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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8iog | ||||||
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タイトル | Cryo-EM structure of porcine bc1 complex in isolated state | ||||||
要素 |
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キーワード | ELECTRON TRANSPORT (電子伝達系) / Complex / mitochondria (ミトコンドリア) | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 subthalamus development / pons development / cerebellar Purkinje cell layer development / pyramidal neuron development / thalamus development / Respiratory electron transport / mitochondrial respiratory chain complex III / quinol-cytochrome-c reductase / ubiquinol-cytochrome-c reductase activity / mitochondrial electron transport, ubiquinol to cytochrome c ...subthalamus development / pons development / cerebellar Purkinje cell layer development / pyramidal neuron development / thalamus development / Respiratory electron transport / mitochondrial respiratory chain complex III / quinol-cytochrome-c reductase / ubiquinol-cytochrome-c reductase activity / mitochondrial electron transport, ubiquinol to cytochrome c / midbrain development / hypothalamus development / respirasome / hippocampus development / 2 iron, 2 sulfur cluster binding / metalloendopeptidase activity / ミトコンドリア内膜 / electron transfer activity / heme binding / ミトコンドリア / タンパク質分解 / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Sus scrofa (ブタ) | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.88 Å | ||||||
データ登録者 | Wang, Y.X. / Dong, J.Q. / Yang, G.F. | ||||||
資金援助 | 中国, 1件
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引用 | ジャーナル: To Be Published タイトル: Cryo-EM structure of porcine bc1 complex in isolated state 著者: Wang, Y.X. / Dong, J.Q. / Yang, G.F. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 8iog.cif.gz | 749.7 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb8iog.ent.gz | 608.4 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 8iog.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/io/8iog ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/io/8iog | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | 35618MC M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
-タンパク質 , 3種, 6分子 AaBbIi
#1: タンパク質 | 分子量: 42840.715 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Sus scrofa (ブタ) / 遺伝子: MT-CYB, COB, CYTB, MTCYB / 発現宿主: Sus scrofa (ブタ) / 参照: UniProt: P24964 #2: タンパク質 | 分子量: 35488.930 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Sus scrofa (ブタ) / 遺伝子: LOC100525869 / 発現宿主: Sus scrofa (ブタ) / 参照: UniProt: A0A4X1UNI7 #9: タンパク質 | 分子量: 7412.530 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Sus scrofa (ブタ) / 遺伝子: UQCR10 / 発現宿主: Sus scrofa (ブタ) / 参照: UniProt: Q2EN79 |
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-Cytochrome b-c1 complex subunit ... , 8種, 16分子 CcDdEeFfGgHhJjKk
#3: タンパク質 | 分子量: 21610.492 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Sus scrofa (ブタ) / 遺伝子: LOC100522678 / 発現宿主: Sus scrofa (ブタ) / 参照: UniProt: A0A4X1TWD8, quinol-cytochrome-c reductase #4: タンパク質 | 分子量: 52756.320 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Sus scrofa (ブタ) / 遺伝子: LOC100156879 / 発現宿主: Sus scrofa (ブタ) / 参照: UniProt: A0A8D0PK14 #5: タンパク質 | 分子量: 48264.477 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Sus scrofa (ブタ) / 発現宿主: Sus scrofa (ブタ) / 参照: UniProt: A0A4X1V0F2 #6: タンパク質 | 分子量: 10685.803 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Sus scrofa (ブタ) / 遺伝子: UQCRH, LOC100524873 / 発現宿主: Sus scrofa (ブタ) / 参照: UniProt: F1S3W0 #7: タンパク質 | 分子量: 13587.549 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Sus scrofa (ブタ) / 遺伝子: UQCRB / 発現宿主: Sus scrofa (ブタ) / 参照: UniProt: A0A4X1U2M7 #8: タンパク質 | 分子量: 9784.339 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Sus scrofa (ブタ) / 遺伝子: UQCRQ, LOC100524308 / 発現宿主: Sus scrofa (ブタ) / 参照: UniProt: A0A4X1UYT9 #10: タンパク質 | 分子量: 6560.654 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Sus scrofa (ブタ) / 遺伝子: LOC100524239 / 発現宿主: Sus scrofa (ブタ) / 参照: UniProt: A0A4X1VTU3 #11: タンパク質 | 分子量: 7900.107 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 詳細: Author stated: Chain C/c and Chain K/k are truly from one polypeptide, and the polypeptide will be cleaved into two chains upon maturation. 由来: (組換発現) Sus scrofa (ブタ) / 遺伝子: LOC100522678 / 発現宿主: Sus scrofa (ブタ) / 参照: UniProt: A0A4X1TWD8, quinol-cytochrome-c reductase |
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-非ポリマー , 5種, 13分子
#12: 化合物 | ChemComp-HEM / #13: 化合物 | #14: 化合物 | #15: 化合物 | #16: 化合物 | |
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-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | N |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: porcine Cytochrome bc1 complex / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#10 / 由来: MULTIPLE SOURCES |
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由来(天然) | 生物種: Sus scrofa (ブタ) |
緩衝液 | pH: 7.4 / 詳細: PBS, 0.1% DDM |
試料 | 濃度: 0.5 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES / 詳細: This sample was monodisperse |
試料支持 | グリッドの材料: GOLD / グリッドのサイズ: 400 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R1.2/1.3 |
急速凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / 倍率(公称値): 96000 X / 最大 デフォーカス(公称値): 2500 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 1200 nm / Cs: 2.7 mm / アライメント法: COMA FREE |
試料ホルダ | 凍結剤: NITROGEN |
撮影 | 電子線照射量: 49.21 e/Å2 フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON IV (4k x 4k) 実像数: 701 |
-解析
EMソフトウェア |
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CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||
粒子像の選択 | 選択した粒子像数: 191014 | ||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 2.88 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 98300 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||
原子モデル構築 | プロトコル: AB INITIO MODEL / 空間: REAL | ||||||||||||
原子モデル構築 | PDB-ID: 5GUP Accession code: 5GUP / Source name: PDB / タイプ: experimental model |