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万見
- PDB-8jp6: Cryo-EM structures of the head region of full-length ERGIC-53 wit... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8jp6
タイトルCryo-EM structures of the head region of full-length ERGIC-53 with MCFD2 (Substate A)
要素
  • Multiple coagulation factor deficiency protein 2
  • Protein ERGIC-53
キーワードPROTEIN TRANSPORT / cargo receptor / calcium (カルシウム) / zinc (亜鉛)
機能・相同性
機能・相同性情報


Transport to the Golgi and subsequent modification / positive regulation of organelle organization / negative regulation of protein targeting to mitochondrion / Cargo concentration in the ER / RHOD GTPase cycle / endoplasmic reticulum organization / COPII-mediated vesicle transport / COPII-coated ER to Golgi transport vesicle / RHOC GTPase cycle / Golgi organization ...Transport to the Golgi and subsequent modification / positive regulation of organelle organization / negative regulation of protein targeting to mitochondrion / Cargo concentration in the ER / RHOD GTPase cycle / endoplasmic reticulum organization / COPII-mediated vesicle transport / COPII-coated ER to Golgi transport vesicle / RHOC GTPase cycle / Golgi organization / D-mannose binding / RHOG GTPase cycle / endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment / RHOA GTPase cycle / RAC2 GTPase cycle / RAC3 GTPase cycle / endoplasmic reticulum to Golgi vesicle-mediated transport / vesicle-mediated transport / endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment membrane / sarcomere / ER to Golgi transport vesicle membrane / unfolded protein binding / 凝固・線溶系 / protein transport / フォールディング / collagen-containing extracellular matrix / ゴルジ体 / calcium ion binding / endoplasmic reticulum membrane / ゴルジ体 / 小胞体 / extracellular exosome / 生体膜 / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Legume-like lectin / Legume-like lectin family / L-type lectin-like (leguminous) domain profile. / EF-hand domain pair / EF-Hand 1, calcium-binding site / EF-hand calcium-binding domain. / EF-hand calcium-binding domain profile. / EF-hand domain / EF-hand domain pair / Concanavalin A-like lectin/glucanase domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Protein ERGIC-53 / Multiple coagulation factor deficiency protein 2
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.29 Å
データ登録者Watanabe, S. / Inaba, K.
資金援助 日本, 1件
組織認可番号国
Ministry of Education, Culture, Sports, Science and Technology (Japan)JP18K06075 日本
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2024
タイトル: Structure of full-length ERGIC-53 in complex with MCFD2 for cargo transport.
著者: Satoshi Watanabe / Yoshiaki Kise / Kento Yonezawa / Mariko Inoue / Nobutaka Shimizu / Osamu Nureki / Kenji Inaba /
要旨: ERGIC-53 transports certain subsets of newly synthesized secretory proteins and membrane proteins from the endoplasmic reticulum to the Golgi apparatus. Despite numerous structural and functional ...ERGIC-53 transports certain subsets of newly synthesized secretory proteins and membrane proteins from the endoplasmic reticulum to the Golgi apparatus. Despite numerous structural and functional studies since its identification, the overall architecture and mechanism of action of ERGIC-53 remain unclear. Here we present cryo-EM structures of full-length ERGIC-53 in complex with its functional partner MCFD2. These structures reveal that ERGIC-53 exists as a homotetramer, not a homohexamer as previously suggested, and comprises a four-leaf clover-like head and a long stalk composed of three sets of four-helix coiled-coil followed by a transmembrane domain. 3D variability analysis visualizes the flexible motion of the long stalk and local plasticity of the head region. Notably, MCFD2 is shown to possess a Zn-binding site in its N-terminal lid, which appears to modulate cargo binding. Altogether, distinct mechanisms of cargo capture and release by ERGIC- 53 via the stalk bending and metal binding are proposed.
履歴
登録2023年6月10日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02024年4月17日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Protein ERGIC-53
B: Protein ERGIC-53
C: Multiple coagulation factor deficiency protein 2
D: Multiple coagulation factor deficiency protein 2
E: Protein ERGIC-53
F: Protein ERGIC-53
G: Multiple coagulation factor deficiency protein 2
H: Multiple coagulation factor deficiency protein 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)291,77628
ポリマ－290,8738
非ポリマー90320
水0
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法, not applicable
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
d_1ens_1chain "A" or chain "B" or chain "C" or chain "D"
d_2ens_1chain "E" or chain "F" or chain "G" or chain "H"

NCSドメイン領域:

Ens-ID: ens_1

Dom-IDComponent-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
d_11PROPROTHRTHRAA42 - 36742 - 367
d_12CACACACAAI601
d_13CACACACAAJ602
d_14PROPROSERSERBB42 - 36542 - 365
d_15CACACACABK601
d_16CACACACABL602
d_17GLYGLYSERSERCC40 - 14418 - 122
d_18CACACACACM701
d_19CACACACACN702
d_110ZNZNZNZNCO703
d_111GLYGLYSERSERDD40 - 14418 - 122
d_112CACACACADP701
d_113CACACACADQ702
d_21PROPROTHRTHREE42 - 36742 - 367
d_22CACACACAES601
d_23CACACACAET602
d_24PROPROSERSERFF42 - 36542 - 365
d_25CACACACAFU601
d_26CACACACAFV602
d_27GLYGLYSERSERGG40 - 14418 - 122
d_28CACACACAGW701
d_29CACACACAGX702
d_210ZNZNZNZNGY703
d_211GLYGLYSERSERHH40 - 14418 - 122
d_212CACACACAHZ701
d_213CACACACAHAA702

NCS oper: (Code: givenMatrix: (-0.999999931347, 0.000361035417898, 8.34204856989E-5), (-0.000361078529293, -0.99999980098, -0.000517360439091), (8.32336836543E-5, -0.000517390524919, 0.99999986269) ...NCS oper: (Code: given
Matrix: (-0.999999931347, 0.000361035417898, 8.34204856989E-5), (-0.000361078529293, -0.99999980098, -0.000517360439091), (8.32336836543E-5, -0.000517390524919, 0.99999986269)
ベクター: 215.091278733, 215.211721232, 0.0494525373611)

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要素

#1: タンパク質
Protein ERGIC-53 / ER-Golgi intermediate compartment 53 kDa protein / Gp58 / Intracellular mannose-specific lectin ...ER-Golgi intermediate compartment 53 kDa protein / Gp58 / Intracellular mannose-specific lectin MR60 / Lectin mannose-binding 1


分子量: 58766.027 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: LMAN1, ERGIC53, F5F8D / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P49257
#2: タンパク質
Multiple coagulation factor deficiency protein 2 / Neural stem cell-derived neuronal survival protein


分子量: 13952.220 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: MCFD2, SDNSF / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q8NI22
#3: 化合物
ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 16 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: ERGIC-53-MCFD2 complex / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#2 / 由来: RECOMBINANT
分子量実験値: NO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
由来(組換発現)生物種: Homo sapiens (ヒト)
緩衝液pH: 7.5
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: TFS KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: OTHER
電子レンズモード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / 最大 デフォーカス（公称値）: 1600 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 800 nm
撮影電子線照射量: 47.4 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)

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解析

EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ
4cryoSPARC3CTF補正
7Coot9.8.7モデルフィッティング
8UCSF ChimeraX1.5モデルフィッティング
10PHENIX1.2モデル精密化
11cryoSPARC3.3初期オイラー角割当
12cryoSPARC3.3最終オイラー角割当
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
対称性点対称性: C1 (非対称)
3次元再構成解像度: 3.29 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 9734 / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築空間: REAL
精密化交差検証法: NONE
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
原子変位パラメータBiso mean: 72.96 Å2
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.003413794
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.592618630
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.04561916
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.00412510
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d16.63295140
Refine LS restraints NCSタイプ: NCS constraints / Rms dev position: 8.25377575505E-13 Å

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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