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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8p60 | ||||||
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タイトル | Spraguea lophii ribosome dimer | ||||||
要素 |
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キーワード | RIBOSOME (リボソーム) / Microsporidia (微胞子虫) | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 translation regulator activity / 90S preribosome / rescue of stalled ribosome / maturation of LSU-rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / maturation of SSU-rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / maturation of LSU-rRNA / ribosomal large subunit biogenesis / positive regulation of apoptotic signaling pathway / protein kinase C binding / ribosomal small subunit biogenesis ...translation regulator activity / 90S preribosome / rescue of stalled ribosome / maturation of LSU-rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / maturation of SSU-rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / maturation of LSU-rRNA / ribosomal large subunit biogenesis / positive regulation of apoptotic signaling pathway / protein kinase C binding / ribosomal small subunit biogenesis / ribosomal small subunit assembly / small ribosomal subunit rRNA binding / ribosome binding / 5S rRNA binding / large ribosomal subunit rRNA binding / small ribosomal subunit / cytosolic small ribosomal subunit / cytosolic large ribosomal subunit / cytoplasmic translation / negative regulation of translation / rRNA binding / リボソーム / structural constituent of ribosome / ribonucleoprotein complex / 翻訳 (生物学) / positive regulation of protein phosphorylation / mRNA binding / 核小体 / RNA binding / zinc ion binding / 生体膜 / 細胞核 / 細胞質基質 / 細胞質 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Spraguea lophii 42_110 (菌類) | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / サブトモグラム平均法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 14.3 Å | ||||||
データ登録者 | Gil Diez, P. / McLaren, M. / Isupov, M.N. / Daum, B. / Conners, R. / Williams, B. | ||||||
資金援助 | 英国, 1件
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引用 | ジャーナル: Nat Microbiol / 年: 2023 タイトル: CryoEM reveals that ribosomes in microsporidian spores are locked in a dimeric hibernating state. 著者: Mathew McLaren / Rebecca Conners / Michail N Isupov / Patricia Gil-Díez / Lavinia Gambelli / Vicki A M Gold / Andreas Walter / Sean R Connell / Bryony Williams / Bertram Daum / 要旨: Translational control is an essential process for the cell to adapt to varying physiological or environmental conditions. To survive adverse conditions such as low nutrient levels, translation can be ...Translational control is an essential process for the cell to adapt to varying physiological or environmental conditions. To survive adverse conditions such as low nutrient levels, translation can be shut down almost entirely by inhibiting ribosomal function. Here we investigated eukaryotic hibernating ribosomes from the microsporidian parasite Spraguea lophii in situ by a combination of electron cryo-tomography and single-particle electron cryo-microscopy. We show that microsporidian spores contain hibernating ribosomes that are locked in a dimeric (100S) state, which is formed by a unique dimerization mechanism involving the beak region. The ribosomes within the dimer are fully assembled, suggesting that they are ready to be activated once the host cell is invaded. This study provides structural evidence for dimerization acting as a mechanism for ribosomal hibernation in microsporidia, and therefore demonstrates that eukaryotes utilize this mechanism in translational control. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 8p60.cif.gz | 7.3 MB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb8p60.ent.gz | 表示 | PDB形式 | |
PDBx/mmJSON形式 | 8p60.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/p6/8p60 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/p6/8p60 | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
-RNA鎖 , 3種, 6分子 L50K50L70K70S60R60
#1: RNA鎖 | 分子量: 849039.812 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 詳細: ...詳細: CCACACACAAGGGAUCGUUUGGCUCCUGGGACGAGGAAGGGCGCAGCAGAGAGCGAUAUGUGUGGGAGCAGCAAGCAAUGACCACACGUCCCCGAAUACAGCAUAGUGCUGGAGUACUCCUUGGAAUUAAGCAUAUGAGUAAAGGAAGGAAAAGAAACUAACGAGGAUUCCCGUAGUAGCGGCGAGUGAACAGGGAACAGUCCAACAGUGUAAUUCUCAAAUGAGAAGUUGUCAAAAGGAAGAAGAUGUGAAUCAGAAAGAAAAGCUGAACGAUACAGGGUGAUAGUCCCGUAGUGUCUUCUUACAUACGGUGAGUAGCUGUGCUCGGUAAUGCACAGUGAAGAGGUGGCAGUGUGCAUCUAAGACUAAAUACAACAGGAGACCGAUAGCAAAGAAGUAGGUUGACCGAAAACAUCUAAGUGAAAUUGUGUGUGGACCCGAAUGGAUCGGGCCCGUCUUGAAACACGGACCAAGGAGUGCACAUACACUGCAAGUUGAGCAGAGGAAGUCUGUGAGGCGUAGUGAAGACGGAAAGCAGUGUGAGUGCGACCCGAUAGACUUGUGAACUAUACCUUGUUGCUGUGAAGGCUGGCGAAAGCCAGCUGGAGGCGGCAAGCCGUAUUGAUCUGCAAAUCAUUGGCGUAAGCAGGGUAUAGGGGCGAAAGACCAAUCGAACAGUCUAGUUGCUGGUUCCCUCCGAAAUGUCUAUCAGGACAGCGCGCACGCAGAGAGAAGCAAGGUAGAGCAUGGGCCGGUAUCCUUAAGGAGACGGACGAACUGCGAAUGUGCUUUUCUUCUAUGCAAGCGUAGUGGGCGAGUUCUGGUAAGCAGGACUGGCGAAGAGGAAUGAACCUGGCACUGUGCUAAGGAACCCAAUGUCUGGACAGAGACCGAAAGAGGUAGGUGAAUAAGGACGGUAGGGCGGUAGCCAUGGAAGUCGGCAUCCGGUAAGAAACGUGUUACAACGUACCUACGGAAUUCAUCUGCUCUGAAAAUUGAUGGCGCUUACCAGACAUCCGAUGCACAGUUAGCAGGUAGGAGGGCGUGUGUCUACUGGCGAAGGUACCGAGUGAUCGGUGGUGGAGGUAGAUGCAGAGCAGAUCUUGGUGGUAGUAGCGAUAAUUUGUCUUCAGCGGCAAAGACUGAGGAGGAGAAGGGUUUCUUCUCAUAAGAAGAGUGAGCCGGGUCUAAGCGAGUGUGUAGAAGCAUGAGCGAAGGAGAAACAGGUUGAUAUUCCUGUGCCUGUGCUGUCGUACGGCAACGUGUAUUAGCUUGUCGACACGAACAUCUAGACAAAGCAGAAACACCUUUUCUGUUCAAGGGGAAAAAGACCACUGAGACGGAUCAUCUGGCGACGUGGUUUUAUAUCUGUGACCAGGCCUGAGCCUGGUUUGUUGAGGAUGGUCGUCCAUGAAAAGACAACUAUAUGGCAGCACAGUCCGUACCAACCGUAUCAGGACUCCAAGGUGAAGAGCCUCUAGUGGAUGUUUUACACAUGUAAGGGAAUUCGGCAAAAUGGAUGCGUAACUUCGGGAGAAGUAUUGGUUCAAUUGUGAACUCAUUGUGACAAGGGGAAUCUGACUGUUUAGUAAAAACAUAGCUUCAUGAAGAGAGAUGAAGUGAGUUCUGCCCGGUGCUCGGUCGUGACACGGAGGAAAUGCCAGAAAGCACGGGUUAACGGCGGGAGUAACUAUGACUCUCUUAAGGUAGCCAAACGCCUCGUCAUUUAAAUGGUGACGCGCAUGAAUGGAAUGACGAGAUUCCCACUGUCCCUACAUGUAGACUAGCGAACCCAUUUCCAGGGGAACGGGCCUGGACGGCCAGCGGGGAAAGAAGACCCUGUUGAGCUUGACUCUAGUGUGGCCAAGUUGUGACGAUUGAGGCGAUGUAGGAAGGUGGAGAGCGCAAGCAGAAGUGAAAGACCACUGCGCCAUGAUCAUCACGACACACUUGUUUAAGGACAAAGGCCAGAUGGGGAGUUUGGCUGGGGCGGUACGACCACAGAAUCAGAACGUGGUCGACCGAAGGUACUCACAGCGAGACGAGAACACUCGUGUAGAGCAUAAGGACUAAAGAGUGCCUGAGUGUGAGCACUACUGCUUGCAUGAGGGGAAACCCGGGCCUAGCGAUCCUACGCAUACGAGACACUUGUGGCGUGGGUGUCAGAAAAGUUACCACAGGGAUAACUGGCUUGUGGCCGCCGAGCGUAGAAAGCGACGCGGCUUUUUGAUUCUUCGAUGUCGGCUCUUCCUAGCAUGGCCAUGCAGCCGUGGCGAAGUGUUGGAUUGUUCACCCACUAACAGGGAACGUGAGCUGGGUUUAGACCGUCGUGAGACAGGUUAGUUUUAUCCUACUGUCCAAACAGUUGAAGGGAGUGUGGAUUAGUACGAAAGGAAACCCACACGUGACCUCUGGUGCAGCGGGUGUGCGGAAGUGCAACUGCCAUGCUACGUCUCCUCAAGCAUAGCUGGAAGCCUCUAAGCUAGAAAUGAGUCCUGACUCUGGAAGACGGCCGGGAAGACGACCCGUAGUUAACAGCGGUGUUGUACGAUAUGAGCUUUCUAUUUGUGUAGUAGCGAGUAUUUGAGACACUGGUUGUUACCACCGUCGUUUAUU 由来: (天然) Spraguea lophii 42_110 (菌類) #2: RNA鎖 | 分子量: 38356.801 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Spraguea lophii 42_110 (菌類) #42: RNA鎖 | 分子量: 444812.531 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Spraguea lophii 42_110 (菌類) |
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+60S ribosomal protein ... , 28種, 56分子 LA0KA0LB0KB0LC0KC0LCCKCCLD0KD0LDDKDDLE0KE0LEEKEELF0KF0LFFKFFLG0KG0LH0KH0LIIKIILJ0KJ0LJJKJJ...
-Ribosomal protein ... , 9種, 18分子 LAAKAALGGKGGLN0KN0LO0KO0LV0KV0LW0KW0SV0RV0SX0RX0SP0RP0
#4: タンパク質 | 分子量: 16609.498 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Spraguea lophii 42_110 (菌類) #15: タンパク質 | 分子量: 12020.348 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Spraguea lophii 42_110 (菌類) / 参照: UniProt: S7W7C6 #26: タンパク質 | 分子量: 24200.426 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Spraguea lophii 42_110 (菌類) / 参照: UniProt: S7W7A2 #27: タンパク質 | 分子量: 22885.139 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Spraguea lophii 42_110 (菌類) / 参照: UniProt: S7XUD8 #36: タンパク質 | 分子量: 15239.987 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Spraguea lophii 42_110 (菌類) / 参照: UniProt: S7XLC4 #37: タンパク質 | 分子量: 15342.161 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Spraguea lophii 42_110 (菌類) / 参照: UniProt: S7XSY2 #70: タンパク質 | 分子量: 7768.887 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Spraguea lophii 42_110 (菌類) / 参照: UniProt: S7WAC1 #72: タンパク質 | 分子量: 15822.722 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Spraguea lophii 42_110 (菌類) #75: タンパク質 | 分子量: 18514.629 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Spraguea lophii 42_110 (菌類) / 参照: UniProt: S7XKY9 |
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-タンパク質 , 7種, 14分子 LHHKHHLI0KI0LM0KM0LMMKMMMD1MD2SFFRFFSGGRGG
#17: タンパク質 | 分子量: 14183.866 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Spraguea lophii 42_110 (菌類) #18: タンパク質 | 分子量: 25142.328 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Spraguea lophii 42_110 (菌類) / 参照: UniProt: S7WBF8 #24: タンパク質 | 分子量: 13258.343 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 詳細: MYFIKPGCLIKKKFSIYTSIVISVIDNNSVVIQSYDKSDNGDVISIDREVINVSKIVPIGNIDIKNKSKKEIDGILVEENRNLKNKDDVLLMNDFERFKEQLKKEVEDMVIEEMA 由来: (天然) Spraguea lophii 42_110 (菌類) / 参照: UniProt: S7XVN9 #25: タンパク質 | 分子量: 14563.868 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Spraguea lophii 42_110 (菌類) / 参照: UniProt: S7XSQ3 #41: タンパク質 | 分子量: 17595.088 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Spraguea lophii 42_110 (菌類) / 参照: UniProt: S7W5K5 #54: タンパク質 | 分子量: 16937.791 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Spraguea lophii 42_110 (菌類) / 参照: UniProt: S7W9X5 #56: タンパク質 | 分子量: 36182.824 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Spraguea lophii 42_110 (菌類) / 参照: UniProt: S7XVG3 |
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+40S ribosomal protein ... , 28種, 56分子 SA0RA0SAARAASB0RB0SBBRBBSC0RC0SCCRCCSD0RD0SDDRDDSE0RE0SEEREESF0RF0SG0RG0SH0RH0SI0RI0SJ0RJ0...
-非ポリマー , 1種, 18分子
#76: 化合物 | ChemComp-ZN / |
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-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: サブトモグラム平均法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: Ribosomeリボソーム / タイプ: RIBOSOME / Entity ID: #1-#75 / 由来: NATURAL |
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由来(天然) | 生物種: Spraguea lophii 42_110 (菌類) |
緩衝液 | pH: 7.5 |
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
試料支持 | 詳細: 20 mA, Carbon coated grid / グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 300 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil |
急速凍結 | 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 288.15 K / 詳細: blot force -1 and blot time 4 s |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company | ||||||||||||||||||
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS | ||||||||||||||||||
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM | ||||||||||||||||||
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / 最大 デフォーカス(公称値): 6000 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 2500 nm / Cs: 2.7 mm | ||||||||||||||||||
試料ホルダ | 凍結剤: NITROGEN 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER | ||||||||||||||||||
撮影 |
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-解析
EMソフトウェア |
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CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
対称性 | 点対称性: C2 (2回回転対称) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 14.3 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 1344 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
EM volume selection | Num. of tomograms: 20 / Num. of volumes extracted: 6505 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | プロトコル: RIGID BODY FIT / 空間: RECIPROCAL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | 最高解像度: 14.3 Å |