[日本語] English
万見
- PDB-8i6v: Cryo-EM structure of the polyphosphate polymerase VTC complex(Vtc... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8i6v
タイトルCryo-EM structure of the polyphosphate polymerase VTC complex(Vtc4/Vtc3/Vtc1)
要素
  • (Vacuolar transporter chaperone complex subunit ...) x 2
  • Vacuolar transporter chaperone 3 complex subunit 3
キーワードMEMBRANE PROTEIN (膜タンパク質) / polyphosphate polymerase / VTC complex / coupled synthesis and translocation
機能・相同性
機能・相同性情報


vacuolar transporter chaperone complex / ATP-polyphosphate phosphotransferase / polyphosphate biosynthetic process / engulfment of target by autophagosome / polyphosphate kinase activity / vacuole fusion, non-autophagic / microautophagy / polyphosphate metabolic process / intracellular phosphate ion homeostasis / vacuolar transport ...vacuolar transporter chaperone complex / ATP-polyphosphate phosphotransferase / polyphosphate biosynthetic process / engulfment of target by autophagosome / polyphosphate kinase activity / vacuole fusion, non-autophagic / microautophagy / polyphosphate metabolic process / intracellular phosphate ion homeostasis / vacuolar transport / inositol hexakisphosphate binding / fungal-type vacuole membrane / vacuolar membrane / autophagosome membrane / cell periphery / 細胞皮質 / cytoplasmic vesicle / 核膜 / calmodulin binding / mRNA binding / endoplasmic reticulum membrane / 小胞体 / 生体膜
類似検索 - 分子機能
VTC domain superfamily / Domain of unknown function DUF202 / VTC domain / Domain of unknown function (DUF202) / VTC domain / SPX domain / SPX domain profile.
類似検索 - ドメイン・相同性
TRIPHOSPHATE / : / リン酸塩 / Chem-POV / Vacuolar transporter chaperone complex subunit 1 / Vacuolar transporter chaperone complex subunit 4 / Vacuolar transporter chaperone 3 complex subunit 3
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.06 Å
データ登録者Mayer, A. / Wu, S. / Ye, S.
資金援助 中国, 4件
組織認可番号国
Ministry of Science and Technology (MoST, China)2020YFA0908500 中国
Ministry of Science and Technology (MoST, China)2020YFA0908400 中国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)31971127 中国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)31900930 中国
引用ジャーナル: EMBO J / 年: 2023
タイトル: Cryo-EM structure of the polyphosphate polymerase VTC reveals coupling of polymer synthesis to membrane transit.
著者: Wei Liu / Jiening Wang / Véronique Comte-Miserez / Mengyu Zhang / Xuejing Yu / Qingfeng Chen / Henning Jacob Jessen / Andreas Mayer / Shan Wu / Sheng Ye /
要旨: The eukaryotic vacuolar transporter chaperone (VTC) complex acts as a polyphosphate (polyP) polymerase that synthesizes polyP from adenosine triphosphate (ATP) and translocates polyP across the ...The eukaryotic vacuolar transporter chaperone (VTC) complex acts as a polyphosphate (polyP) polymerase that synthesizes polyP from adenosine triphosphate (ATP) and translocates polyP across the vacuolar membrane to maintain an intracellular phosphate (P ) homeostasis. To discover how the VTC complex performs its function, we determined a cryo-electron microscopy structure of an endogenous VTC complex (Vtc4/Vtc3/Vtc1) purified from Saccharomyces cerevisiae at 3.1 Å resolution. The structure reveals a heteropentameric architecture of one Vtc4, one Vtc3, and three Vtc1 subunits. The transmembrane region forms a polyP-selective channel, likely adopting a resting state conformation, in which a latch-like, horizontal helix of Vtc4 limits the entrance. The catalytic Vtc4 central domain is located on top of the pseudo-symmetric polyP channel, creating a strongly electropositive pathway for nascent polyP that can couple synthesis to translocation. The SPX domain of the catalytic Vtc4 subunit positively regulates polyP synthesis by the VTC complex. The noncatalytic Vtc3 regulates VTC through a phosphorylatable loop. Our findings, along with the functional data, allow us to propose a mechanism of polyP channel gating and VTC complex activation.
履歴
登録2023年1月29日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBC
改定 1.02023年3月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年4月5日Group: Author supporting evidence / Structure summary
カテゴリ: pdbx_contact_author / pdbx_entity_instance_feature
改定 1.22023年5月31日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.32024年5月29日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Vacuolar transporter chaperone complex subunit 1
B: Vacuolar transporter chaperone complex subunit 1
C: Vacuolar transporter chaperone complex subunit 1
D: Vacuolar transporter chaperone 3 complex subunit 3
E: Vacuolar transporter chaperone complex subunit 4
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)224,47511
ポリマ－223,1175
非ポリマー1,3586
水724
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

-
要素

-
Vacuolar transporter chaperone complex subunit ... , 2種, 4分子 ABCE

#1: タンパク質 Vacuolar transporter chaperone complex subunit 1 / Negative regulator of CDC42 protein 1 / Phosphate metabolism protein 4 / SPX-dependent ...Negative regulator of CDC42 protein 1 / Phosphate metabolism protein 4 / SPX-dependent polyphosphate polymerase VTC subunit 1 / Vacuolar membrane polyphosphate polymerase accessory subunit 1 / PolyP polymerase


分子量: 14388.053 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
遺伝子: VTC1, NRF1, PHM4, YER072W / 発現宿主: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P40046
#3: タンパク質 Vacuolar transporter chaperone complex subunit 4 / Phosphate metabolism protein 3 / Polyphosphate kinase / SPX-dependent polyphosphate polymerase VTC ...Phosphate metabolism protein 3 / Polyphosphate kinase / SPX-dependent polyphosphate polymerase VTC subunit 4 / Vacuolar membrane polyphosphate polymerase catalytic subunit / PolyP polymerase


分子量: 83268.664 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
遺伝子: VTC4, PHM3, YJL012C, J1345 / 発現宿主: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
参照: UniProt: P47075, ATP-polyphosphate phosphotransferase

-
タンパク質 , 1種, 1分子 D

#2: タンパク質 Vacuolar transporter chaperone 3 complex subunit 3 / Phosphate metabolism protein 2 / SPX-dependent polyphosphate polymerase VTC subunit 3 / Vacuolar ...Phosphate metabolism protein 2 / SPX-dependent polyphosphate polymerase VTC subunit 3 / Vacuolar membrane polyphosphate polymerase accessory subunit 3 / PolyP polymerase


分子量: 96684.312 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
遺伝子: VTC3, PHM2, YPL019C / 発現宿主: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: Q02725

-
非ポリマー , 5種, 10分子

#4: 化合物 ChemComp-POV / (2S)-3-(hexadecanoyloxy)-2-[(9Z)-octadec-9-enoyloxy]propyl 2-(trimethylammonio)ethyl phosphate / POPC / POホスファチジルコリン


分子量: 760.076 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C42H82NO8P / コメント: リン脂質*YM
#5: 化合物 ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト / リン酸塩


分子量: 94.971 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#6: 化合物 ChemComp-3PO / TRIPHOSPHATE / 三りん酸 / Polyphosphate


分子量: 257.955 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: H5O10P3
#7: 化合物 ChemComp-MN / MANGANESE (II) ION


分子量: 54.938 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mn / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#8: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

-
実験情報

-
実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

-
試料調製

構成要素名称: Cryo-EM structure of the polyphosphate polymerase VTC complex(Vtc4/Vtc3/Vtc1)
タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#3 / 由来: RECOMBINANT
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
由来(組換発現)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
緩衝液pH: 7.4
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結凍結剤: ETHANE

-
電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / 最大 デフォーカス（公称値）: 1500 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1000 nm
撮影電子線照射量: 54 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k)

-
解析

ソフトウェア名称: PHENIX / バージョン: 1.19.2_4158: / 分類: 精密化
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
3次元再構成解像度: 3.06 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 1042873 / 対称性のタイプ: POINT
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.00313456
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.47218191
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d5.6811788
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.0382005
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.0042298

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る