viral core inside the maturing viral particle. The boundary of the core is defined by a pseudohexagonal palisade layer, composed of trimers projecting from an inner wall. To understand the assembly of this complex core architecture, we obtained a subnanometer structure of the palisade trimer by cryo-electron tomography and subtomogram averaging of purified intact virions. Using AlphaFold2 structure predictions, we determined that the palisade is formed from trimers of the proteolytically processed form of the viral protein A10. In addition, we found that each A10 protomer associates with an α-helix (residues 24-66) of A4. Cellular localization assays outside the context of infection demonstrate that the A4 N-terminus is necessary and sufficient to interact with A10. The interaction between A4 and A10 provides insights into how the palisade layer might become tightly associated with the viral membrane during virion maturation. Reconstruction of the palisade layer reveals that, despite local hexagonal ordering, the A10/A4 trimers are widely spaced, suggesting that additional components organize the lattice. This spacing would, however, allow the adoption of the characteristic biconcave shape of the viral core. Finally, we also found that the palisade incorporates multiple copies of a hexameric portal structure. We suggest that these portals are formed by E6, a viral protein that is essential for virion assembly and required to release viral mRNA from the core early in infection.IMPORTANCEPoxviruses such as variola virus (smallpox) and monkeypox cause diseases in humans. Other poxviruses, including vaccinia and modified vaccinia Ankara, are used as vaccine vectors. Given their importance, a greater structural understanding of poxvirus virions is needed. We now performed cryo-electron tomography of purified intact vaccinia virions to study the structure of the palisade, a protein lattice that defines the viral core boundary. We identified the main viral proteins that form the palisade and their interaction surfaces and provided new insights into the organization of the viral core. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 8r5i.cif.gz | 398.3 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb8r5i.ent.gz | 321.1 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 8r5i.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/r5/8r5i ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/r5/8r5i | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | 18918MC M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCSドメイン:
NCSドメイン領域: Auth asym-ID: A / Label asym-ID: A
NCSアンサンブル:
NCS oper:
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 71073.477 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Vaccinia virus WR (ワクシニアウイルス) 遺伝子: OPG136, VACWR129, A10L / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P16715 #2: タンパク質 | 分子量: 30952.350 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Vaccinia virus WR (ワクシニアウイルス) 遺伝子: OPG130, VACWR123, A4L / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P29191 |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: サブトモグラム平均法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: Vaccinia virus WR / タイプ: VIRUS / 詳細: A36-YdF / Entity ID: all / 由来: RECOMBINANT |
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分子量 | 実験値: NO |
由来(天然) | 生物種: Vaccinia virus WR (ワクシニアウイルス) |
由来(組換発現) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
ウイルスについての詳細 | 中空か: NO / エンベロープを持つか: YES / 単離: STRAIN / タイプ: VIRION |
天然宿主 | 生物種: Homo sapiens |
緩衝液 | pH: 7.5 |
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
試料支持 | 詳細: 45mA / グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 300 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R2/2 |
急速凍結 | 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 95 % / 凍結前の試料温度: 295 K |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / 最大 デフォーカス(公称値): 5000 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 2000 nm / Cs: 2.7 mm / アライメント法: ZEMLIN TABLEAU |
試料ホルダ | 凍結剤: NITROGEN 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER |
撮影 | 電子線照射量: 2.4 e/Å2 / Avg electron dose per subtomogram: 98.6 e/Å2 フィルム・検出器のモデル: TFS FALCON 4i (4k x 4k) |
電子光学装置 | エネルギーフィルター名称: TFS Selectris / エネルギーフィルタースリット幅: 10 eV |
-解析
EMソフトウェア |
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CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
対称性 | 点対称性: C3 (3回回転対称) | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 9.7 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 123492 / アルゴリズム: FOURIER SPACE / 対称性のタイプ: POINT | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
EM volume selection | Num. of tomograms: 98 / Num. of volumes extracted: 623174 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | プロトコル: FLEXIBLE FIT / 空間: REAL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | Source name: AlphaFold / タイプ: in silico model | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | 解像度: 9.7→9.7 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.781 / WRfactor Rwork: 0.46 / SU B: 724.519 / SU ML: 4.415 / Average fsc free: 0 / Average fsc overall: 0.8949 / Average fsc work: 0.8949 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions
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溶媒の処理 | 溶媒モデル: NONE | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 424.406 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
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