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- PDB-8p5d: Spraguea lophii ribosome in the closed conformation by cryo sub t... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8p5d
タイトルSpraguea lophii ribosome in the closed conformation by cryo sub tomogram averaging
要素
  • (40S ribosomal protein ...) x 23
  • (60S ribosomal protein ...) x 27
  • (Ribosomal protein ...) x 7
  • DNL-type domain-containing protein
  • Guanine nucleotide binding protein beta subunit
  • RNA 16S
  • RNA 28S
  • RNA 5S
  • Ribosomal L29 protein (Fragment),Ribosomal L29 protein (Fragment),Ribosomal L29 protein (Fragment),Ribosomal L29 protein
  • S60 ribosomal protein L10
  • Transposase
  • Ubiquitin/40s ribosomal protein S27a fusion
  • Ubiquitinユビキチン
  • eL37
  • eS1
  • eS17
  • eS27
  • eS28
  • eS30
  • uL15
  • uS12
キーワードRIBOSOME (リボソーム) / Microsporidia (微胞子虫)
機能・相同性
機能・相同性情報


translation regulator activity / 90S preribosome / rescue of stalled ribosome / maturation of LSU-rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / maturation of SSU-rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / maturation of LSU-rRNA / ribosomal large subunit biogenesis / positive regulation of apoptotic signaling pathway / protein kinase C binding / ribosomal small subunit biogenesis ...translation regulator activity / 90S preribosome / rescue of stalled ribosome / maturation of LSU-rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / maturation of SSU-rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / maturation of LSU-rRNA / ribosomal large subunit biogenesis / positive regulation of apoptotic signaling pathway / protein kinase C binding / ribosomal small subunit biogenesis / ribosomal small subunit assembly / small ribosomal subunit rRNA binding / ribosome binding / 5S rRNA binding / large ribosomal subunit rRNA binding / small ribosomal subunit / cytosolic small ribosomal subunit / cytosolic large ribosomal subunit / cytoplasmic translation / negative regulation of translation / rRNA binding / リボソーム / structural constituent of ribosome / ribonucleoprotein complex / 翻訳 (生物学) / positive regulation of protein phosphorylation / mRNA binding / 核小体 / RNA binding / zinc ion binding / 生体膜 / 細胞核 / 細胞質基質 / 細胞質
類似検索 - 分子機能
CXXC motif containing zinc binding protein, eukaryotic / CXXC motif containing zinc binding protein, eukaryotic / Ribosomal protein S26e / Ribosomal protein S26e superfamily / Ribosomal protein S26e / Ribosomal protein S21e / Ribosomal protein S21e superfamily / Ribosomal protein S21e / Ribosomal protein S2, eukaryotic/archaeal / Ribosomal protein S19e ...CXXC motif containing zinc binding protein, eukaryotic / CXXC motif containing zinc binding protein, eukaryotic / Ribosomal protein S26e / Ribosomal protein S26e superfamily / Ribosomal protein S26e / Ribosomal protein S21e / Ribosomal protein S21e superfamily / Ribosomal protein S21e / Ribosomal protein S2, eukaryotic/archaeal / Ribosomal protein S19e / Ribosomal_S19e / Ribosomal protein S5, eukaryotic/archaeal / Ribosomal protein S4e, N-terminal, conserved site / 40S ribosomal protein S4, C-terminal domain / Small (40S) ribosomal subunit Asc1/RACK1 / Ribosomal protein S19e / Ribosomal protein L22e / Ribosomal protein L22e superfamily / Ribosomal L22e protein family / 40S ribosomal protein S4 C-terminus / Ribosomal protein S4e, N-terminal / Ribosomal protein L34e, conserved site / 40S Ribosomal protein S10 / S27a-like superfamily / Ribosomal protein S8e / Ribosomal protein S4, KOW domain / Ribosomal protein S4e / Ribosomal protein S4e, central region / Ribosomal protein S4e, central domain superfamily / Plectin/S10, N-terminal / Plectin/S10 domain / Ribosomal protein L30/YlxQ / Ribosomal protein S25 / S25 ribosomal protein / RS4NT (NUC023) domain / Ribosomal protein L13e / Ribosomal protein L13e / Ribosomal protein S27a / Ribosomal protein S27a / Ribosomal protein S27a / 60S ribosomal protein L6E / Ribosomal protein L34Ae / 40S ribosomal protein S29/30S ribosomal protein S14 type Z / Ribosomal protein L44e signature. / Ribosomal family S4e / Ribosomal protein L10e, conserved site / Ribosomal protein L10e signature. / Ribosomal protein L32e, conserved site / Ribosomal protein L10e / Ribosomal protein L7A/L8 / Ribosomal protein L34e / 60S ribosomal protein L18a/ L20, eukaryotes / Ribosomal protein S4e signature. / Ribosomal protein S19A/S15e / Ribosomal protein L44e / Ribosomal protein L44 / Ribosomal protein L34e signature. / Ribosomal protein L5 eukaryotic, C-terminal / Ribosomal L18 C-terminal region / 50S ribosomal protein L18Ae/60S ribosomal protein L20 and L18a / Ribosomal L40e family / Ribosomal protein 50S-L18Ae/60S-L20/60S-L18A / Ribosomal proteins 50S-L18Ae/60S-L20/60S-L18A / Ribosomal_L40e / Ribosomal protein L40e / Ribosomal protein L40e superfamily / Ribosomal protein 60S L18 and 50S L18e / 40S ribosomal protein S11, N-terminal / Ribosomal_S17 N-terminal / Ribosomal protein S7e / Ribosomal protein S7e / Ribosomal protein L27e / Ribosomal protein L27e superfamily / Ribosomal L27e protein family / 60S ribosomal protein L19 / Ribosomal protein L32e / Ribosomal protein S24e / Ribosomal protein L32e superfamily / Ribosomal protein S24e / Ribosomal_L32e / Ribosomal protein L24e-related / Ribosomal protein L22/L17, eukaryotic/archaeal / Ribosomal protein L24e/L24 superfamily / Ribosomal protein L13, eukaryotic/archaeal / Ribosomal protein L4, eukaryotic and archaeal type / Ribosomal protein L18e / Ribosomal_L19e / Ribosomal protein S5/S7, eukaryotic/archaeal / Ribosomal protein S6e / Ribosomal protein S6e / Ribosomal protein L19/L19e / Ribosomal protein L37ae / Ribosomal protein L19/L19e, domain 1 / Ribosomal protein L19/L19e superfamily / Ribosomal protein L24e / Ribosomal protein L19e / Ribosomal L37ae protein family / Ribosomal protein L36e / Ribosomal protein L36e domain superfamily / Ribosomal protein L36e
類似検索 - ドメイン・相同性
リボ核酸 / RNA (> 10) / RNA (> 100) / RNA (> 1000) / 40S ribosomal protein S5 / Uncharacterized protein / 60S ribosomal protein L6 / 60S ribosomal protein L35a / 40S ribosomal protein S14 / 60S ribosomal protein L37a ...リボ核酸 / RNA (> 10) / RNA (> 100) / RNA (> 1000) / 40S ribosomal protein S5 / Uncharacterized protein / 60S ribosomal protein L6 / 60S ribosomal protein L35a / 40S ribosomal protein S14 / 60S ribosomal protein L37a / 60S ribosomal protein L8 / Ribosomal protein L15 / Ribosomal protein L34 / 40S ribosomal protein S12 / 40S Ribosomal protein S19 / 40S ribosomal protein S2 / Ribosomal L29 protein / 60S ribosomal protein L26 / 40S ribosomal protein S9 / 60s ribosomal protein L21 / 40s ribosomal protein s24 / 40S ribosomal protein S11 / 40S ribosomal protein S0 / 60S ribosomal protein L7 / Large ribosomal subunit protein eL22 / 40S ribosomal protein S20 / 40S ribosomal protein S26 / Ubiquitin/40s ribosomal protein S27a fusion / Ribosomal protein S21E / 60S ribosomal protein L20 / 60S ribosomal protein L18 / 40S ribosomal protein S25 / 40S ribosomal protein S3 / 60S ribosomal protein L3 / 60S ribosomal protein L11 / S60 ribosomal protein L10 / 60S ribosomal protein L19 / 60S ribosomal protein L4 / 40S ribosomal protein S6 / 60S ribosomal protein L17 / 40S ribosomal protein S16 / 60S ribosomal protein L36 / 60S ribosomal protein L3 / 60S ribosomal protein L23a / 40S ribosomal protein S4 / 40S ribosomal protein S8 / 60S ribosomal protein L5 / 40S ribosomal protein S18 / 40S ribosomal protein S29 / 40S ribosomal protein S15A / 60S ribosomal protein L32 / Ribosomal protein S19 / 60S ribosomal protein L44 / Ribosomal protein L23 / 60S ribosomal protein L9 / ユビキチン / Ribosomal protein L24E / 60S ribosomal protein L39 / 60S ribosomal protein L27 / 40S ribosomal protein S10 / 60S ribosomal protein L8 / Ribosomal protein L13A / 40S ribosomal protein S7 / Guanine nucleotide binding protein beta subunit / 60S ribosomal protein L13 / Uncharacterized protein / 40S ribosomal protein S13 / 60S ribosomal protein L31
類似検索 - 構成要素
生物種Spraguea lophii 42_110 (菌類)
手法電子顕微鏡法 / サブトモグラム平均法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 10.8 Å
データ登録者Gil Diez, P. / McLaren, M. / Isupov, M.N. / Daum, B. / Conners, R. / Williams, B.
資金援助 英国, 1件
組織認可番号国
Wellcome Trust212439/Z/18/Z 英国
引用ジャーナル: Nat Microbiol / 年: 2023
タイトル: CryoEM reveals that ribosomes in microsporidian spores are locked in a dimeric hibernating state.
著者: Mathew McLaren / Rebecca Conners / Michail N Isupov / Patricia Gil-Díez / Lavinia Gambelli / Vicki A M Gold / Andreas Walter / Sean R Connell / Bryony Williams / Bertram Daum /
要旨: Translational control is an essential process for the cell to adapt to varying physiological or environmental conditions. To survive adverse conditions such as low nutrient levels, translation can be ...Translational control is an essential process for the cell to adapt to varying physiological or environmental conditions. To survive adverse conditions such as low nutrient levels, translation can be shut down almost entirely by inhibiting ribosomal function. Here we investigated eukaryotic hibernating ribosomes from the microsporidian parasite Spraguea lophii in situ by a combination of electron cryo-tomography and single-particle electron cryo-microscopy. We show that microsporidian spores contain hibernating ribosomes that are locked in a dimeric (100S) state, which is formed by a unique dimerization mechanism involving the beak region. The ribosomes within the dimer are fully assembled, suggesting that they are ready to be activated once the host cell is invaded. This study provides structural evidence for dimerization acting as a mechanism for ribosomal hibernation in microsporidia, and therefore demonstrates that eukaryotes utilize this mechanism in translational control.
履歴
登録2023年5月23日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02023年6月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年8月2日Group: Data processing / Refinement description / カテゴリ: em_3d_reconstruction / refine
Item: _em_3d_reconstruction.resolution / _refine.ls_d_res_high
改定 1.22023年9月6日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / em_obsolete
改定 1.32023年12月20日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
L50: RNA 28S
L70: RNA 5S
LA0: 60S ribosomal protein L8
LAA: uL15
LB0: 60S ribosomal protein L3
LC0: 60S ribosomal protein L4
LCC: 60S ribosomal protein L3
LD0: 60S ribosomal protein L5
LDD: 60S ribosomal protein L31
LE0: 60S ribosomal protein L6
LEE: 60S ribosomal protein L32
LF0: 60S ribosomal protein L7
LFF: 60S ribosomal protein L35a
LG0: 60S ribosomal protein L8
LGG: Ribosomal protein L34
LH0: 60S ribosomal protein L9
LHH: Ribosomal L29 protein (Fragment),Ribosomal L29 protein (Fragment),Ribosomal L29 protein (Fragment),Ribosomal L29 protein
LI0: S60 ribosomal protein L10
LII: 60S ribosomal protein L36
LJ0: 60S ribosomal protein L11
LJJ: eL37
LL0: 60S ribosomal protein L13
LLL: 60S ribosomal protein L39
LM0: Transposase
LMM: Ubiquitin
LN0: Ribosomal protein L15
LO0: Ribosomal protein L13A
LOO: 60S ribosomal protein L44
LP0: 60S ribosomal protein L17
LPP: 60S ribosomal protein L37a
LQ0: 60S ribosomal protein L18
LR0: 60S ribosomal protein L19
LS0: 60S ribosomal protein L20
LT0: 60s ribosomal protein L21
LU0: 60S ribosomal protein L22
LV0: Ribosomal protein L23
LW0: Ribosomal protein L24E
LX0: 60S ribosomal protein L23a
LY0: 60S ribosomal protein L26
LZ0: 60S ribosomal protein L27
MD1: DNL-type domain-containing protein
S60: RNA 16S
SA0: 40S ribosomal protein S0
SAA: 40S ribosomal protein S26
SB0: eS1
SBB: eS27
SC0: 40S ribosomal protein S2
SCC: eS28
SD0: 40S ribosomal protein S3
SDD: 40S ribosomal protein S29
SE0: 40S ribosomal protein S4
SEE: eS30
SF0: 40S ribosomal protein S5
SFF: Ubiquitin/40s ribosomal protein S27a fusion
SG0: 40S ribosomal protein S6
SGG: Guanine nucleotide binding protein beta subunit
SH0: 40S ribosomal protein S7
SI0: 40S ribosomal protein S8
SJ0: 40S ribosomal protein S9
SK0: 40S ribosomal protein S10
SL0: 40S ribosomal protein S11
SM0: 40S ribosomal protein S12
SN0: 40S ribosomal protein S13
SO0: 40S ribosomal protein S14
SP0: Ribosomal protein S19
SQ0: 40S ribosomal protein S16
SR0: eS17
SS0: 40S ribosomal protein S18
ST0: 40S Ribosomal protein S19
SU0: 40S ribosomal protein S20
SV0: Ribosomal protein S21E
SW0: 40S ribosomal protein S15A
SX0: uS12
SY0: 40s ribosomal protein s24
SZ0: 40S ribosomal protein S25
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)2,647,09984
ポリマ－2,646,51075
非ポリマー5899
水0
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法, not applicable
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1

-
要素

-
RNA鎖 , 3種, 3分子 L50L70S60

#1: RNA鎖 RNA 28S


分子量: 849039.812 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Spraguea lophii 42_110 (菌類)
#2: RNA鎖 RNA 5S


分子量: 38356.801 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Spraguea lophii 42_110 (菌類)
#42: RNA鎖 RNA 16S


分子量: 444812.531 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Spraguea lophii 42_110 (菌類)

+
60S ribosomal protein ... , 27種, 27分子 LA0LB0LC0LCCLD0LDDLE0LEELF0LFFLG0LH0LIILJ0LL0LLLLOOLP0LPPLQ0LR0LS0LT0LU0LX0LY0LZ0

#3: タンパク質 60S ribosomal protein L8 /


分子量: 27005.500 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Spraguea lophii 42_110 (菌類) / 参照: UniProt: S7W736
#5: タンパク質 60S ribosomal protein L3 /


分子量: 44320.641 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Spraguea lophii 42_110 (菌類) / 参照: UniProt: S7XFB1
#6: タンパク質 60S ribosomal protein L4 /


分子量: 37241.633 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Spraguea lophii 42_110 (菌類) / 参照: UniProt: S7WCM8
#7: タンパク質 60S ribosomal protein L3 /


分子量: 12484.438 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Spraguea lophii 42_110 (菌類) / 参照: UniProt: S7WAY0
#8: タンパク質 60S ribosomal protein L5 /


分子量: 33892.250 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Spraguea lophii 42_110 (菌類) / 参照: UniProt: S7XIG7
#9: タンパク質 60S ribosomal protein L31 /


分子量: 12854.213 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Spraguea lophii 42_110 (菌類) / 参照: UniProt: S7XW48
#10: タンパク質 60S ribosomal protein L6 /


分子量: 20220.115 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Spraguea lophii 42_110 (菌類) / 参照: UniProt: S7W5S3
#11: タンパク質 60S ribosomal protein L32 /


分子量: 16075.998 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Spraguea lophii 42_110 (菌類) / 参照: UniProt: S7XKE0
#12: タンパク質 60S ribosomal protein L7 /


分子量: 27935.564 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Spraguea lophii 42_110 (菌類) / 参照: UniProt: S7W946
#13: タンパク質 60S ribosomal protein L35a /


分子量: 12757.991 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Spraguea lophii 42_110 (菌類) / 参照: UniProt: S7W662
#14: タンパク質 60S ribosomal protein L8 /


分子量: 23604.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Spraguea lophii 42_110 (菌類) / 参照: UniProt: S7XU63
#16: タンパク質 60S ribosomal protein L9 /


分子量: 21538.230 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Spraguea lophii 42_110 (菌類) / 参照: UniProt: S7XRZ9
#19: タンパク質 60S ribosomal protein L36 /


分子量: 11350.697 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Spraguea lophii 42_110 (菌類) / 参照: UniProt: S7WED1
#20: タンパク質 60S ribosomal protein L11 /


分子量: 19484.965 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Spraguea lophii 42_110 (菌類) / 参照: UniProt: S7WB69
#22: タンパク質 60S ribosomal protein L13 /


分子量: 19513.141 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Spraguea lophii 42_110 (菌類) / 参照: UniProt: S7XVM9
#23: タンパク質 60S ribosomal protein L39 /


分子量: 6227.581 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Spraguea lophii 42_110 (菌類) / 参照: UniProt: S7XTP1
#28: タンパク質 60S ribosomal protein L44 /


分子量: 11990.510 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Spraguea lophii 42_110 (菌類) / 参照: UniProt: S7XL20
#29: タンパク質 60S ribosomal protein L17 /


分子量: 19114.490 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Spraguea lophii 42_110 (菌類) / 参照: UniProt: S7WDR4
#30: タンパク質 60S ribosomal protein L37a /


分子量: 10151.127 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Spraguea lophii 42_110 (菌類) / 参照: UniProt: S7W6N9
#31: タンパク質 60S ribosomal protein L18 /


分子量: 21378.133 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Spraguea lophii 42_110 (菌類) / 参照: UniProt: S7WAI2
#32: タンパク質 60S ribosomal protein L19 /


分子量: 19549.994 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Spraguea lophii 42_110 (菌類) / 参照: UniProt: S7WBY9
#33: タンパク質 60S ribosomal protein L20 /


分子量: 20043.385 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Spraguea lophii 42_110 (菌類) / 参照: UniProt: S7WAG4
#34: タンパク質 60s ribosomal protein L21 /


分子量: 18344.420 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Spraguea lophii 42_110 (菌類) / 参照: UniProt: S7W8F6
#35: タンパク質 60S ribosomal protein L22 /


分子量: 12854.773 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Spraguea lophii 42_110 (菌類) / 参照: UniProt: S7W958
#38: タンパク質 60S ribosomal protein L23a /


分子量: 12557.947 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Spraguea lophii 42_110 (菌類) / 参照: UniProt: S7XFW8
#39: タンパク質 60S ribosomal protein L26 /


分子量: 15026.874 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Spraguea lophii 42_110 (菌類) / 参照: UniProt: S7W884
#40: タンパク質 60S ribosomal protein L27 /


分子量: 18247.842 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Spraguea lophii 42_110 (菌類) / 参照: UniProt: S7XU08

-
タンパク質 , 15種, 15分子 LAALHHLI0LJJLM0LMMMD1SB0SBBSCCSEESFFSGGSR0SX0

#4: タンパク質 uL15


分子量: 16609.498 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Spraguea lophii 42_110 (菌類)
#17: タンパク質 Ribosomal L29 protein (Fragment),Ribosomal L29 protein (Fragment),Ribosomal L29 protein (Fragment),Ribosomal L29 protein


分子量: 14183.866 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Spraguea lophii 42_110 (菌類) / 参照: UniProt: S7W7Y2
#18: タンパク質 S60 ribosomal protein L10


分子量: 25142.328 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Spraguea lophii 42_110 (菌類) / 参照: UniProt: S7WBF8
#21: タンパク質 eL37


分子量: 10517.657 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Spraguea lophii 42_110 (菌類)
#24: タンパク質 Transposase /


分子量: 13258.343 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Spraguea lophii 42_110 (菌類) / 参照: UniProt: S7XVN9
#25: タンパク質 Ubiquitin / ユビキチン


分子量: 14563.868 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Spraguea lophii 42_110 (菌類) / 参照: UniProt: S7XSQ3
#41: タンパク質 DNL-type domain-containing protein


分子量: 17595.088 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Spraguea lophii 42_110 (菌類) / 参照: UniProt: S7W5K5
#45: タンパク質 eS1


分子量: 25934.658 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Spraguea lophii 42_110 (菌類)
#46: タンパク質 eS27


分子量: 9189.923 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Spraguea lophii 42_110 (菌類)
#48: タンパク質 eS28


分子量: 7288.479 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Spraguea lophii 42_110 (菌類)
#52: タンパク質 eS30


分子量: 6816.010 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Spraguea lophii 42_110 (菌類)
#54: タンパク質 Ubiquitin/40s ribosomal protein S27a fusion


分子量: 16937.791 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Spraguea lophii 42_110 (菌類) / 参照: UniProt: S7W9X5
#56: タンパク質 Guanine nucleotide binding protein beta subunit


分子量: 36182.824 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Spraguea lophii 42_110 (菌類) / 参照: UniProt: S7XVG3
#67: タンパク質 eS17


分子量: 14055.251 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Spraguea lophii 42_110 (菌類)
#73: タンパク質 uS12


分子量: 15822.722 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Spraguea lophii 42_110 (菌類)

-
Ribosomal protein ... , 7種, 7分子 LGGLN0LO0LV0LW0SP0SV0

#15: タンパク質 Ribosomal protein L34 /


分子量: 12020.348 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Spraguea lophii 42_110 (菌類) / 参照: UniProt: S7W7C6
#26: タンパク質 Ribosomal protein L15 /


分子量: 24200.426 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Spraguea lophii 42_110 (菌類) / 参照: UniProt: S7W7A2
#27: タンパク質 Ribosomal protein L13A / リボソーム


分子量: 22885.139 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Spraguea lophii 42_110 (菌類) / 参照: UniProt: S7XUD8
#36: タンパク質 Ribosomal protein L23 /


分子量: 15239.987 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Spraguea lophii 42_110 (菌類) / 参照: UniProt: S7XLC4
#37: タンパク質 Ribosomal protein L24E / リボソーム


分子量: 15342.161 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Spraguea lophii 42_110 (菌類) / 参照: UniProt: S7XSY2
#65: タンパク質 Ribosomal protein S19 / 40S ribosomal protein S19


分子量: 18514.629 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Spraguea lophii 42_110 (菌類) / 参照: UniProt: S7XKY9
#71: タンパク質 Ribosomal protein S21E / リボソーム


分子量: 7768.887 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Spraguea lophii 42_110 (菌類) / 参照: UniProt: S7WAC1

+
40S ribosomal protein ... , 23種, 23分子 SA0SAASC0SD0SDDSE0SF0SG0SH0SI0SJ0SK0SL0SM0SN0SO0SQ0SS0ST0SU0SW0SY0SZ0

#43: タンパク質 40S ribosomal protein S0 /


分子量: 26201.186 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Spraguea lophii 42_110 (菌類) / 参照: UniProt: S7W8R1
#44: タンパク質 40S ribosomal protein S26 /


分子量: 11974.061 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Spraguea lophii 42_110 (菌類) / 参照: UniProt: S7W9M7
#47: タンパク質 40S ribosomal protein S2 /


分子量: 27241.541 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Spraguea lophii 42_110 (菌類) / 参照: UniProt: S7W7R5
#49: タンパク質 40S ribosomal protein S3 /


分子量: 27516.459 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Spraguea lophii 42_110 (菌類) / 参照: UniProt: S7WAW0
#50: タンパク質 40S ribosomal protein S29 /


分子量: 7891.175 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Spraguea lophii 42_110 (菌類) / 参照: UniProt: S7XJB1
#51: タンパク質 40S ribosomal protein S4 /


分子量: 31442.154 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Spraguea lophii 42_110 (菌類) / 参照: UniProt: S7XG51
#53: タンパク質 40S ribosomal protein S5 /


分子量: 21982.785 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Spraguea lophii 42_110 (菌類) / 参照: UniProt: S7W4M9
#55: タンパク質 40S ribosomal protein S6 /


分子量: 26194.869 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Spraguea lophii 42_110 (菌類) / 参照: UniProt: S7WDE5
#57: タンパク質 40S ribosomal protein S7 /


分子量: 19132.023 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Spraguea lophii 42_110 (菌類) / 参照: UniProt: S7XV29
#58: タンパク質 40S ribosomal protein S8 /


分子量: 19912.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Spraguea lophii 42_110 (菌類) / 参照: UniProt: S7XGW2
#59: タンパク質 40S ribosomal protein S9 /


分子量: 21365.959 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Spraguea lophii 42_110 (菌類) / 参照: UniProt: S7W8E3
#60: タンパク質 40S ribosomal protein S10 /


分子量: 12702.538 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Spraguea lophii 42_110 (菌類) / 参照: UniProt: S7XU48
#61: タンパク質 40S ribosomal protein S11 /


分子量: 18109.406 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Spraguea lophii 42_110 (菌類) / 参照: UniProt: S7W8R0
#62: タンパク質 40S ribosomal protein S12 /


分子量: 14343.721 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Spraguea lophii 42_110 (菌類) / 参照: UniProt: S7W7D2
#63: タンパク質 40S ribosomal protein S13 /


分子量: 16191.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Spraguea lophii 42_110 (菌類) / 参照: UniProt: S7XVZ9
#64: タンパク質 40S ribosomal protein S14 /


分子量: 14708.000 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Spraguea lophii 42_110 (菌類) / 参照: UniProt: S7W6I0
#66: タンパク質 40S ribosomal protein S16 /


分子量: 16415.074 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Spraguea lophii 42_110 (菌類) / 参照: UniProt: S7WDU9
#68: タンパク質 40S ribosomal protein S18 /


分子量: 18171.129 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Spraguea lophii 42_110 (菌類) / 参照: UniProt: S7XJA1
#69: タンパク質 40S Ribosomal protein S19 /


分子量: 16603.318 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Spraguea lophii 42_110 (菌類) / 参照: UniProt: S7W7P5
#70: タンパク質 40S ribosomal protein S20 /


分子量: 13777.075 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Spraguea lophii 42_110 (菌類) / 参照: UniProt: S7W986
#72: タンパク質 40S ribosomal protein S15A /


分子量: 14620.056 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Spraguea lophii 42_110 (菌類) / 参照: UniProt: S7XK92
#74: タンパク質 40s ribosomal protein s24 /


分子量: 17189.895 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Spraguea lophii 42_110 (菌類) / 参照: UniProt: S7W8J5
#75: タンパク質 40S ribosomal protein S25 /


分子量: 14777.071 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Spraguea lophii 42_110 (菌類) / 参照: UniProt: S7WAV8

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非ポリマー , 1種, 9分子

#76: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: サブトモグラム平均法

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試料調製

構成要素名称: Ribosomeリボソーム / タイプ: RIBOSOME / Entity ID: #1-#64, #66-#75, #65 / 由来: NATURAL
由来(天然)生物種: Spraguea lophii 42_110 (菌類)
緩衝液pH: 7.5
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持詳細: 20 mA, Carbon coated grid / グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 300 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 288.15 K / 詳細: blot force -1 and blot time 4 s

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / 最大 デフォーカス（公称値）: 6000 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 2500 nm / Cs: 2.7 mm
試料ホルダ凍結剤: NITROGEN
試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
撮影
IDImaging-ID電子線照射量 (e/Å2)Avg electron dose per subtomogram (e/Å2)検出モードフィルム・検出器のモデル
111.98120COUNTINGGATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
211.98120GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)

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解析

EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ
1IMOD4.12.10volume selection
2Warp1.1.0volume selection
3SerialEM画像取得
5Warp1.1.0CTF補正
12RELION3.1最終オイラー角割当
14RELION3.1３次元再構成
15Warp1.1.0３次元再構成
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
3次元再構成解像度: 10.8 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 1344 / 対称性のタイプ: POINT
EM volume selectionNum. of tomograms: 20 / Num. of volumes extracted: 6505
原子モデル構築プロトコル: RIGID BODY FIT / 空間: REAL
精密化最高解像度: 10.8 Å

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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