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- PDB-8qy5: Structure of interleukin 6. -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8qy5
タイトルStructure of interleukin 6.
要素
  • Interleukin-6 receptor subunit alpha
  • Interleukin-6 receptor subunit beta
  • Interleukin-6インターロイキン-6
キーワードIMMUNE SYSTEM (免疫系) / interleukin (インターロイキン) / gp130
機能・相同性
機能・相同性情報


ciliary neurotrophic factor binding / positive regulation of interleukin-21 production / regulation of astrocyte activation / IL-6-type cytokine receptor ligand interactions / glucagon secretion / leukemia inhibitory factor receptor activity / oncostatin-M receptor activity / MAPK3 (ERK1) activation / MAPK1 (ERK2) activation / Interleukin-27 signaling ...ciliary neurotrophic factor binding / positive regulation of interleukin-21 production / regulation of astrocyte activation / IL-6-type cytokine receptor ligand interactions / glucagon secretion / leukemia inhibitory factor receptor activity / oncostatin-M receptor activity / MAPK3 (ERK1) activation / MAPK1 (ERK2) activation / Interleukin-27 signaling / triglyceride mobilization / interleukin-6 receptor activity / interleukin-6 binding / regulation of glucagon secretion / negative regulation of interleukin-1-mediated signaling pathway / Interleukin-6 signaling / hepatic immune response / Interleukin-35 Signalling / regulation of vascular endothelial growth factor production / oncostatin-M receptor complex / negative regulation of primary miRNA processing / oncostatin-M-mediated signaling pathway / ciliary neurotrophic factor receptor activity / ciliary neurotrophic factor receptor binding / negative regulation of interleukin-6-mediated signaling pathway / leukemia inhibitory factor signaling pathway / T follicular helper cell differentiation / interleukin-11 receptor activity / interleukin-11 binding / germinal center B cell differentiation / ciliary neurotrophic factor receptor complex / interleukin-27-mediated signaling pathway / regulation of microglial cell activation / ciliary neurotrophic factor-mediated signaling pathway / interleukin-6 receptor complex / positive regulation of extracellular matrix disassembly / positive regulation of type B pancreatic cell apoptotic process / positive regulation of receptor signaling pathway via STAT / positive regulation of apoptotic DNA fragmentation / response to peptidoglycan / hepatocyte proliferation / neutrophil apoptotic process / regulation of Notch signaling pathway / interleukin-6 receptor binding / negative regulation of collagen biosynthetic process / positive regulation of activation of Janus kinase activity / interleukin-11-mediated signaling pathway / inflammatory response to wounding / T-helper 17 cell lineage commitment / positive regulation of T-helper 2 cell cytokine production / positive regulation of B cell activation / positive regulation of glomerular mesangial cell proliferation / endocrine pancreas development / negative regulation of interleukin-8 production / positive regulation of acute inflammatory response / regulation of neuroinflammatory response / vascular endothelial growth factor production / negative regulation of chemokine production / positive regulation of astrocyte differentiation / positive regulation of neuroinflammatory response / intestinal epithelial cell development / positive regulation of platelet aggregation / positive regulation of cytokine production involved in inflammatory response / neutrophil mediated immunity / cytokine receptor activity / negative regulation of bone resorption / positive regulation of leukocyte chemotaxis / CD163 mediating an anti-inflammatory response / positive regulation of leukocyte adhesion to vascular endothelial cell / negative regulation of fat cell differentiation / maintenance of blood-brain barrier / neuronal cell body membrane / glycogen metabolic process / Interleukin-6 signaling / interleukin-6-mediated signaling pathway / positive regulation of Notch signaling pathway / protein tyrosine kinase activator activity / negative regulation of cytosolic calcium ion concentration / cytokine binding / positive regulation of smooth muscle cell migration / positive regulation of interleukin-17 production / MAPK3 (ERK1) activation / growth factor binding / Interleukin-10 signaling / MAPK1 (ERK2) activation / monocyte chemotaxis / positive regulation of interleukin-10 production / regulation of insulin secretion / 液性免疫 / negative regulation of lipid storage / positive regulation of immunoglobulin production / Transcriptional Regulation by VENTX / positive regulation of vascular endothelial growth factor production / positive regulation of epithelial to mesenchymal transition / positive regulation of osteoblast differentiation / regulation of angiogenesis / coreceptor activity / extrinsic apoptotic signaling pathway / positive regulation of glial cell proliferation / response to glucocorticoid
類似検索 - 分子機能
インターロイキン-6 / Interleukin-6/G-CSF/MGF family / Interleukin-6/GCSF/MGF, conserved site / Interleukin-6 / G-CSF / MGF signature. / Interleukin-6/GCSF/MGF / Interleukin-6 homologues / Type I cytokine receptor, cytokine-binding domain / Interleukin-6 receptor alpha chain, binding / Immunoglobulin C2-set-like, ligand-binding / 免疫グロブリンスーパーファミリー ...インターロイキン-6 / Interleukin-6/G-CSF/MGF family / Interleukin-6/GCSF/MGF, conserved site / Interleukin-6 / G-CSF / MGF signature. / Interleukin-6/GCSF/MGF / Interleukin-6 homologues / Type I cytokine receptor, cytokine-binding domain / Interleukin-6 receptor alpha chain, binding / Immunoglobulin C2-set-like, ligand-binding / 免疫グロブリンスーパーファミリー / Long hematopoietin receptor, soluble alpha chain, conserved site / Long hematopoietin receptor, soluble alpha chains family signature. / Long hematopoietin receptor, Gp130 family 2, conserved site / Long hematopoietin receptor, gp130 family signature. / Four-helical cytokine-like, core / 抗体 / 免疫グロブリンフォールド / フィブロネクチンIII型ドメイン / Fibronectin type 3 domain / Immunoglobulin subtype 2 / Immunoglobulin C-2 Type / Fibronectin type-III domain profile. / Fibronectin type III / Fibronectin type III superfamily / Immunoglobulin subtype / 抗体 / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulin-like fold
類似検索 - ドメイン・相同性
インターロイキン-6 / Interleukin-6 receptor subunit alpha / Interleukin-6 receptor subunit beta
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
Homo sapiens (ヒト)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.1 Å
データ登録者Gardner, S. / Bubeck, D. / Jin, Y.
資金援助 英国, European Union, 4件
組織認可番号国
Wellcome Trust202323/Z/16 英国
European Research Council (ERC)C-206-STGEuropean Union
Engineering and Physical Sciences Research CouncilEP/X035603/1 英国
Biotechnology and Biological Sciences Research Council (BBSRC)BB/M011178/1 英国
引用
ジャーナル: To Be Published
タイトル: Structure of interleukin 6.
著者: Gardner, S. / Bubeck, D. / Jin, Y.
#1: ジャーナル: Acta Crystallogr D Struct Biol / 年: 2019
タイトル: Macromolecular structure determination using X-rays, neutrons and electrons: recent developments in Phenix.
著者: Dorothee Liebschner / Pavel V Afonine / Matthew L Baker / Gábor Bunkóczi / Vincent B Chen / Tristan I Croll / Bradley Hintze / Li Wei Hung / Swati Jain / Airlie J McCoy / Nigel W Moriarty / ...著者: Dorothee Liebschner / Pavel V Afonine / Matthew L Baker / Gábor Bunkóczi / Vincent B Chen / Tristan I Croll / Bradley Hintze / Li Wei Hung / Swati Jain / Airlie J McCoy / Nigel W Moriarty / Robert D Oeffner / Billy K Poon / Michael G Prisant / Randy J Read / Jane S Richardson / David C Richardson / Massimo D Sammito / Oleg V Sobolev / Duncan H Stockwell / Thomas C Terwilliger / Alexandre G Urzhumtsev / Lizbeth L Videau / Christopher J Williams / Paul D Adams /
要旨: Diffraction (X-ray, neutron and electron) and electron cryo-microscopy are powerful methods to determine three-dimensional macromolecular structures, which are required to understand biological ...Diffraction (X-ray, neutron and electron) and electron cryo-microscopy are powerful methods to determine three-dimensional macromolecular structures, which are required to understand biological processes and to develop new therapeutics against diseases. The overall structure-solution workflow is similar for these techniques, but nuances exist because the properties of the reduced experimental data are different. Software tools for structure determination should therefore be tailored for each method. Phenix is a comprehensive software package for macromolecular structure determination that handles data from any of these techniques. Tasks performed with Phenix include data-quality assessment, map improvement, model building, the validation/rebuilding/refinement cycle and deposition. Each tool caters to the type of experimental data. The design of Phenix emphasizes the automation of procedures, where possible, to minimize repetitive and time-consuming manual tasks, while default parameters are chosen to encourage best practice. A graphical user interface provides access to many command-line features of Phenix and streamlines the transition between programs, project tracking and re-running of previous tasks.
履歴
登録2023年10月25日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02024年2月21日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Interleukin-6 receptor subunit beta
B: Interleukin-6
C: Interleukin-6 receptor subunit alpha
E: Interleukin-6
F: Interleukin-6 receptor subunit alpha
D: Interleukin-6 receptor subunit beta
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)360,48918
ポリマ－355,8036
非ポリマー4,68612
水0
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法, not applicable
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
d_1ens_1chain "A"
d_2ens_1chain "D"
d_1ens_2chain "B"
d_2ens_2chain "E"
d_1ens_3chain "C"
d_2ens_3chain "F"

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
d_11ens_1LEULEUTHRTHRAA24 - 60724 - 607
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d_13ens_1NAGNAGNAGNAGGG2
d_14ens_1NAGNAGNAGNAGHH1
d_15ens_1NAGNAGNAGNAGHH2
d_16ens_1NAGNAGNAGNAGII1
d_17ens_1NAGNAGNAGNAGII2
d_18ens_1NAGNAGNAGNAGJJ1
d_19ens_1NAGNAGNAGNAGJJ2
d_110ens_1NAGNAGNAGNAGKK1
d_111ens_1NAGNAGNAGNAGKK2
d_112ens_1NAGNAGNAGNAGAQ1001
d_21ens_1LEULEUTHRTHRDF24 - 60724 - 607
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d_23ens_1NAGNAGNAGNAGLL2
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d_25ens_1NAGNAGNAGNAGMM2
d_26ens_1NAGNAGNAGNAGNN1
d_27ens_1NAGNAGNAGNAGNN2
d_28ens_1NAGNAGNAGNAGOO1
d_29ens_1NAGNAGNAGNAGOO2
d_210ens_1NAGNAGNAGNAGPP1
d_211ens_1NAGNAGNAGNAGPP2
d_212ens_1NAGNAGNAGNAGDR1001
d_11ens_2LEULEUMETMETBB19 - 18447 - 212
d_21ens_2LEULEUMETMETED19 - 18447 - 212
d_11ens_3GLUGLUTRPTRPCC96 - 296115 - 315
d_21ens_3GLUGLUTRPTRPFE96 - 296115 - 315

NCSアンサンブル:
ID
ens_1
ens_2
ens_3

NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(-0.999978426275, 0.00538193729635, -0.00376586454582), (-0.00529415447165, -0.99972272915, -0.022944209479), (-0.00388830467809, -0.0229237774184, 0.999729654214)479.503039458, 486.424513413, 6.82036695045
2given(-0.999895960733, 0.0139406547212, -0.00370484214678), (-0.0139294482609, -0.999898378713, -0.00303359822297), (-0.00374675600134, -0.00298167620264, 0.999988535648)476.680882426, 483.849545274, 1.91267365038
3given(-0.999716553779, -0.00393525507681, -0.023480329362), (0.00376969365206, -0.999967751833, 0.00709117077717), (-0.0235074777303, 0.00700064716307, 0.99969914946)485.854525159, 476.50561787, 5.48713827804

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要素

#1: タンパク質 Interleukin-6 receptor subunit beta /


分子量: 102552.867 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Il6st / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: Q00560
#2: タンパク質 Interleukin-6 / インターロイキン-6


分子量: 23743.189 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: IL6 / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: P05231
#3: タンパク質 Interleukin-6 receptor subunit alpha /


分子量: 51605.348 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: IL6R / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: P08887
#4: 多糖
2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharideオリゴ糖 / 分子量: 424.401 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O]/1-1/a4-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}}}LINUCSPDB-CARE
#5: 糖 ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン / N-アセチルグルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: IL-6 signalling complex / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#3 / 由来: RECOMBINANT
分子量実験値: NO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
由来(組換発現)生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)
緩衝液pH: 7.2
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / 最大 デフォーカス（公称値）: 2250 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 500 nm
撮影電子線照射量: 50 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k)

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解析

EMソフトウェア名称: PHENIX / バージョン: 1.21rc1_4933 / カテゴリ: モデル精密化
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
3次元再構成解像度: 3.1 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 1042507 / 対称性のタイプ: POINT
精密化交差検証法: NONE
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
原子変位パラメータBiso mean: 67.33 Å2
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.003515670
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.733521320
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.05092434
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.00952696
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d7.67341952
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAsym-IDAuth asym-IDRefine-IDタイプRms dev position (Å)
ens_1d_2AAELECTRON MICROSCOPYNCS constraints4.81387268071E-12
ens_2d_2BBELECTRON MICROSCOPYNCS constraints1.51340585689E-12
ens_3d_2CCELECTRON MICROSCOPYNCS constraints5.76613995744E-13

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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