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- PDB-8gw7: AtSLAC1 6D mutant in open state -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8gw7
タイトルAtSLAC1 6D mutant in open state
要素Guard cell S-type anion channel SLAC1,Green fluorescent protein (Fragment)
キーワードMEMBRANE PROTEIN (膜タンパク質) / Stomatal closure / anion channel (イオンチャネル) / phosphorylation-dependent activation
機能・相同性
機能・相同性情報


response to humidity / stomatal closure / regulation of stomatal opening / inorganic anion transport / voltage-gated monoatomic anion channel activity / regulation of stomatal closure / stomatal movement / response to ozone / intracellular monoatomic ion homeostasis / organic anion transport ...response to humidity / stomatal closure / regulation of stomatal opening / inorganic anion transport / voltage-gated monoatomic anion channel activity / regulation of stomatal closure / stomatal movement / response to ozone / intracellular monoatomic ion homeostasis / organic anion transport / response to carbon dioxide / monoatomic anion transmembrane transporter activity / response to abscisic acid / multicellular organismal-level water homeostasis / monoatomic anion transport / abscisic acid-activated signaling pathway / response to light stimulus / 生物発光 / generation of precursor metabolites and energy / protein phosphatase binding / protein kinase binding / 生体膜 / 細胞膜
類似検索 - 分子機能
S-type anion channel / Transporter protein SLAC1/Mae1/ Ssu1/TehA / Voltage-dependent anion channel superfamily / 電位依存性陰イオンチャネル / Green fluorescent protein, GFP / Green fluorescent protein-related / 緑色蛍光タンパク質 / 緑色蛍光タンパク質
類似検索 - ドメイン・相同性
CHOLESTEROL HEMISUCCINATE / 緑色蛍光タンパク質 / Guard cell S-type anion channel SLAC1
類似検索 - 構成要素
生物種Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.3 Å
データ登録者Lee, Y. / Lee, S.
資金援助 韓国, 4件
組織認可番号国
National Research Foundation (NRF, Korea)2022R1A2C100988211 韓国
National Research Foundation (NRF, Korea)2021M3A9I4022936 韓国
National Research Foundation (NRF, Korea)2020M3A9E4039217 韓国
National Research Foundation (NRF, Korea)2017R1A5A1014560 韓国
引用
ジャーナル: Nat Commun / 年: 2023
タイトル: Cryo-EM structures of the plant anion channel SLAC1 from Arabidopsis thaliana suggest a combined activation model.
著者: Yeongmok Lee / Hyeon Seong Jeong / Seoyeon Jung / Junmo Hwang / Chi Truc Han Le / Sung-Hoon Jun / Eun Jo Du / KyeongJin Kang / Beom-Gi Kim / Hyun-Ho Lim / Sangho Lee /
要旨: The anion channel SLAC1 functions as a crucial effector in the ABA signaling, leading to stomata closure. SLAC1 is activated by phosphorylation in its intracellular domains. Both a binding-activation ...The anion channel SLAC1 functions as a crucial effector in the ABA signaling, leading to stomata closure. SLAC1 is activated by phosphorylation in its intracellular domains. Both a binding-activation model and an inhibition-release model for activation have been proposed based on only the closed structures of SLAC1, rendering the structure-based activation mechanism controversial. Here we report cryo-EM structures of Arabidopsis SLAC1 WT and its phosphomimetic mutants in open and closed states. Comparison of the open structure with the closed ones reveals the structural basis for opening of the conductance pore. Multiple phosphorylation of an intracellular domain (ICD) causes dissociation of ICD from the transmembrane domain. A conserved, positively-charged sequence motif in the intracellular loop 2 (ICL2) seems to be capable of sensing of the negatively charged phosphorylated ICD. Interactions between ICL2 and ICD drive drastic conformational changes, thereby widening the pore. From our results we propose that SLAC1 operates by a mechanism combining the binding-activation and inhibition-release models.
#1: ジャーナル: Acta Crystallogr., Sect. D: Biol. Crystallogr.
年: 2018
タイトル: Real-space refinement in PHENIX for cryo-EM and crystallography
著者: Pavel, V.A.
履歴
登録2022年9月16日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBE
改定 1.02023年11月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月29日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Guard cell S-type anion channel SLAC1,Green fluorescent protein (Fragment)
C: Guard cell S-type anion channel SLAC1,Green fluorescent protein (Fragment)
B: Guard cell S-type anion channel SLAC1,Green fluorescent protein (Fragment)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)283,72412
ポリマ－282,0513
非ポリマー1,6739
水0
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
d_1ens_1chain "A"
d_2ens_1chain "B"
d_3ens_1chain "C"

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDBeg label comp-IDEnd label comp-IDLabel asym-IDLabel seq-ID
d_11ens_1TRPASNA1 - 315
d_12ens_1CLCLB
d_13ens_1CLCLC
d_14ens_1Y01Y01D
d_21ens_1TRPASNI1 - 315
d_22ens_1CLCLJ
d_23ens_1CLCLK
d_24ens_1Y01Y01L
d_31ens_1TRPASNE1 - 315
d_32ens_1CLCLF
d_33ens_1CLCLG
d_34ens_1Y01Y01H

NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(-0.500314126377, 0.865831745903, 0.0046002973097), (-0.865843793282, -0.500303600135, -0.00329140203476), (-0.000548255064485, -0.00562987380643, 0.999984001841)63.5014547097, 238.764481554, 0.751831829624
2given(-0.504082747473, -0.86364353842, -0.00451909777594), (0.863653954518, -0.504084470882, -0.000832503413622), (-0.00155902081736, -0.00432258727306, 0.999989442291)239.190303987, 64.8492100644, 0.732560838772

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要素

#1: タンパク質 Guard cell S-type anion channel SLAC1,Green fluorescent protein (Fragment) / Protein CARBON DIOXIDE INSENSITIVE 3 / Protein OZONE-SENSITIVE 1 / Protein RADICAL-INDUCED CELL ...Protein CARBON DIOXIDE INSENSITIVE 3 / Protein OZONE-SENSITIVE 1 / Protein RADICAL-INDUCED CELL DEATH 3 / Protein SLOW ANION CHANNEL-ASSOCIATED 1


分子量: 94016.984 Da / 分子数: 3 / 変異: T62D,S65D,S107D,S124D,S146D,T152D / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
遺伝子: SLAC1, CDI3, OZS1, RCD3, At1g12480, F5O11.23, T12C24.3, gfp
プラスミド: pACEBac2 / 細胞株 (発現宿主): Sf9
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: Q9LD83, UniProt: A0A059PIQ0
#2: 化合物
ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド / 塩化物


分子量: 35.453 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#3: 化合物 ChemComp-Y01 / CHOLESTEROL HEMISUCCINATE / コレステリルヘミスクシナ-ト


分子量: 486.726 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C31H50O4
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: Trimer of open state AtSLAC1 6D mutant with sfGFP tag in GDN and CHS micelle
タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1 / 由来: RECOMBINANT
分子量値: 0.28 MDa / 実験値: NO
由来(天然)生物種: Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
由来(組換発現)生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
株: Sf9
緩衝液pH: 7
緩衝液成分
ID濃度名称式Buffer-ID
120 mMHEPESHEPES1
2150 mMSodium chloride塩化ナトリウムNaCl塩化ナトリウム1
31 mMTCEPTCEP1
40.01 % (w/v)GDNGDN1
50.002 % (w/v)CHSCHS1
試料濃度: 3.3 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持グリッドの材料: GOLD / グリッドのサイズ: 200 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R1.2/1.3
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK III / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 277 K

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電子顕微鏡撮影

顕微鏡モデル: TFS TALOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 200 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / 最大 デフォーカス（公称値）: 1900 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 800 nm / Cs: 2.7 mm
試料ホルダ凍結剤: NITROGEN
撮影電子線照射量: 50 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)
電子光学装置エネルギーフィルター名称: GIF Bioquantum

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
phenix.real_space_refine1.20.1_4487精密化
PHENIX1.20.1_4487精密化
EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ
4cryoSPARC3.3CTF補正
10cryoSPARC3.3初期オイラー角割当
11cryoSPARC3.3最終オイラー角割当
CTF補正タイプ: NONE
対称性点対称性: C3 (3回回転対称)
3次元再構成解像度: 3.3 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 55882 / アルゴリズム: FOURIER SPACE / 対称性のタイプ: POINT
精密化交差検証法: NONE
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.00537818
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.694210749
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.05751230
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.00561272
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d13.92062505
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-IDRefine-IDタイプRms dev position (Å)
ens_1d_2AELECTRON MICROSCOPYNCS constraints0.000500152474461
ens_1d_3AELECTRON MICROSCOPYNCS constraints0.000502063462835

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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