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- PDB-8f6q: CryoEM structure of designed modular protein oligomer C8-71 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8f6q
タイトルCryoEM structure of designed modular protein oligomer C8-71
要素C8-71
キーワードDE NOVO PROTEIN (De novo) / Synthetic / Self-assembling / Oligomeric (オリゴマー) / Helical repeats
生物種synthetic construct (人工物)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.6 Å
データ登録者Redler, R.L. / Edman, N.I. / Baker, D. / Ekiert, D. / Bhabha, G.
資金援助 米国, 2件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R35GM128777 米国
National Institutes of Health/National Institute on Aging (NIH/NIA)R01AG063845 米国
引用ジャーナル: Cell(Cambridge,Mass.) / 年: 2024
タイトル: Modulation of FGF pathway signaling and vascular differentiation using designed oligomeric assemblies
著者: Edman, N.I. / Redler, R.L. / Phal, A. / Schlichthaerle, T. / Srivatsan, S.R. / Etemadi, A. / An, S.J. / Favor, A. / Ehnes, D. / Li, Z. / Praetorius, F. / Gordon, M. / Yang, W. / Coventry, B. ...著者: Edman, N.I. / Redler, R.L. / Phal, A. / Schlichthaerle, T. / Srivatsan, S.R. / Etemadi, A. / An, S.J. / Favor, A. / Ehnes, D. / Li, Z. / Praetorius, F. / Gordon, M. / Yang, W. / Coventry, B. / Hicks, D.R. / Cao, L. / Bethel, N. / Heine, P. / Murray, A. / Gerben, S. / Carter, L. / Miranda, M. / Negahdari, B. / Lee, S. / Trapnell, C. / Stewart, L. / Ekiert, D.C. / Schlessinger, J. / Shendure, J. / Bhabha, G. / Ruohola-Baker, H. / Baker, D.
履歴
登録2022年11月17日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02023年11月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年6月12日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title / _citation.year

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: C8-71
B: C8-71
C: C8-71
D: C8-71
E: C8-71
F: C8-71
G: C8-71
H: C8-71


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)187,4808
ポリマ－187,4808
非ポリマー00
水0
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration, SAXS, light scattering, multi-angle light scattering (MALS)
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

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要素

#1: タンパク質
C8-71


分子量: 23435.004 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) synthetic construct (人工物) / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌)

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: Self-assembled homo-octamer of de novo designed protein C8-71
タイプ: COMPLEX / Entity ID: all / 由来: RECOMBINANT
由来(天然)生物種: synthetic construct (人工物)
由来(組換発現)生物種: Escherichia coli BL21 (大腸菌)
緩衝液
IDSpecimen-IDpH
118
228
試料

Experiment-ID: 1 / 濃度: 0.9 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES / 詳細: Sample present within the ice layer as both isolated homo-octameric rings and fibrils of variable length

ID
1
2
試料支持
IDSpecimen-IDグリッドの材料グリッドのサイズ (divisions/in.)グリッドのタイプ詳細
11COPPER300Quantifoil R2/2
22COPPER300Quantifoil R1.2/1.3No pre-treatment
急速凍結

凍結前の試料温度: 295 K / 凍結剤: ETHANE / 詳細: blot time = 4s; blot force = 0 / Entry-ID: 8F6Q / 湿度: 100 % / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

IDSpecimen-ID
11
22

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / 倍率（公称値）: 81000 X / 最大 デフォーカス（公称値）: 2500 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 800 nm
試料ホルダ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
撮影平均露光時間: 2.5 sec. / 電子線照射量: 61.3 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 撮影したグリッド数: 2 / 実像数: 3092

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
phenix.real_space_refine1.16_3549精密化
PHENIX1.16_3549精密化
EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ詳細
1cryoSPARC粒子像選択
2Leginon画像取得
4cryoSPARCCTF補正CTFFIND
7UCSF Chimeraモデルフィッティング
9cryoSPARC初期オイラー角割当
10cryoSPARC最終オイラー角割当
12cryoSPARC３次元再構成
13PHENIX1.16モデル精密化
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
対称性点対称性: C8 (8回回転対称)
3次元再構成解像度: 3.6 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 132391 / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築プロトコル: AB INITIO MODEL / 空間: REAL / Target criteria: Correlation coefficients
詳細: Designed oligomer was used as initial model and was initially fit into map using UCSF Chimera
精密化交差検証法: NONE
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
原子変位パラメータBiso mean: 102.29 Å2
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.006112528
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.711216888
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.46231936
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.00342152
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d10.47927720

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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