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万見
- PDB-8htu: Cryo-EM structure of PpPSI-L -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8htu
タイトルCryo-EM structure of PpPSI-L
要素
  • (Chlorophyll a-b binding protein, ...Light-harvesting complexes of green plants) x 6
  • (Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein ...光化学系I) x 2
  • (Photosystem I reaction center subunit ...光化学系I) x 8
  • (Photosystem I subunit ...光化学系I) x 2
  • PSI subunit V
  • Photosystem I iron-sulfur center光化学系I
キーワードPHOTOSYNTHESIS (光合成) / Lhcb9 / PSI
機能・相同性
機能・相同性情報


葉緑体 / chloroplast thylakoid lumen / photosynthesis, light harvesting in photosystem I / photosystem I reaction center / 光化学系I / chloroplast envelope / 光化学系I / 光化学系II / photosynthetic electron transport in photosystem I / chlorophyll binding ...葉緑体 / chloroplast thylakoid lumen / photosynthesis, light harvesting in photosystem I / photosystem I reaction center / 光化学系I / chloroplast envelope / 光化学系I / 光化学系II / photosynthetic electron transport in photosystem I / chlorophyll binding / chloroplast thylakoid membrane / response to light stimulus / 光合成 / 葉緑体 / 4 iron, 4 sulfur cluster binding / electron transfer activity / oxidoreductase activity / magnesium ion binding / 生体膜 / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Photosystem I PsaO / Photosystem I PsaH, reaction centre subunit VI / Photosystem I reaction centre subunit VI / Photosystem I reaction center subunit V / Photosystem I reaction center subunit psaK, plant / Photosystem I reaction center subunit V/PsaK, plant / Photosystem I PsaG/PsaK domain, chloroplastic / Photosystem I PsaM, reaction centre superfamily / Photosystem I PsaM, reaction centre / Photosystem I protein M (PsaM) ...Photosystem I PsaO / Photosystem I PsaH, reaction centre subunit VI / Photosystem I reaction centre subunit VI / Photosystem I reaction center subunit V / Photosystem I reaction center subunit psaK, plant / Photosystem I reaction center subunit V/PsaK, plant / Photosystem I PsaG/PsaK domain, chloroplastic / Photosystem I PsaM, reaction centre superfamily / Photosystem I PsaM, reaction centre / Photosystem I protein M (PsaM) / Photosystem I psaG and psaK proteins signature. / Photosystem I reaction center subunit V/PsaK / Photosystem I psaG / psaK / Photosystem I PsaL, reaction centre subunit XI / Photosystem I, reaction centre subunit XI / Photosystem I PsaL, reaction centre subunit XI superfamily / Photosystem I reaction centre subunit XI / Photosystem I reaction centre subunit VIII / Photosystem I reaction centre subunit VIII / Photosystem I reaction centre subunit VIII superfamily / Photosystem I PsaF, reaction centre subunit III / Photosystem I PsaF, reaction centre subunit III superfamily / Photosystem I reaction centre subunit III / Chlorophyll A-B binding protein, plant and chromista / Photosystem I PsaJ, reaction centre subunit IX / Photosystem I PsaD / Chlorophyll A-B binding protein / Photosystem I PsaJ, reaction centre subunit IX superfamily / Photosystem I, reaction centre subunit PsaD superfamily / Chlorophyll A-B binding protein / Photosystem I reaction centre subunit IX / PsaJ / PsaD / Photosystem I PsaE, reaction centre subunit IV / Photosystem I reaction centre subunit IV / PsaE / Photosystem I protein PsaC / Photosystem I PsaA / Photosystem I PsaB / Photosystem I PsaA/PsaB, conserved site / Photosystem I psaA and psaB proteins signature. / Photosystem I PsaA/PsaB / Photosystem I PsaA/PsaB superfamily / Photosystem I psaA/psaB protein / Electron transport accessory-like domain superfamily / 4Fe-4S dicluster domain / 4Fe-4S ferredoxin, iron-sulphur binding, conserved site / 4Fe-4S ferredoxin-type iron-sulfur binding region signature. / 4Fe-4S ferredoxin-type iron-sulfur binding domain profile. / 4Fe-4S ferredoxin-type, iron-sulphur binding domain
類似検索 - ドメイン・相同性
Β-カロテン / CHLOROPHYLL B / クロロフィルa / DIGALACTOSYL DIACYL GLYCEROL (DGDG) / 1,2-DIPALMITOYL-PHOSPHATIDYL-GLYCEROLE / 1,2-DISTEAROYL-MONOGALACTOSYL-DIGLYCERIDE / Chem-LUT / Chem-NEX / フィロキノン / 鉄・硫黄クラスター ...Β-カロテン / CHLOROPHYLL B / クロロフィルa / DIGALACTOSYL DIACYL GLYCEROL (DGDG) / 1,2-DIPALMITOYL-PHOSPHATIDYL-GLYCEROLE / 1,2-DISTEAROYL-MONOGALACTOSYL-DIGLYCERIDE / Chem-LUT / Chem-NEX / フィロキノン / 鉄・硫黄クラスター / Chem-XAT / Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic / Uncharacterized protein / Photosystem I reaction center subunit III / Photosystem I reaction center subunit V, chloroplastic / Photosystem I subunit O / Photosystem I reaction center subunit VI, chloroplastic / Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic / Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic / Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic / PSI-K / PSI subunit V / Photosystem I reaction center subunit II, chloroplastic / Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic / Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic / Photosystem I reaction center subunit XII / Photosystem I reaction center subunit IX / Photosystem I iron-sulfur center / Photosystem I reaction center subunit VIII / Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A2 / Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A1
類似検索 - 構成要素
生物種Physcomitrium patens (ヒメツリガネゴケ)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.87 Å
データ登録者Li, M. / Pan, X.W. / Sun, H.Y.
資金援助 中国, 1件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China (NSFC) 中国
引用ジャーナル: Nat Plants / 年: 2023
タイトル: Structural insights into the assembly and energy transfer of the Lhcb9-dependent photosystem I from moss Physcomitrium patens.
著者: Haiyu Sun / Hui Shang / Xiaowei Pan / Mei Li /
要旨: In plants and green algae, light-harvesting complexes I and II (LHCI and LHCII) constitute the antennae of photosystem I (PSI), thus effectively increasing the cross-section of the PSI core. The moss ...In plants and green algae, light-harvesting complexes I and II (LHCI and LHCII) constitute the antennae of photosystem I (PSI), thus effectively increasing the cross-section of the PSI core. The moss Physcomitrium patens (P. patens) represents a well-studied primary land-dwelling photosynthetic autotroph branching from the common ancestor of green algae and land plants at the early stage of evolution. P. patens possesses at least three types of PSI with different antenna sizes. The largest PSI form (PpPSI-L) exhibits a unique organization found neither in flowering plants nor in algae. Its formation is mediated by the P. patens-specific LHC protein, Lhcb9. While previous studies have revealed the overall architecture of PpPSI-L, its assembly details and the relationship between different PpPSI types remain unclear. Here we report the high-resolution structure of PpPSI-L. We identified 14 PSI core subunits, one Lhcb9, one phosphorylated LHCII trimer and eight LHCI monomers arranged as two belts. Our structural analysis established the essential role of Lhcb9 and the phosphorylated LHCII in stabilizing the complex. In addition, our results suggest that PpPSI switches between different types, which share identical modules. This feature may contribute to the dynamic adjustment of the light-harvesting capability of PSI under different light conditions.
履歴
登録2022年12月21日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02023年8月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年8月30日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
U: Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic
V: Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic
W: Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic
1: Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic
2: Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic
3: Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic
4: Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic
A: Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A1
B: Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A2
C: Photosystem I iron-sulfur center
D: Photosystem I reaction center subunit II, chloroplastic
E: Photosystem I reaction center subunit IV, chloroplastic
F: Photosystem I reaction center subunit III
G: Photosystem I reaction center subunit V, chloroplastic
H: Photosystem I reaction center subunit VI, chloroplastic
I: Photosystem I reaction center subunit VIII
J: Photosystem I reaction center subunit IX
K: Photosystem I subunit X
L: PSI subunit V
M: Photosystem I reaction center subunit XII
O: Photosystem I subunit O
5: Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic
6: Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic
7: Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic
8: Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic
9: Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)985,791392
ポリマ－686,94826
非ポリマー298,843366
水362
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

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要素

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Chlorophyll a-b binding protein, ... , 6種, 12分子 UVW152637489

#1: タンパク質 Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic


分子量: 28403.947 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Physcomitrium patens (ヒメツリガネゴケ)
参照: UniProt: A9RT62
#2: タンパク質 Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic


分子量: 25931.562 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Physcomitrium patens (ヒメツリガネゴケ)
参照: UniProt: A0A2K1JLZ3
#3: タンパク質 Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic


分子量: 29036.998 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Physcomitrium patens (ヒメツリガネゴケ)
参照: UniProt: A9TJ06
#4: タンパク質 Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic


分子量: 34673.801 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Physcomitrium patens (ヒメツリガネゴケ)
参照: UniProt: A0A2K1IB10
#5: タンパク質 Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic


分子量: 28818.881 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Physcomitrium patens (ヒメツリガネゴケ)
参照: UniProt: A0A2K1K0E4
#20: タンパク質 Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic


分子量: 33175.734 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Physcomitrium patens (ヒメツリガネゴケ)
参照: UniProt: A0A2K1KKR9

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Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein ... , 2種, 2分子 AB

#6: タンパク質 Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A1 / 光化学系I / PSI-A / PsaA


分子量: 83226.508 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Physcomitrium patens (ヒメツリガネゴケ)
参照: UniProt: Q8MFA3, 光化学系I
#7: タンパク質 Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A2 / 光化学系I / PSI-B / PsaB


分子量: 82447.750 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Physcomitrium patens (ヒメツリガネゴケ)
参照: UniProt: Q8MFA2, 光化学系I

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タンパク質 , 2種, 2分子 CL

#8: タンパク質 Photosystem I iron-sulfur center / 光化学系I / 9 kDa polypeptide / PSI-C / Photosystem I subunit VII / PsaC


分子量: 8781.153 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Physcomitrium patens (ヒメツリガネゴケ)
参照: UniProt: Q6YXQ2, 光化学系I
#17: タンパク質 PSI subunit V


分子量: 23530.299 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Physcomitrium patens (ヒメツリガネゴケ)
参照: UniProt: A0A7I4A0Q6

-
Photosystem I reaction center subunit ... , 8種, 8分子 DEFGHIJM

#9: タンパク質 Photosystem I reaction center subunit II, chloroplastic / 光化学系I


分子量: 22183.309 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Physcomitrium patens (ヒメツリガネゴケ)
参照: UniProt: A9REG3
#10: タンパク質 Photosystem I reaction center subunit IV, chloroplastic / 光化学系I


分子量: 13919.796 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Physcomitrium patens (ヒメツリガネゴケ)
参照: UniProt: A0A2K1IHL7
#11: タンパク質 Photosystem I reaction center subunit III / 光化学系I / PSI-F


分子量: 26112.318 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Physcomitrium patens (ヒメツリガネゴケ)
参照: UniProt: A0A2K1IN36
#12: タンパク質 Photosystem I reaction center subunit V, chloroplastic / 光化学系I


分子量: 16231.396 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Physcomitrium patens (ヒメツリガネゴケ)
参照: UniProt: A0A2K1JC42
#13: タンパク質 Photosystem I reaction center subunit VI, chloroplastic / 光化学系I


分子量: 14506.459 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Physcomitrium patens (ヒメツリガネゴケ)
参照: UniProt: A0A2K1JDR4
#14: タンパク質・ペプチド Photosystem I reaction center subunit VIII / 光化学系I


分子量: 4017.787 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Physcomitrium patens (ヒメツリガネゴケ)
参照: UniProt: Q6YXR3
#15: タンパク質・ペプチド Photosystem I reaction center subunit IX / 光化学系I / PSI-J


分子量: 4597.460 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Physcomitrium patens (ヒメツリガネゴケ)
参照: UniProt: Q6YXM2
#18: タンパク質・ペプチド Photosystem I reaction center subunit XII / 光化学系I / PSI-M


分子量: 3412.051 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Physcomitrium patens (ヒメツリガネゴケ)
参照: UniProt: Q6YXK4

-
Photosystem I subunit ... , 2種, 2分子 KO

#16: タンパク質 Photosystem I subunit X / 光化学系I


分子量: 13278.444 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Physcomitrium patens (ヒメツリガネゴケ)
参照: UniProt: A0A2K1KU02
#19: タンパク質 Photosystem I subunit O / 光化学系I


分子量: 15393.113 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Physcomitrium patens (ヒメツリガネゴケ)
参照: UniProt: A0A2K1JDF1

-
糖 , 2種, 5分子

#31: 糖
ChemComp-LMT / DODECYL-BETA-D-MALTOSIDE / ドデシルβ-D-マルトシド


タイプ: D-saccharide / 分子量: 510.615 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C24H46O11 / コメント: 可溶化剤*YM
#32: 糖 ChemComp-DGD / DIGALACTOSYL DIACYL GLYCEROL (DGDG)


タイプ: saccharide炭水化物 / 分子量: 949.299 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C51H96O15

-
非ポリマー , 11種, 363分子

#21: 化合物...
ChemComp-CHL / CHLOROPHYLL B / Chlorophyll b


分子量: 907.472 Da / 分子数: 49 / 由来タイプ: 合成 / 式: C55H70MgN4O6
#22: 化合物...
ChemComp-CLA / CHLOROPHYLL A / クロロフィルa


分子量: 893.489 Da / 分子数: 221 / 由来タイプ: 合成 / 式: C55H72MgN4O5
#23: 化合物
ChemComp-LUT / (3R,3'R,6S)-4,5-DIDEHYDRO-5,6-DIHYDRO-BETA,BETA-CAROTENE-3,3'-DIOL / (3R,3'R)-BETA,BETA-CAROTENE-3,3'-DIOL / LUTEIN / ルテイン


分子量: 568.871 Da / 分子数: 17 / 由来タイプ: 合成 / 式: C40H56O2
#24: 化合物
ChemComp-XAT / (3S,5R,6S,3'S,5'R,6'S)-5,6,5',6'-DIEPOXY-5,6,5',6'- TETRAHYDRO-BETA,BETA-CAROTENE-3,3'-DIOL / VIOLAXANTHIN / 13-cis-ビオラキサンチン / ビオラキサンチン


分子量: 600.870 Da / 分子数: 11 / 由来タイプ: 合成 / 式: C40H56O4
#25: 化合物
ChemComp-NEX / (1R,3R)-6-{(3E,5E,7E,9E,11E,13E,15E,17E)-18-[(1S,4R,6R)-4-HYDROXY-2,2,6-TRIMETHYL-7-OXABICYCLO[4.1.0]HEPT-1-YL]-3,7,12,16-TETRAMETHYLOCTADECA-1,3,5,7,9,11,13,15,17-NONAENYLIDENE}-1,5,5-TRIMETHYLCYCLOHEXANE-1,3-DIOL / (3S,5R,6R,3'S,5'R,6'S)-5',6'-EPOXY-6,7-DIDEHYDRO- 5,6,5',6'-TETRAHYDRO-BETA,BETA-CAROTENE-3,5,3'-TRIOL / 9'-CIS-NEOXANTHIN


分子量: 600.870 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C40H56O4
#26: 化合物
ChemComp-LHG / 1,2-DIPALMITOYL-PHOSPHATIDYL-GLYCEROLE / ジパルミトイルホスファチジルグリセロ-ル / Phosphatidylglycerol


分子量: 722.970 Da / 分子数: 15 / 由来タイプ: 合成 / 式: C38H75O10P / コメント: リン脂質*YM
#27: 化合物...
ChemComp-BCR / BETA-CAROTENE / β-カロチン / Β-カロテン


分子量: 536.873 Da / 分子数: 33 / 由来タイプ: 合成 / 式: C40H56
#28: 化合物
ChemComp-LMG / 1,2-DISTEAROYL-MONOGALACTOSYL-DIGLYCERIDE


分子量: 787.158 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C45H86O10
#29: 化合物 ChemComp-PQN / PHYLLOQUINONE / VITAMIN K1 / 2-METHYL-3-PHYTYL-1,4-NAPHTHOQUINONE / フィロキノン / フィロキノン


分子量: 450.696 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C31H46O2
#30: 化合物 ChemComp-SF4 / IRON/SULFUR CLUSTER / 鉄・硫黄クラスター


分子量: 351.640 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe4S4
#33: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: photosystem I from Physcomitrium patens光化学系I
タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#20 / 由来: NATURAL
由来(天然)生物種: Physcomitrium patens (ヒメツリガネゴケ)
緩衝液pH: 6.5
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: その他 / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: OTHER
電子レンズモード: OTHER / 最大 デフォーカス（公称値）: 2500 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1500 nm
撮影電子線照射量: 60 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)

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解析

EMソフトウェア名称: PHENIX / バージョン: 1.19.2_4158: / カテゴリ: モデル精密化
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
3次元再構成解像度: 2.87 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 144586 / 対称性のタイプ: POINT
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.00661127
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d2.26887464
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d18.96119565
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.1167401
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.0111525

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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