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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8p4f | |||||||||
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タイトル | Structural insights into human co-transcriptional capping - structure 6 | |||||||||
要素 |
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キーワード | TRANSCRIPTION (転写 (生物学)) / rna polymerase II (RNAポリメラーゼII) / capping | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 : / negative regulation of DNA-templated transcription, elongation / DSIF complex / regulation of transcription elongation by RNA polymerase II / : / B-WICH complex positively regulates rRNA expression / RNA Polymerase I Transcription Initiation / RNA Polymerase I Promoter Escape / RNA Polymerase I Transcription Termination / RNA Polymerase III Transcription Initiation From Type 1 Promoter ...: / negative regulation of DNA-templated transcription, elongation / DSIF complex / regulation of transcription elongation by RNA polymerase II / : / B-WICH complex positively regulates rRNA expression / RNA Polymerase I Transcription Initiation / RNA Polymerase I Promoter Escape / RNA Polymerase I Transcription Termination / RNA Polymerase III Transcription Initiation From Type 1 Promoter / RNA Polymerase III Transcription Initiation From Type 2 Promoter / RNA Polymerase III Transcription Initiation From Type 3 Promoter / Formation of RNA Pol II elongation complex / Formation of the Early Elongation Complex / Transcriptional regulation by small RNAs / RNA Polymerase II Pre-transcription Events / TP53 Regulates Transcription of DNA Repair Genes / FGFR2 alternative splicing / RNA polymerase II transcribes snRNA genes / mRNA Capping / mRNA Splicing - Major Pathway / mRNA Splicing - Minor Pathway / Processing of Capped Intron-Containing Pre-mRNA / RNA Polymerase II Promoter Escape / RNA Polymerase II Transcription Pre-Initiation And Promoter Opening / RNA Polymerase II Transcription Initiation / RNA Polymerase II Transcription Elongation / RNA Polymerase II Transcription Initiation And Promoter Clearance / RNA Pol II CTD phosphorylation and interaction with CE / Estrogen-dependent gene expression / Formation of TC-NER Pre-Incision Complex / Dual incision in TC-NER / Gap-filling DNA repair synthesis and ligation in TC-NER / Abortive elongation of HIV-1 transcript in the absence of Tat / positive regulation of DNA-templated transcription, elongation / transcription elongation-coupled chromatin remodeling / : / RNA Pol II CTD phosphorylation and interaction with CE during HIV infection / RNA Pol II CTD phosphorylation and interaction with CE / Formation of the Early Elongation Complex / Formation of the HIV-1 Early Elongation Complex / mRNA Capping / RNA polymerase II complex binding / negative regulation of transcription elongation by RNA polymerase II / maintenance of transcriptional fidelity during transcription elongation by RNA polymerase II / organelle membrane / Pausing and recovery of Tat-mediated HIV elongation / Tat-mediated HIV elongation arrest and recovery / positive regulation of macroautophagy / HIV elongation arrest and recovery / Pausing and recovery of HIV elongation / RNA polymerase II transcribes snRNA genes / 7-methylguanosine mRNA capping / transcription by RNA polymerase I / transcription by RNA polymerase III / Tat-mediated elongation of the HIV-1 transcript / RNA polymerase II activity / Formation of HIV-1 elongation complex containing HIV-1 Tat / RNA polymerase I complex / RNA polymerase III complex / transcription-coupled nucleotide-excision repair / Formation of HIV elongation complex in the absence of HIV Tat / RNA polymerase II, core complex / RNA Polymerase II Transcription Elongation / Formation of RNA Pol II elongation complex / translation initiation factor binding / RNA Polymerase II Pre-transcription Events / DNA-directed RNA polymerase complex / positive regulation of RNA splicing / transcription elongation by RNA polymerase II / promoter-specific chromatin binding / DNA-templated transcription initiation / transcription initiation at RNA polymerase II promoter / TP53 Regulates Transcription of DNA Repair Genes / ribonucleoside binding / 核小体 / DNA-directed 5'-3' RNA polymerase activity / ポリメラーゼ / 染色体 / chromatin organization / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 5'-リン酸モノエステル産生エキソリボヌクレアーゼ / methyltransferase cap1 / mRNA (nucleoside-2'-O-)-methyltransferase activity / transcription by RNA polymerase II / nucleic acid binding / chromosome, telomeric region / protein dimerization activity / nuclear speck / protein heterodimerization activity / RNA依存性RNAポリメラーゼ / intracellular membrane-bounded organelle / nucleotide binding / mRNA binding / DNA-templated transcription / chromatin binding / regulation of DNA-templated transcription / 核小体 / enzyme binding / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / positive regulation of transcription by RNA polymerase II 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) Sus scrofa (ブタ) synthetic construct (人工物) | |||||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4 Å | |||||||||
データ登録者 | Garg, G. / Dienemann, C. / Farnung, L. / Schwarz, J. / Linden, A. / Urlaub, H. / Cramer, P. | |||||||||
資金援助 | European Union, ドイツ, 2件
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引用 | ジャーナル: Mol Cell / 年: 2023 タイトル: Structural insights into human co-transcriptional capping. 著者: Gaurika Garg / Christian Dienemann / Lucas Farnung / Juliane Schwarz / Andreas Linden / Henning Urlaub / Patrick Cramer / 要旨: Co-transcriptional capping of the nascent pre-mRNA 5' end prevents degradation of RNA polymerase (Pol) II transcripts and suppresses the innate immune response. Here, we provide mechanistic insights ...Co-transcriptional capping of the nascent pre-mRNA 5' end prevents degradation of RNA polymerase (Pol) II transcripts and suppresses the innate immune response. Here, we provide mechanistic insights into the three major steps of human co-transcriptional pre-mRNA capping based on six different cryoelectron microscopy (cryo-EM) structures. The human mRNA capping enzyme, RNGTT, first docks to the Pol II stalk to position its triphosphatase domain near the RNA exit site. The capping enzyme then moves onto the Pol II surface, and its guanylyltransferase receives the pre-mRNA 5'-diphosphate end. Addition of a GMP moiety can occur when the RNA is ∼22 nt long, sufficient to reach the active site of the guanylyltransferase. For subsequent cap(1) methylation, the methyltransferase CMTR1 binds the Pol II stalk and can receive RNA after it is grown to ∼29 nt in length. The observed rearrangements of capping factors on the Pol II surface may be triggered by the completion of catalytic reaction steps and are accommodated by domain movements in the elongation factor DRB sensitivity-inducing factor (DSIF). | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 8p4f.cif.gz | 1023.5 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb8p4f.ent.gz | 816.6 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 8p4f.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/p4/8p4f ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/p4/8p4f | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | 17408MC 8p4aC 8p4bC 8p4cC 8p4dC 8p4eC M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
-RNA鎖 , 1種, 1分子 P
#1: RNA鎖 | 分子量: 9368.747 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物) |
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-DNA-directed RNA polymerase II subunit ... , 6種, 6分子 ACEIKG
#2: タンパク質 | 分子量: 217450.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 参照: UniProt: P11414 |
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#4: タンパク質 | 分子量: 31439.074 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 参照: UniProt: I3LCH3 |
#5: タンパク質 | 分子量: 24644.318 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 参照: UniProt: I3LSI7 |
#8: タンパク質 | 分子量: 14507.205 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 参照: UniProt: P60899 |
#10: タンパク質 | 分子量: 13310.284 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 参照: UniProt: F1RKE4 |
#16: タンパク質 | 分子量: 19314.283 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 参照: UniProt: A0A4X1VKG7 |
-タンパク質 , 2種, 2分子 BO
#3: タンパク質 | 分子量: 134041.422 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 参照: UniProt: I3LGP4, ポリメラーゼ |
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#18: タンパク質 | 分子量: 95454.773 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CMTR1, FTSJD2, KIAA0082, MTR1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q8N1G2, methyltransferase cap1 |
-DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit ... , 3種, 3分子 FHJ
#6: タンパク質 | 分子量: 14491.026 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 参照: UniProt: F1SKN8 |
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#7: タンパク質 | 分子量: 17162.273 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 参照: UniProt: I3LCB2 |
#9: タンパク質 | 分子量: 7655.123 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 参照: UniProt: A0A4X1VYD0 |
-RNA polymerase II subunit ... , 2種, 2分子 LD
#11: タンパク質 | 分子量: 7018.244 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 参照: UniProt: I3LN51 |
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#17: タンパク質 | 分子量: 16331.255 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 参照: UniProt: A0A287ADR4 |
-DNA鎖 , 2種, 2分子 NT
#12: DNA鎖 | 分子量: 11762.597 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物) |
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#13: DNA鎖 | 分子量: 11628.501 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物) |
-Transcription elongation factor ... , 2種, 2分子 YZ
#14: タンパク質 | 分子量: 13210.201 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SUPT4H1, SPT4H, SUPT4H / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P63272 |
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#15: タンパク質 | 分子量: 121145.477 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SUPT5H, SPT5, SPT5H / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: O00267 |
-非ポリマー , 4種, 11分子
#19: 化合物 | ChemComp-MGT / | ||||
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#20: 化合物 | ChemComp-ZN / #21: 化合物 | ChemComp-MG / | #22: 化合物 | ChemComp-SAM / | |
-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: Pol II - TPase complex / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#16 / 由来: RECOMBINANT |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
由来(組換発現) | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) |
緩衝液 | pH: 7.4 |
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
急速凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / 最大 デフォーカス(公称値): 2000 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 500 nm |
撮影 | 電子線照射量: 40 e/Å2 フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k) |
-解析
CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION |
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3次元再構成 | 解像度: 4 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 31423 / 対称性のタイプ: POINT |