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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8puf | |||||||||||||||
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タイトル | Structure of immature HTLV-1 CA-NTD from in vitro assembled MA126-CANC tubes: axis angle 20 degrees | |||||||||||||||
要素 | Gag protein (Fragment) | |||||||||||||||
キーワード | VIRAL PROTEIN (ウイルスタンパク質) / Retrovirus (レトロウイルス科) / HTLV / immature capsid / CA / CA-NTD | |||||||||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 | |||||||||||||||
生物種 | Human T-cell leukemia virus type I (ウイルス) | |||||||||||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / サブトモグラム平均法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 6.1 Å | |||||||||||||||
データ登録者 | Obr, M. / Percipalle, M. / Chernikova, D. / Yang, H. / Thader, A. / Pinke, G. / Porley, D. / Mansky, L.M. / Dick, R.A. / Schur, F.K.M. | |||||||||||||||
資金援助 | オーストリア, 米国, 4件
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引用 | ジャーナル: bioRxiv / 年: 2023 タイトル: Unconventional stabilization of the human T-cell leukemia virus type 1 immature Gag lattice. 著者: Martin Obr / Mathias Percipalle / Darya Chernikova / Huixin Yang / Andreas Thader / Gergely Pinke / Dario Porley / Louis M Mansky / Robert A Dick / Florian Km Schur / 要旨: Human T-cell leukemia virus type 1 (HTLV-1) has an atypical immature particle morphology compared to other retroviruses. This indicates that these particles are formed in a way that is unique. Here ...Human T-cell leukemia virus type 1 (HTLV-1) has an atypical immature particle morphology compared to other retroviruses. This indicates that these particles are formed in a way that is unique. Here we report the results of cryo-electron tomography (cryo-ET) studies of HTLV-1 virus-like particles (VLPs) assembled , as well as derived from cells. This work shows that HTLV-1 employs an unconventional mechanism of Gag-Gag interactions to form the immature viral lattice. Analysis of high-resolution structural information from immature CA tubular arrays reveals that the primary stabilizing component in HTLV-1 is CA-NTD. Mutagenesis and biophysical analysis support this observation. This distinguishes HTLV-1 from other retroviruses, in which the stabilization is provided primarily by the CA-CTD. These results are the first to provide structural details of the quaternary arrangement of Gag for an immature deltaretrovirus, and this helps explain why HTLV-1 particles are morphologically distinct. | |||||||||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 8puf.cif.gz | 53 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb8puf.ent.gz | 28.2 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 8puf.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pu/8puf ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pu/8puf | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | 17940MC 8pu6C 8pu7C 8pu8C 8pu9C 8puaC 8pubC 8pucC 8pudC 8pueC 8pugC 8puhC C: 同じ文献を引用 (文献) M: このデータのモデリングに利用したマップデータ |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 13969.809 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Human T-cell leukemia virus type I (ウイルス) 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: X5GX59 |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: HELICAL ARRAY / 3次元再構成法: サブトモグラム平均法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: Human T-cell leukemia virus type I / タイプ: VIRUS / Entity ID: all / 由来: RECOMBINANT | |||||||||||||||||||||||||
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由来(天然) | 生物種: Human T-cell leukemia virus type I (ウイルス) | |||||||||||||||||||||||||
由来(組換発現) | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) / 株: BL21 (DE3) | |||||||||||||||||||||||||
ウイルスについての詳細 | 中空か: YES / エンベロープを持つか: NO / 単離: STRAIN / タイプ: VIRUS-LIKE PARTICLE | |||||||||||||||||||||||||
緩衝液 | pH: 8 | |||||||||||||||||||||||||
緩衝液成分 |
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試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES | |||||||||||||||||||||||||
試料支持 | グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 300 divisions/in. / グリッドのタイプ: C-flat-2/2 | |||||||||||||||||||||||||
急速凍結 | 装置: LEICA EM GP / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 95 % / 凍結前の試料温度: 283 K / 詳細: Grids coated with 2nm continuous carbon layer |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company | |||||||||||||||||||||
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EM imaging | 加速電圧: 300 kV / アライメント法: COMA FREE / 凍結剤: NITROGEN / 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 照射モード: FLOOD BEAM / モデル: FEI TITAN KRIOS / モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / Cs: 2.7 mm / 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER / Specimen-ID: 1
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撮影 |
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電子光学装置 |
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画像スキャン |
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-解析
EMソフトウェア |
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画像処理 | 詳細: Datasets (1) and (2) combined during Multiparticle refinement. See Materials and methods for details. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
対称性 | 点対称性: C2 (2回回転対称) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 6.1 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 7700 / アルゴリズム: BACK PROJECTION / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
EM volume selection | Num. of tomograms: 69 / Num. of volumes extracted: 245000 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | プロトコル: RIGID BODY FIT / 空間: REAL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | Chain residue range: 13-125 詳細: rigid body fit derived from refined model deposited in D_1292131146 Source name: Other / タイプ: other |