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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8gw6 | |||||||||||||||
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タイトル | AtSLAC1 6D mutant in closed state | |||||||||||||||
要素 | Guard cell S-type anion channel SLAC1,Green fluorescent protein (Fragment) | |||||||||||||||
キーワード | MEMBRANE PROTEIN (膜タンパク質) / Stomatal closure / anion channel (イオンチャネル) / phosphorylation-dependent activation | |||||||||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 response to humidity / stomatal closure / regulation of stomatal opening / inorganic anion transport / voltage-gated monoatomic anion channel activity / regulation of stomatal closure / stomatal movement / response to ozone / intracellular monoatomic ion homeostasis / organic anion transport ...response to humidity / stomatal closure / regulation of stomatal opening / inorganic anion transport / voltage-gated monoatomic anion channel activity / regulation of stomatal closure / stomatal movement / response to ozone / intracellular monoatomic ion homeostasis / organic anion transport / response to carbon dioxide / monoatomic anion transmembrane transporter activity / response to abscisic acid / multicellular organismal-level water homeostasis / monoatomic anion transport / abscisic acid-activated signaling pathway / response to light stimulus / 生物発光 / generation of precursor metabolites and energy / protein phosphatase binding / protein kinase binding / 生体膜 / 細胞膜 類似検索 - 分子機能 | |||||||||||||||
生物種 | Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ) | |||||||||||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.3 Å | |||||||||||||||
データ登録者 | Lee, Y. / Lee, S. | |||||||||||||||
資金援助 | 韓国, 4件
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引用 | ジャーナル: Nat Commun / 年: 2023 タイトル: Cryo-EM structures of the plant anion channel SLAC1 from Arabidopsis thaliana suggest a combined activation model. 著者: Yeongmok Lee / Hyeon Seong Jeong / Seoyeon Jung / Junmo Hwang / Chi Truc Han Le / Sung-Hoon Jun / Eun Jo Du / KyeongJin Kang / Beom-Gi Kim / Hyun-Ho Lim / Sangho Lee / 要旨: The anion channel SLAC1 functions as a crucial effector in the ABA signaling, leading to stomata closure. SLAC1 is activated by phosphorylation in its intracellular domains. Both a binding-activation ...The anion channel SLAC1 functions as a crucial effector in the ABA signaling, leading to stomata closure. SLAC1 is activated by phosphorylation in its intracellular domains. Both a binding-activation model and an inhibition-release model for activation have been proposed based on only the closed structures of SLAC1, rendering the structure-based activation mechanism controversial. Here we report cryo-EM structures of Arabidopsis SLAC1 WT and its phosphomimetic mutants in open and closed states. Comparison of the open structure with the closed ones reveals the structural basis for opening of the conductance pore. Multiple phosphorylation of an intracellular domain (ICD) causes dissociation of ICD from the transmembrane domain. A conserved, positively-charged sequence motif in the intracellular loop 2 (ICL2) seems to be capable of sensing of the negatively charged phosphorylated ICD. Interactions between ICL2 and ICD drive drastic conformational changes, thereby widening the pore. From our results we propose that SLAC1 operates by a mechanism combining the binding-activation and inhibition-release models. | |||||||||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 8gw6.cif.gz | 229.8 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb8gw6.ent.gz | 171.1 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 8gw6.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gw/8gw6 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gw/8gw6 | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCSドメイン:
NCSドメイン領域:
NCS oper:
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 94016.984 Da / 分子数: 3 / 変異: T62D,S65D,S107D,S124D,S146D,T152D / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ) 遺伝子: SLAC1, CDI3, OZS1, RCD3, At1g12480, F5O11.23, T12C24.3, gfp プラスミド: pACEBac2 / 細胞株 (発現宿主): Sf9 発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ) 参照: UniProt: Q9LD83, UniProt: A0A059PIQ0 #2: 化合物 | #3: 化合物 | 研究の焦点であるリガンドがあるか | N | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: Trimer of closed state AtSLAC1 6D mutant with sfGFP tag in GDN and CHS micelle タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1 / 由来: RECOMBINANT | ||||||||||||||||||||||||||||||
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分子量 | 値: 0.28 MDa / 実験値: NO | ||||||||||||||||||||||||||||||
由来(天然) | 生物種: Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ) | ||||||||||||||||||||||||||||||
由来(組換発現) | 生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ) 株: Sf9 | ||||||||||||||||||||||||||||||
緩衝液 | pH: 7 | ||||||||||||||||||||||||||||||
緩衝液成分 |
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試料 | 濃度: 3.3 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES | ||||||||||||||||||||||||||||||
試料支持 | グリッドの材料: GOLD / グリッドのサイズ: 300 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R1.2/1.3 | ||||||||||||||||||||||||||||||
急速凍結 | 装置: FEI VITROBOT MARK III / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 277 K |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: TFS KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / 最大 デフォーカス(公称値): 1900 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 700 nm / Cs: 2.7 mm / C2レンズ絞り径: 70 µm |
試料ホルダ | 凍結剤: NITROGEN |
撮影 | 電子線照射量: 50 e/Å2 フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k) |
電子光学装置 | エネルギーフィルター名称: GIF Bioquantum / エネルギーフィルタースリット幅: 14 eV |
-解析
ソフトウェア |
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EMソフトウェア |
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CTF補正 | タイプ: NONE | ||||||||||||||||||||||||
対称性 | 点対称性: C3 (3回回転対称) | ||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 3.3 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 69390 / アルゴリズム: FOURIER SPACE / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||
精密化 | 交差検証法: NONE | ||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
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Refine LS restraints NCS |
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