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- PDB-8p4b: Structural insights into human co-transcriptional capping - struc... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8p4b
タイトルStructural insights into human co-transcriptional capping - structure 2
要素
  • (DNA-directed RNA polymerase II subunit ...ポリメラーゼ) x 7
  • (DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit ...RNAポリメラーゼ) x 2
  • (RNA polymerase II subunit ...RNAポリメラーゼII) x 2
  • DNA (35-MER)
  • DNA (5'-D(P*AP*GP*CP*GP*GP*CP*GP*GP*AP*GP*CP*CP*AP*GP*CP*AP*GP*GP*GP*AP*GP*CP*TP*G)-3')
  • DNA-directed RNA polymerase subunit betaポリメラーゼ
  • RNA (5'-R(P*GP*UP*AP*AP*CP*CP*GP*GP*AP*GP*AP*GP*GP*GP*AP*AP*CP*CP*CP*AP*CP*U)-3')
  • mRNA-capping enzyme
キーワードTRANSCRIPTION (転写 (生物学)) / rna polymerase II (RNAポリメラーゼII) / capping
機能・相同性
機能・相同性情報


RNA guanylyltransferase activity / inorganic triphosphate phosphatase activity / protein tyrosine/serine/threonine phosphatase activity / mRNA 5'-triphosphate monophosphatase activity / B-WICH complex positively regulates rRNA expression / RNA Polymerase I Transcription Initiation / RNA Polymerase I Promoter Escape / RNA Polymerase I Transcription Termination / RNA Polymerase III Transcription Initiation From Type 1 Promoter / RNA Polymerase III Transcription Initiation From Type 2 Promoter ...RNA guanylyltransferase activity / inorganic triphosphate phosphatase activity / protein tyrosine/serine/threonine phosphatase activity / mRNA 5'-triphosphate monophosphatase activity / B-WICH complex positively regulates rRNA expression / RNA Polymerase I Transcription Initiation / RNA Polymerase I Promoter Escape / RNA Polymerase I Transcription Termination / RNA Polymerase III Transcription Initiation From Type 1 Promoter / RNA Polymerase III Transcription Initiation From Type 2 Promoter / RNA Polymerase III Transcription Initiation From Type 3 Promoter / Formation of RNA Pol II elongation complex / Formation of the Early Elongation Complex / Transcriptional regulation by small RNAs / RNA Polymerase II Pre-transcription Events / TP53 Regulates Transcription of DNA Repair Genes / FGFR2 alternative splicing / RNA polymerase II transcribes snRNA genes / mRNA Capping / mRNA Splicing - Major Pathway / mRNA Splicing - Minor Pathway / Processing of Capped Intron-Containing Pre-mRNA / RNA Polymerase II Promoter Escape / RNA Polymerase II Transcription Pre-Initiation And Promoter Opening / RNA Polymerase II Transcription Initiation / RNA Polymerase II Transcription Elongation / RNA Polymerase II Transcription Initiation And Promoter Clearance / RNA Pol II CTD phosphorylation and interaction with CE / Estrogen-dependent gene expression / mRNA 5'-phosphatase / Formation of TC-NER Pre-Incision Complex / Dual incision in TC-NER / Gap-filling DNA repair synthesis and ligation in TC-NER / polynucleotide 5'-phosphatase activity / : / RNA Pol II CTD phosphorylation and interaction with CE during HIV infection / RNA Pol II CTD phosphorylation and interaction with CE / mRNA Capping / maintenance of transcriptional fidelity during transcription elongation by RNA polymerase II / organelle membrane / 7-methylguanosine mRNA capping / transcription by RNA polymerase I / transcription by RNA polymerase III / RNA polymerase II activity / RNA polymerase I complex / RNA polymerase III complex / transcription-coupled nucleotide-excision repair / 転写後修飾 / RNA polymerase II, core complex / 脱リン酸化 / translation initiation factor binding / DNA-directed RNA polymerase complex / positive regulation of RNA splicing / promoter-specific chromatin binding / DNA-templated transcription initiation / transcription initiation at RNA polymerase II promoter / ribonucleoside binding / 核小体 / DNA-directed 5'-3' RNA polymerase activity / ポリメラーゼ / mRNA guanylyltransferase activity / 染色体 / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 5'-リン酸モノエステル産生エキソリボヌクレアーゼ / mRNA guanylyltransferase / transcription by RNA polymerase II / nucleic acid binding / chromosome, telomeric region / protein dimerization activity / nuclear speck / RNA依存性RNAポリメラーゼ / nucleotide binding / DNA-templated transcription / chromatin binding / 核小体 / GTP binding / DNA binding / zinc ion binding / 核質 / ATP binding / metal ion binding / 細胞核 / 細胞質基質 / 細胞質
類似検索 - 分子機能
mRNA capping enzyme, bifunctional / mRNA capping enzyme, adenylation domain / mRNA capping enzyme, C-terminal / mRNA capping enzyme, catalytic domain / mRNA capping enzyme, C-terminal domain / Dual specificity phosphatase, catalytic domain / Dual specificity phosphatase, catalytic domain / Dual specificity protein phosphatase domain / Dual specificity protein phosphatase domain profile. / DNA-directed RNA polymerase II subunit Rpb4-like ...mRNA capping enzyme, bifunctional / mRNA capping enzyme, adenylation domain / mRNA capping enzyme, C-terminal / mRNA capping enzyme, catalytic domain / mRNA capping enzyme, C-terminal domain / Dual specificity phosphatase, catalytic domain / Dual specificity phosphatase, catalytic domain / Dual specificity protein phosphatase domain / Dual specificity protein phosphatase domain profile. / DNA-directed RNA polymerase II subunit Rpb4-like / RNA polymerase Rpb4/RPC9, core / DNA-directed RNA-polymerase II subunit / RNA polymerase II, heptapeptide repeat, eukaryotic / RNA polymerase Rpb1, domain 6 / RNA polymerase Rpb1, domain 6 / RNA polymerase Rpb1 C-terminal repeat / Eukaryotic RNA polymerase II heptapeptide repeat. / RNA polymerase Rpb1, domain 7 / RNA polymerase Rpb1, domain 7 superfamily / RNA polymerase Rpb1, domain 7 / Rpb4/RPC9 superfamily / Pol II subunit B9, C-terminal zinc ribbon / RNA polymerase RBP11 / RNA polymerase subunit Rpb4/RPC9 / RNA polymerase Rpb4 / Zinc finger TFIIS-type signature. / RNA polymerase subunit Rpb7-like / RNA polymerase Rpb7-like , N-terminal / RNA polymerase Rpb7-like, N-terminal domain superfamily / SHS2 domain found in N terminus of Rpb7p/Rpc25p/MJ0397 / HRDC-like superfamily / RNA polymerase Rpb2, domain 4 / RNA polymerase Rpb2, domain 4 / RNA polymerase Rpb2, domain 5 / RNA polymerase Rpb2, domain 5 / DNA-directed RNA polymerase, M/15kDa subunit / RNA polymerases M/15 Kd subunit / RNA polymerase subunit 9 / DNA-directed RNA polymerase subunit RPABC5/Rpb10 / RNA polymerases, subunit N, zinc binding site / RNA polymerase subunit RPB10 / RNA polymerases N / 8 kDa subunit / RNA polymerases N / 8 Kd subunits signature. / DNA-directed RNA polymerase M, 15kDa subunit, conserved site / RNA polymerases M / 15 Kd subunits signature. / DNA-directed RNA polymerase subunit/transcription factor S / RNA polymerase, Rpb8 / DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC4 / RNA polymerase Rpb8 / RNA polymerase subunit 8 / RNA polymerase, Rpb5, N-terminal / RNA polymerase Rpb5, N-terminal domain superfamily / RNA polymerase Rpb5, N-terminal domain / DNA-directed RNA polymerase, subunit RPB6 / DNA directed RNA polymerase, 7 kDa subunit / DNA-directed RNA polymerase subunit Rpo11 / RNA polymerase archaeal subunit P/eukaryotic subunit RPABC4 / RNA polymerase, subunit H/Rpb5, conserved site / RNA polymerases H / 23 Kd subunits signature. / RNA polymerase subunit CX / DNA-directed RNA polymerase Rpb11, 13-16kDa subunit, conserved site / DNA-directed RNA polymerase subunit Rpo5/Rpb5 / RNA polymerases L / 13 to 16 Kd subunits signature. / DNA-directed RNA polymerase, 30-40kDa subunit, conserved site / DNA-directed RNA polymerase subunit Rpo3/Rpb3/RPAC1 / RNA polymerases D / 30 to 40 Kd subunits signature. / DNA-directed RNA polymerase, RBP11-like dimerisation domain / RNA polymerase Rpb3/Rpb11 dimerisation domain / RNA polymerase, subunit H/Rpb5 C-terminal / RNA polymerase subunit RPABC4/transcription elongation factor Spt4 / RPB5-like RNA polymerase subunit superfamily / RNA polymerase Rpb5, C-terminal domain / Zinc finger, TFIIS-type / Transcription factor S-II (TFIIS) / Zinc finger TFIIS-type profile. / C2C2 Zinc finger / Archaeal Rpo6/eukaryotic RPB6 RNA polymerase subunit / DNA-directed RNA polymerase, 14-18kDa subunit, conserved site / RNA polymerases K / 14 to 18 Kd subunits signature. / Ribosomal protein S1-like RNA-binding domain / S1 RNA binding domain / S1 domain / Tyrosine specific protein phosphatases active site. / Protein-tyrosine phosphatase, active site / Tyrosine-specific protein phosphatases domain / Tyrosine specific protein phosphatases domain profile. / Protein-tyrosine phosphatase-like / RNA polymerase Rpb6 / RNA polymerase, subunit omega/Rpo6/RPB6 / RNA polymerase Rpb6 / RNA polymerase Rpb1, domain 3 superfamily / RNA polymerase Rpb1, clamp domain superfamily / RPB6/omega subunit-like superfamily / DNA-directed RNA polymerase, subunit beta-prime / RNA polymerase Rpb2, domain 2 superfamily / RNA polymerase Rpb1, domain 3 / RNA polymerase Rpb1, domain 3 / RNA polymerase Rpb1, domain 1 / RNA polymerase Rpb1, domain 1 / RNA polymerase, alpha subunit
類似検索 - ドメイン・相同性
デオキシリボ核酸 / DNA (> 10) / リボ核酸 / RNA (> 10) / RNA polymerase II subunit D / DNA-directed RNA polymerase subunit / DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC5 / DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB11-a / DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC2 / DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC3 ...デオキシリボ核酸 / DNA (> 10) / リボ核酸 / RNA (> 10) / RNA polymerase II subunit D / DNA-directed RNA polymerase subunit / DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC5 / DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB11-a / DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC2 / DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC3 / DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB3 / DNA-directed RNA polymerase subunit beta / RNA polymerase II, I and III subunit K / DNA-directed RNA polymerase II subunit E / mRNA-capping enzyme / DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB1 / DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB9
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
Sus scrofa (ブタ)
unidentified (未定義)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.2 Å
データ登録者Garg, G. / Dienemann, C. / Farnung, L. / Schwarz, J. / Linden, A. / Urlaub, H. / Cramer, P.
資金援助European Union, ドイツ, 2件
組織認可番号国
European Research Council (ERC)693023European Union
German Research Foundation (DFG)SFB 860 ドイツ
引用ジャーナル: Mol Cell / 年: 2023
タイトル: Structural insights into human co-transcriptional capping.
著者: Gaurika Garg / Christian Dienemann / Lucas Farnung / Juliane Schwarz / Andreas Linden / Henning Urlaub / Patrick Cramer /
要旨: Co-transcriptional capping of the nascent pre-mRNA 5' end prevents degradation of RNA polymerase (Pol) II transcripts and suppresses the innate immune response. Here, we provide mechanistic insights ...Co-transcriptional capping of the nascent pre-mRNA 5' end prevents degradation of RNA polymerase (Pol) II transcripts and suppresses the innate immune response. Here, we provide mechanistic insights into the three major steps of human co-transcriptional pre-mRNA capping based on six different cryoelectron microscopy (cryo-EM) structures. The human mRNA capping enzyme, RNGTT, first docks to the Pol II stalk to position its triphosphatase domain near the RNA exit site. The capping enzyme then moves onto the Pol II surface, and its guanylyltransferase receives the pre-mRNA 5'-diphosphate end. Addition of a GMP moiety can occur when the RNA is ∼22 nt long, sufficient to reach the active site of the guanylyltransferase. For subsequent cap(1) methylation, the methyltransferase CMTR1 binds the Pol II stalk and can receive RNA after it is grown to ∼29 nt in length. The observed rearrangements of capping factors on the Pol II surface may be triggered by the completion of catalytic reaction steps and are accommodated by domain movements in the elongation factor DRB sensitivity-inducing factor (DSIF).
履歴
登録2023年5月20日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02023年8月16日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB1
B: DNA-directed RNA polymerase subunit beta
C: DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB3
E: DNA-directed RNA polymerase II subunit E
F: DNA-directed RNA polymerase II subunit F
H: DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC3
I: DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB9
J: DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC5
K: DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB11-a
L: RNA polymerase II subunit K
N: DNA (5'-D(P*AP*GP*CP*GP*GP*CP*GP*GP*AP*GP*CP*CP*AP*GP*CP*AP*GP*GP*GP*AP*GP*CP*TP*G)-3')
P: RNA (5'-R(P*GP*UP*AP*AP*CP*CP*GP*GP*AP*GP*AP*GP*GP*GP*AP*AP*CP*CP*CP*AP*CP*U)-3')
T: DNA (35-MER)
D: RNA polymerase II subunit D
G: DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB7
M: mRNA-capping enzyme
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)611,91825
ポリマ－611,37016
非ポリマー5489
水0
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: cross-linking
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
Buried area75160 Å2
ΔGint-462 kcal/mol
Surface area170550 Å2
手法PISA

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要素

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DNA-directed RNA polymerase II subunit ... , 7種, 7分子 ACEFIKG

#1: タンパク質 DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB1 / ポリメラーゼ


分子量: 217450.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 参照: UniProt: P11414
#3: タンパク質 DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB3 / ポリメラーゼ


分子量: 31439.074 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 参照: UniProt: I3LCH3
#4: タンパク質 DNA-directed RNA polymerase II subunit E / ポリメラーゼ / RPB5 homolog


分子量: 24644.318 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 参照: UniProt: I3LSI7
#5: タンパク質 DNA-directed RNA polymerase II subunit F / ポリメラーゼ / DNA-directed RNA polymerases I / II / and III subunit RPABC2 / RPB6 homolog


分子量: 14477.001 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 参照: UniProt: F1SKN8
#7: タンパク質 DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB9 / ポリメラーゼ / RNA polymerase II subunit B9 / DNA-directed RNA polymerase II subunit I / RNA polymerase II 14.5 ...RNA polymerase II subunit B9 / DNA-directed RNA polymerase II subunit I / RNA polymerase II 14.5 kDa subunit / RPB14.5


分子量: 14541.221 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 参照: UniProt: P60899
#9: タンパク質 DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB11-a / ポリメラーゼ


分子量: 13310.284 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 参照: UniProt: F1RKE4
#15: タンパク質 DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB7 / ポリメラーゼ


分子量: 19314.283 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 参照: UniProt: A0A4X1VKG7

-
タンパク質 , 2種, 2分子 BM

#2: タンパク質 DNA-directed RNA polymerase subunit beta / ポリメラーゼ


分子量: 134041.422 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 参照: UniProt: I3LGP4, ポリメラーゼ
#16: タンパク質 mRNA-capping enzyme / HCAP1 / HCE


分子量: 68655.695 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: RNGTT, CAP1A / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: O60942, mRNA 5'-phosphatase, mRNA guanylyltransferase

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DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit ... , 2種, 2分子 HJ

#6: タンパク質 DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC3 / RNAポリメラーゼ


分子量: 17162.273 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 参照: UniProt: I3LCB2
#8: タンパク質 DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC5 / RNAポリメラーゼ


分子量: 7655.123 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 参照: UniProt: A0A4X1VYD0

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RNA polymerase II subunit ... , 2種, 2分子 LD

#10: タンパク質 RNA polymerase II subunit K / RNAポリメラーゼII


分子量: 7018.244 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 参照: UniProt: I3LN51
#14: タンパク質 RNA polymerase II subunit D / RNAポリメラーゼII


分子量: 16331.255 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 参照: UniProt: A0A287ADR4

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DNA鎖 , 2種, 2分子 NT

#11: DNA鎖 DNA (5'-D(P*AP*GP*CP*GP*GP*CP*GP*GP*AP*GP*CP*CP*AP*GP*CP*AP*GP*GP*GP*AP*GP*CP*TP*G)-3')


分子量: 7510.831 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) unidentified (未定義)
#13: DNA鎖 DNA (35-MER)


分子量: 10699.819 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) unidentified (未定義)

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RNA鎖 , 1種, 1分子 P

#12: RNA鎖 RNA (5'-R(P*GP*UP*AP*AP*CP*CP*GP*GP*AP*GP*AP*GP*GP*GP*AP*AP*CP*CP*CP*AP*CP*U)-3')


分子量: 7119.346 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) unidentified (未定義)

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非ポリマー , 2種, 9分子

#17: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#18: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: Pol II - TPase complex / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#16 / 由来: RECOMBINANT
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
由来(組換発現)生物種: Escherichia coli (大腸菌)
緩衝液pH: 7.4
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / 最大 デフォーカス（公称値）: 2000 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 500 nm
撮影電子線照射量: 40 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)

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解析

ソフトウェア名称: PHENIX / バージョン: 1.19.2_4158: / 分類: 精密化
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
3次元再構成解像度: 3.2 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 21150 / 対称性のタイプ: POINT
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.00336221
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.87849279
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d13.9495445
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.0455510
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.0056104

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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