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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8fwq | |||||||||
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タイトル | Structure of kainate receptor GluK2 in complex with the positive allosteric modulator BPAM344 | |||||||||
![]() | Glutamate receptor ionotropic, kainate 2 | |||||||||
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機能・相同性 | ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | ![]() ![]() ![]() | |||||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | |||||||||
![]() | Gangwar, S.P. / Yen, L.Y. / Yelshanskaya, M.V. / Sobolevsky, A.I. | |||||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Positive and negative allosteric modulation of GluK2 kainate receptors by BPAM344 and antiepileptic perampanel. 著者: Shanti Pal Gangwar / Laura Y Yen / Maria V Yelshanskaya / Alexander I Sobolevsky / ![]() 要旨: Kainate receptors (KARs) are a subtype of ionotropic glutamate receptors that control synaptic transmission in the central nervous system and are implicated in neurological, psychiatric, and ...Kainate receptors (KARs) are a subtype of ionotropic glutamate receptors that control synaptic transmission in the central nervous system and are implicated in neurological, psychiatric, and neurodevelopmental disorders. Understanding the regulation of KAR function by small molecules is essential for exploring these receptors as drug targets. Here, we present cryoelectron microscopy (cryo-EM) structures of KAR GluK2 in complex with the positive allosteric modulator BPAM344, competitive antagonist DNQX, and negative allosteric modulator, antiepileptic drug perampanel. Our structures show that two BPAM344 molecules bind per ligand-binding domain dimer interface. In the absence of an agonist or in the presence of DNQX, BPAM344 stabilizes GluK2 in the closed state. The closed state is also stabilized by perampanel, which binds to the ion channel extracellular collar sites located in two out of four GluK2 subunits. The molecular mechanisms of positive and negative allosteric modulation of KAR provide a guide for developing new therapeutic strategies. | |||||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 584.9 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 490.9 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 29515MC ![]() 8fwrC ![]() 8fwsC ![]() 8fwtC ![]() 8fwuC ![]() 8fwvC ![]() 8fwwC M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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要素
-タンパク質 , 1種, 4分子 ABCD
#1: タンパク質 | 分子量: 102509.977 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() |
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-糖 , 5種, 32分子 ![](data/chem/img/NAG.gif)
#2: 多糖 | 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose ![]() #3: 多糖 | ![]() #4: 多糖 | beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta- ...beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose ![]() #5: 多糖 | ![]() #6: 糖 | ChemComp-NAG / ![]() |
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-非ポリマー , 2種, 5分子 ![](data/chem/img/2J9.gif)
![](data/chem/img/NA.gif)
![](data/chem/img/NA.gif)
#7: 化合物 | ChemComp-2J9 / #8: 化合物 | ChemComp-NA / | |
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-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: ![]() |
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試料調製
構成要素 | 名称: GluK2![]() 詳細: Map displaying amino-terminal, ligand binding, and transmembrane domain Entity ID: #1 / 由来: RECOMBINANT | ||||||||||||||||||||
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分子量 | 実験値: NO | ||||||||||||||||||||
由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() ![]() | ||||||||||||||||||||
由来(組換発現) | 生物種: ![]() ![]() | ||||||||||||||||||||
緩衝液 | pH: 8 | ||||||||||||||||||||
緩衝液成分 |
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試料 | 濃度: 5 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色![]() ![]() 詳細: Protein extracted and reconstituted in a detergent micelle | ||||||||||||||||||||
試料支持 | グリッドのタイプ: Quantifoil R1.2/1.3 | ||||||||||||||||||||
急速凍結![]() | 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 277 K |
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電子顕微鏡撮影
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源![]() ![]() |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD![]() |
撮影 | 電子線照射量: 50 e/Å2 フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON IV (4k x 4k) |
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解析
CTF補正![]() | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||||||||||||||
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3次元再構成![]() | 解像度: 3.96 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 28297 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
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